test:tutorial: fix ".hg" -> ".git" in doctest

test:tutorial: add 0x05120005 to doctest

This should have happend in

  commit 434e8c556602a9f211396f5549bcc81527f51d80
  Author: W. Trevor King <wking@drexel.edu>
  Date:   Thu Apr 21 08:12:27 2011 -0400

    Initial attempt at PicoForce 0x05120005 support.

Convert "NaN" -> "nan" to catch up with Numpy 1.6

This changed with Numpy commit:

  commit 1985497ddd1c179d5ae4b7ba061a8b8c5540f543
  Author: Pauli Virtanen <pav@iki.fi>
  Date:   Sun Jul 18 17:17:58 2010 +0000

    BUG: core: format 'nan' and 'inf' also in array repr by default (#1050)

test:note: add 0x05120005 to doctest

This should have happend in

  commit 434e8c556602a9f211396f5549bcc81527f51d80
  Author: W. Trevor King <wking@drexel.edu>
  Date:   Thu Apr 21 08:12:27 2011 -0400

    Initial attempt at PicoForce 0x05120005 support.

test:apply_command_stack_to_playlist: add 0x05120005 to doctest

This should have happend in

  commit 434e8c556602a9f211396f5549bcc81527f51d80
  Author: W. Trevor King <wking@drexel.edu>
  Date:   Thu Apr 21 08:12:27 2011 -0400

    Initial attempt at PicoForce 0x05120005 support.

Convert from "print ..." to "print(...)"

Also convert "'...' % (...)" to "'...'.format(...)".

These bring us up to date with Python 2.7, and will make future
porting to Python 3 less painful.

hooke:util:fft: remove in favor of my external FFT-tools package

Ran update-copyright.py

Changed my drexel address to tremily and added an address for Richard
Naud (both read from .mailmap).

.update-copyright.conf: update to pipe separators and {project}

This brings the config file up to speed with the following
update-copyright commits:

  commit 3c68a1a48419d8b2bbc2ce0e7f1700b996ec30e9
  Author: W. Trevor King <wking@tremily.us>
  Date:   Fri Oct 19 21:52:48 2012 -0400

    project: for consistency, also separate ignored paths with pipes

  commit b50d5d2168a07cbbf216e7f556a8fcf316f32545
  Author: W. Trevor King <wking@tremily.us>
  Date:   Thu Oct 25 17:35:11 2012 -0400

    project|utils: expand info into kwargs for format().

Replace hooke.util.igorbinarywave with external igor package.

http://pypi.python.org/pypi/igor

Now that This way we share a more general package instead of rolling
our own.

Most of the changes to the mfp3d driver are due to the fact that the
igor package reads the IBW into a single dict (vs. three dicts for
igorbinarywave), and some of the keys have changed.  The dimension
labels have also changed a bit, since ...['wave']['labels'][1] is

  ['', 'Raw', 'Defl', 'LVDT']

instead of the old

  ['Raw', 'Defl', 'LVDT']

The blank label is for labeling all the columns.  From WaveMetrics'
TN003:

  A 3 point 1D wave has 4 dimension labels. The first dimension label
  is the label for the dimension as a whole. The next three dimension
  labels are the labels for rows 0, 1, and 2.

So the labels are:

  ['', 'Raw', 'Defl', 'LVDT']
   ^    ^      ^       ^-- column 2
   |    |      `-- column 1
   |    `-- column 0
   `-- columns as a whole

Move wxversion.select call to hooke.ui.gui and remove evtmgr import.

This ensures wxversion.select gets called before anyone has a change
to import wx.  evtmgr hasn't been used since

  commit bbf2b7eb99e94cf82de4c4160c9fdf8702cd1ba4
  Author: W. Trevor King <wking@drexel.edu>
  Date:   Mon Aug 2 10:56:10 2010 -0400

    Updated gui.panel.note and simplified hooke.plugin.note.

Add `setup.py sdist` side effects to .gitignore.

Change my email address from drexel.edu to tremily.us.

Add a `Delete` button to the GUI NavBar, and cleanup deletion callbacks.

The most confusing part of this change is the adjustment to
`Default.txt`.  The NavBar was not expanding to display the new button
(which was avialable via a flyout), so I had to manually adjust the
default perspective.  Because we load the default perspective after
setting up the GUI, any changes in the code (e.g. setting a reasonable
width) get clobbered later by `Default.txt`.  Anyhow, the change I
made to `Default.txt` was to change the toolbar's `bestw` from 100 to 300.

Use Python AUI implementation (instead of C++) in hooke.ui.gui.

Cleanup command stack handling in hooke.plugin.polymer_fit.

Add `peak extraction method` option to `polymer fit` command.

Make `index` argument optional and return curve in `remove curve from playlist`.

Add Richard Naud's email address to .update-copyright.conf.

Update download URL from einstein to tremily.

Also made a few reStructuredText corrections in the README.

Fix download URL to point to Git source in setup.py.

Fix hooke.version(4) with missing patch index.

Respect UTF-8 README in setup.py.

Also make a few minor changes to hooke/__init__.py so I can use

  $ python3 setup.py register -r pypi

to push the new metadata to PyPI.  Using Python 3 works around
http://bugs.python.org/issue13114.

I also had to explicitly convert classifiers to a list to avoid:
  Server response (400): Invalid classifier "<filter object at 0x...>"

Cleanup reStructuredText in the README.

Update docs to point to Git repository.

Rename REAMDE -> README in test/data/vclamp_mfp3d.

Run update-copyright.py.

Transition to my external update-copyright package.

http://pypi.python.org/pypi/update-copyright/

Ran update_copyright.py.

Simplify ALIASES and add email addresses to AUTHOR_HACKS in update_copyright.py.

Now that we're versioning with Git, we can use .mailmap instead of
ALIASES.  The adjustments to AUTHOR_HACKS avoid duplicated entries
(author vs. author and email).

Add .mailmap to standardize author names and emails for update_copyright.py.

The format of the .mailmap file is described in git-shortlog's man page
under "MAPPING AUTHORS".

Change VCS from Mercurial to Git in update_copyright.py.

Convert .hgignore to .gitignore now that I'm versioning with Git.

Remove debugging *.dat file output from curve plugin.

Move everything except `GUI` from `hooke.ui.gui` to `hooke.ui.gui.interface`.

This allows Hooke to be used in command line mode without requiring a
suitable wxPython installation.

Remove nominal wxWidgets 2.8 support.

I was getting
  'MouseEvent' object has no attribute 'shiftDown'
when I tried to run the current GUI on wxWidgets 2.8.10.1.

Expand ~ in the glob path of 'glob curves to playlist'.

Add 'scaled column addition' command.

Example usage: removing linear drifts with

  scaled_column_addition --block retract
    --input_column_1 'surface deflection (m)'
    --input_column_2 'surface distance (m)'
    --output_column 'flattened surface deflection (m)
    --scale_1 1 --scale_2 -1
    --scale_2_name 'surface deflection offset|non-contact slope'

Also:
* Allow `None` as a column name in ColumnAccessCommand._get_column().
* Add 'force zero non-contact slope' option to SurfaceContactCommand.
* Convert slopes from surface contact fit from deflection/point to
  deflection/distance.
* Fix the returned deflection offset so it is a float and not a
  length-one tuple (by removing the trailing comma).

Initial work transitioning to wxWidgets 2.9.

m_shiftDown -> shiftDown in wxWidgets 2.9.0.1 [1]
NamedColor alias for NamedColour removed in in wxWidgets [version?] [2]

[1]: http://www.wxpython.org/recentchanges.php
[2]: http://svn.wxwidgets.org/viewvc/wx/wxPython/trunk/src/gtk/_gdi.py?r1=52881&r2=53838&pathrev=53838

Temporary fix to hooke/driver/wtk.py now that data_logger is deprecated.

Use sys.stderr.write instead of the deprecated 'print >>' syntax in the tutorial plugin.

Adjust NoteIndexList._index in .index() if it falls off the end of the list.

Call 'remove curve from playlist' when deleting curves via the playlist panel.

Fix 'remove curve from playlist' implementation.

Add GUI postprocessing for 'name playlist' so the new playlist shows up immediately.

Don't delete curve files through the GUI's delete function.

It is enough for them to be removed from the playlist.  There is no
need to touch the raw data file itself.

Standardize playlist path expansion in hooke/playlist.py.

Add motivational blurb to command_stack docstring.

Fix citating -> citing typo in doc/analysis.txt.

Remove more invalid loop syntax from hooke/plugin/multifit.py.

Fix invalid loop syntax in hooke/plugin/multifit.py.

Adjust fit-parameter handling for the polymer_fit plugin.

This should have happened during

changeset:   820:b0d23a0bdaf7
branch:      wtk
user:        W. Trevor King <wking@drexel.edu>
date:        Thu Apr 28 07:49:26 2011 -0400
summary:     Adapt to handle scipy.optimize.leastsq for scipy >= 0.8.0.

Clean up and adjust names of commands requiring curve updates in the GUI.

Ran update_copyright.py.

Adapt to handle scipy.optimize.leastsq for scipy >= 0.8.0.

For single-parameter fitting, leastsq() used to return the fitted
parameter as a float.  Now it returns it as a length-one array.  With
this commit, Hooke should work with either case.

Initial attempt at PicoForce 0x05120005 support.

Add Mercurial URL to README and use README as long_description,

Merge Veeco -> Bruker and NumPy/SciPy doc guide patches.

Update URL for NumPy/SciPy documentation guide.

Veeco -> Bruker since sale of metrology wing this August.

Better contact point detection now handles some initial vibrations.

Actually, filtering the copy directly is *almost* ok.

Use hooke.command_by_name[...] in hooke.plugin.*.

Only shallow copy when filtering a playlist.

We should iterate through the base playlist, because iterating over a
playlist that's having items removed is poorly defined.  However, if
were iterating through the input playlist and removing items from the
copy, we need a shallow copy so the item ids still match.  Curves can
belong to several playlists, so shallow copies are ok.

Another problem with the old version was that the _index was being
updated in the copy, not the current curve, so the
current_curve_callback() bit was *not* working.

.`_setup_item` -> `._setup_item` in hooke.playlist.Playlist.unload.__doc__.

Adjust playlist curve setup to load curves after YAML restore.

Add yaml load test to hooke.curve.Data.

expanduser() in hooke.playlist.load().

Don't save digests in the playlist file.

They create dependency loops:
  digest_{i+1} = checksum(file with digest_i)
With the old way, exiting after
  $ hk.py -c 'new_playlist --output_playlist mylist'
          -c 'glob_curves_to_playlist ...*.curve'
          -c 'save_playlist --output mylist' -p
would complain of unsaved playlists.

data_logger.normalize_logdir -> normalize_log_dir with data_logger v0.4.

Update WTK driver links with git.php -> gitweb.cgi.

Update test/wtk_driver.py for data_logger version 0.4.

Don't use questions in the README section headings.

Fixup reStructuredText in README.

Explain my Hooke ebuild in doc/install.txt.

Ran update_copyright.py, updating hooke/ui/gui/dialog/string.py.

Fix hg.py -> hk.py in setup.py.

Merged `igorbinarywave.py --not-strict` and playlist expanduser() commits.

Add -n/--not-strict to igorbinarywave.py (currently for IBW files with non-empty padding).

Move some playlist-related expanduser() calls from hooke.plugin.* to hooke.playlist and hooke.curve.

Update hooke.playlist.FilePlaylist doctests for explicit_user_call.

Update hooke.command_stack.CommandStack doctests for explicit_user_call.

Cleanups so hooke/ui/gui/ passes unittests.

Log errors when instantiation fails in hooke.util.pluggable.construct_*().

Relax doctest constraints on hooke.util.fit.ModelFitter.

I'm not sure of the reason behind the differences, but sometimes the
exit condition varies slightly depending on which test box I use.

Add os.path.expanduser() wrappers to user-supplied paths.

This allows things like
  [gui user interface]
  perspective path = ~/.hooke/resources/gui/perspective
to work as expected.

Zip files use slashes (not os.path.sep) for their path separator (JPK driver).

Quote backslash-containing arguments in doc/tutorial.py.

albedomanu -> Manuel Gensler based on an email from the latter.

Use `with Closing(...) as f:` in JPKDriver._zip_segment().

Extended test/jpk_driver.py to test .jpk-data1D file reading.

Extent JPK driver to also read .jpk-data1D-file files.

Also:
* Lowercase most JPK exception messages.
* Decode integer types to floats as specified by 'encoder'.
* Give the path to the old file when suggeesting an `out2jpk-force` upgrade.

Fix test/jpk_driver.py now that we can load each of the examples.

Ensure unique segment names in the JPK driver.

Fix distance_base_unit extraction in JPK driver for encoded data.

Fix JPK list field splitting for empty lists.

Only pass curve params out to segments if they exist.

Skip some param translation in the JPK driver for channel-less segments.

Improve handling of the base calibration slot units in JPK driver.

I'm using the 0.12 specs for the JPK driver, so allow version 0.12 files.

The previous range(12) code only went up to version 0.11.