Added bin/sawsim_param_error.py and pysawsim/parameter_error.py

Assorted minor cleanups to pysawsim/parameter_scan.py.

Remove some more velocity-specific cruft from pysawsim/parameter_scan.py.

parameter_scan.py no longer needs to import anything from the .manager submod.

Print the CommandError of failed sawsim executions.

Save CommandError in failed InvokeJobs.

Add pysawsim.invoke.CommandError.__repr__() method and doctest.

Make pysawsim.invoke.CommandError picklable, and add doctest proof.

Fix cache shuffling (random.shuffle() shuffles in place, returns None).

Move __version__ import from sawsim_histogram to sawsim (for caching).

Start fleshing out "Related work" section in the manual.

To facilitate this, I've added the following new keys to sawsim.bib:
  jollymore09, kellermayer97, king10, marszalek98, oberhauser98, rief97a
I also renamed the old rief97 -> rief97b to avoid confusion with rief97a.

Also, run a second bibtex/pdflatex pass on compilation to handle a
single layer of cross referencing in the `note` field.

Fix some long URLs that had been wrapped by pybtex.

Update the README with more information about the pysawsim wrappers.

Add namedtuple definition from Python 2.6's collections.py as _collections.py

Move `import with_statement` from sawsim_histogram to sawsim.

Replace EXAMPLE_HISTOGRAM_FILE_CONTENTS histograms with N=400 examples.

Add epilogs to each OptionParser in pysawsim.

Move sawsim running into a new pysawsim.sawsim.SawsimRunner class.

Add 'mpi' to pysawsim.manager.MANAGERS.

Relax command-not-found doctest messages.

Merge branch 'master' of physics.drexel.edu/~wking/code/git/sawsim

Fix dropped receive during ThreadManager._spawn_jobs.

Add autogenerated .be/id-cache to .gitignore.

Merge branch 'master' of ssh://wking@einstein/~/public_html/code/git/sawsim

Upgrade .be bug cache to Bugs Everywhere Directory v1.4.

Disable pysawsim.manager.subproc is multiprocessing is missing.

Work around namedtuple import for Pythons < 2.6.

Also cleanup local mpd if the pysawsim nosetests fail.

Add CC, CFLAGS, and LDFLAGS to the Makefile for easy customization.

Work around missing MPD with a more elaborate pysawsim nosetest hook.

Kill off worker-node implementations of master code.

Add pysawsim.manager.mpi with an mpi4py-based manager.

Test with:
  mpdboot -1 -n 1 -f <(hostname)
  mpiexec -n 5 nosetests --with-doctest --doctest-tests pysawsim/manager/mpi.py
  mpdallexit

I still need to find a way to turn off the doctests when mpi4py is
installed, but the tests are not being run from an `mpiexec`ed
environment.

Add link to Python wiki's parallel processing page.

Adjust pysawsim.manager.pbs to skip most doctests if pbs mod is missing.

Remove execute permission from pysawsim/manager/pbs.py.

Add pysawsim.manager.subproc using subprocessing.

Add pysawsim.sawsim.main() and bin/sawsim_hist.py calling it.

Also fix a number of bugs turned up by trial calls to the new
sawsim_hist.py.

Add Histogram.to_stream() and .headings.

Fix 'intil_state' -> 'initial_state' typo in pysawsim.sawsim.Event.

Add Histogram.calculate_bin_edges().

Reduce ThreadManager default worker_thread to 2.

Add --sawsim option to velocity_dependant_scan.main().

Allow Job status logging when .status is an Exception.

Allow Job.__str__() to work when .id == None.

Teardown manager after use in velocity_dependant_scan.main().

Add --clean-cache option to velocity_dependant_scan.main().

No need for `if __name__ == '__main__'` in velocity_dependant_scan.

bin/vel_dep_scan.py provides access to velocity_dependant_scan.main().

Rearrange velocity_dependant_scan.main() to group residual-related options together.

Pass velocity_dependant_scan.main() --manager through to SawsimHistogram.

Reposition matplotlib.use() call in velocity_dependant_scan.py.

This fixes:

.../matplotlib/__init__.py:833: UserWarning:
This call to matplotlib.use() has no effect because the the backend
has already been chosen; matplotlib.use() must be called *before*
pylab, matplotlib.pyplot, or matplotlib.backends is imported for the
first time.

Fix sawsim_histogram imports in velocity_dependant_scan.py.

Add bin/vel_dep_scan.py calling pysawsim.velocity_dependant_scan.main().

Add --manager option to velocity_dependant_scan.py.

Add pysawsim.manager.SUBMODS and .IsSubclass and .get_manager.

IsSubclass is from my hooke.util.pluggable module.  get_manager() is
based on hooke.util.pluggable.submods() and .construct_odict().

.. _hooke: http://code.google.com/p/hooke/

Transition more of the pysawsim framework into Python.

Add pysawsim.sawsim module.

Move 'qwait' to pysawsim.manager.pbs and add the rest of PBSManager.

Fix a few deadlock errors in pysawsim.manager.thread.

Move Histogram class from fit_force_histogram to new pysawsim.histogram module.

JobManager.async_invoke() should accept Job instances.

It used to attempt to construct them on its own, but with multiple
subclasses (e.g. InvokeJob), that becomes too difficult.

Add pysawsim.manager and pysawsim.manager.thread for running asynchronous jobs.

Also:
* simplify .gitignore and add *.pyc.
* add log() and __version__ to pysawsim.
* fix exception handling in pysawsim.invoke.invoke().

Add pysawsim/__init__.py and break invoke out into its own module.

Add nosetests line to misc/hooks/REAMDE for pre-commit hook.

Introduce pysawsim in the README and add fit_force_histograms.py & friends.

Document suggested Git hooks.

`pre-commit-diff-check` is the current stock pre-commit.sample that
`git init` installs.

"% pop. per s" -> "%% pop. per s" in printf() for k_model_utils.

Add prelimiary check_* code for each *.h file in sawsim.nw.

Corrections to sawsim.bib after earlier pybtex run.

Remove extra quotes from around author values
  fixed in pybtex revision:
  wking@drexel.edu-20101016180914-98tpuw47ojcl4zsf

Unwrap broken MCarrion-Vazquez macro.
  pybtex shouldn't break macros after a '-' character, but it does as
  of now.

Add missing comma between references to tension and rate appendicies.

Add Tame the BeaST link and von-naming blurbs to README.bibtex.

Preserve space after \copy macro in sawsim.bib.

Consolidated ...X macros and abbreviated journal/publisher macros in sawsim.bib.

Passed sawsim.bib through pybtex and updated keys in sawsim.nw accordingly.

Corrections to saswim.bib before reformating with pybtex.

Moved BibTeX comments from src/sawsim.bib to README.bibtex.

Add examples/Marszalek_Fernandez_1999/titin_intermediate.sh.

Update copyright/licensing blurbs with newer GPLv3+.

Added README.git to point Git newbies towards good documentation.

Added inverse piston comments + whitespace in tension_balance()

Fixed mispelled 'sec.transtion_rate' reference

Added cased equation to piston tension model description

Fixed typo in "Transition rate" section equation

Bumped to version 0.10.

Added max dF "-F" option to sawsim.

Also added const_env argument to find_tension().  As I state in a
comment in find_tension(), it should really be a
step_call/new_step/whatever option.

Added full_chain_stiffness() to handle stiffness with piston tension.

Currently just sets a hardcoded stiffness dx, but that's pretty ugly.
A slightly better solution would be a user-controlled option, but that
is low on my agenda...

Added piston tension model.

Also typographic cleanup 'assert (' -> 'assert('.

Currently broken: stiffness calculation with the tension model.

-P option now sets target P_N, not P_1.  Bumped to version 0.9.

This cleans up the trouble I had before with
  testing/bell_rate/bell_rate.sh 50 1e-6 0.05 1e-3 1e-9 300
where the large number of domains was making P_N much larger than P_1.
This lead to more "ignored double unfoldings", creating a banded
structure in the simulated histogram.

The new '-P sets target P_N' configuration makes it more
straightforward to use -P for it's intended purpose, avoiding "ignored
double unfoldings", without forcing unnecessarily long timesteps once
the population of the limiting state is reduced.

Note that the second purpose of the -P option, avoiding significant
force changes in a single timestep, is either unaffected (for states
with population 1) or improved (for states with population > 1), but
this should perhaps be separately controllable through it's own
"--dF-max" option, or similar...

Extended bell and const rate tests to multi-domain chains

The (P_N = NP_1) bug that triggered 0.7 -> 0.8 isn't so bad.

Added notes to that effect.  Still, it's better for having thought it
out more clearly ;).

safe_strto*() now also checks for empty input

Safer string to number conversion with ato*() -> safe_strto*().

Current hack to avoid including string.h for strlen() in every *.c
file that uses safe_strto*(), which I should fix when I pull them out
into utils.h/c files or similar.

Removed TODO in favor of BugsEverywhere bugtracking.

See http://bugseverywhere.org for details on BE.

I also removed the following entry from TODO:
  maybe histogram without dice rolling for identical domains?
since I decided it was a bad idea.  Better to focus the simulation on
what it's good at.  Of course, I may change my mind later and
reinstate the issue ;).

Fixed _major_ bug in multi-domain unfolding calculations & bumped to 0.8.

The relavant lines of code are:

@@ -548,7 +574,7 @@ int domain_transitions(double F, double dt, environment_t *env, int num_domains,
   k = accel_k(transition->k, F, env, transition->k_params);
   //(*transition->k)(F, env, domain->k_params);
   //printf("k = %g,\tdt = %g,\tk dt = %g\n", k, dt, k*dt);
-  return happens(k*dt*num_domains); /* N dice rolls for prob. k*dt event */
+  return happens(1-pow((1.0-k*dt), num_domains)); /* N dice rolls for prob. k*dt event */
 }
 @ [[happens]] is a random decision making function defined in Appendix \ref{sec.utils}.

Yes, I feel very stupid.  Sorry.

I also took the oportunity to skim over the explanatory text (up to
the Appendix break), making a few updates and typo corrections as well
as adding more detail to the "Timescales" section discussing
multi-unfolding timesteps.

inverse_wlc now handles F=HUGE_VAL.

Added inverse tension functions for speed.  Bumped to version 0.7.

Fixed up the guts to support the new multi-state capabilities.

Starting on version 0.6, with generalized discrete reactions.

Added domain-chain and reaction-graph figures.

Added timescale section and cleaned up some of the overview text.

Added stiffness env. parameter and stiffness-corrected Bell model.

Following Walton et al. and my poster.  Currently a fairly ugly hack to
get some simulation data for my poster (in 4 days!).  I will come
back and clean things up afterwards.  Due to the coarseness of the
tension balancer, it's probably a better idea to get stiffnesses
for each of the groups separately and then add the stiffnesses in
series.  This removes the balancer completely.

Increased verbose output from tension_model_utils.

Corrected some strings for tension_model_utils.