Move Bell model unfolding rate test into pysawsim/test/bell_rate.py.

Cleaned up model and parameter estimation.  See
  W. Trevor King, Meihong Su, and Guoliang Yang.  Monte Carlo
  simulation of mechanical unfolding of proteins based on a simple
  two-state model. International Journal of Biological Macromolecules
  46 (2010) 159-166.  doi: 10.1016/j.ijbiomac.2009.12.001
  (king10 in src/sawsim.bib)
for details.

Use verbose nosetests (to easily ensure tests are being run).

Be less specific about fit info in pysawsim.fit.ModelFitter doctest.

pysawsim/fit.py should not be executable.

Escape LaTeX backslashes in pysawsim.test.constant_rate.

No need to give an explicit K in the pysawsim constant-rate analysis.

Add doctest call to pysawsim.test.constant_rate.test() so nosetests will run it.

constant_rate.py should not be executable.

Fixup pysawsim.test.constant_rate so it passes.

Only log WARNING level messages (and more urgent ones) in pysawsim.

Force bin_edges and counts to be numy arrays in Histogram.

ModelFitter.fit() should always return a list (even for single-parameter fits).

Move constant unfolding rate test into pysawsim/test/constant_rate.py.

Account for binwidth in HistogramModelFitter doctest.

Wider bins should increase the bin counts (all else being equal).

Also select a smaller sigma for the doctest, since that will make the
mean estimation less prone to errors large enough to break the test.

Split Histogram.analyze() out of Histogram.from_stream().

Add pysawsim.test submodule (currently empty).

Moved testing/common/fit.py to pysawsim/fit.py and cleaned up.

Merge remote branch 'pub/master'

Disable epilog line wrapping in pysawsim/parameter_error.py.

There *is* a Gentoo package for pbs_python: sys-cluster/pbs-python ;).

Update Gentoo overlay info in README now that my overlay is in the global list.

Add a Gentoo package section to the README.

Better pysawsim.sawsim.SAWSIM detection via distutils.spawn.find_executable().

Add simple setup.py for installing pysawsim.

Use `rm -rf` instead of `rmdir` for `make clean`.

This avoids "No such file or directory" errors if you run `make clean`
without having build the to-be-cleaned directories.

Create new phony Makefile targets all_doc and all_bin.

Fix : -> :: (rst markup) in README; document setupools/distrubute fork.

Use numpy.ndarray.sum() vs. __builtin__.sum() to compute hist bin counts.

It's much faster:
  $ time python -c 'import numpy; sum(numpy.arange(int(1e6)))'
  real    0m3.312s
  user    0m3.188s
  sys     0m0.118s
  $ time python -c 'import numpy; numpy.arange(int(1e6)).sum()'
  real    0m0.878s
  user    0m0.753s
  sys     0m0.122s

Remove cruft from testing/ in preparation for test migration to pysawsim/test/.

Python FAQ GIL link should point to GIL blurb, not GIL TOC entry.

Merge remote branch 'borg/master'

-m/--manager now defaults to auto-select.

Add ability to import a default manager with get_manager().

pysawsim/parameter_error.py should not be executable.

Add support for nosetests multiprocessing plugin.

See
  python-nose/doc/doc_tests/test_multiprocess/multiprocess.rst
for an explanation of the plugin and its peculiarities.

On a 16-core SMP machine, the test suite now runs with:
  Ran 27 tests in 58.077s
vs the old:
  Ran 23 tests in 69.325s

The extra tests are repeats, probably having to do with a
split-vs-share issue that I haven't tracked down yet.  The tests could
be faster still if we used the subproc manager by default for Python
>= 2.6.  I'll do that next.

Convert tabs to spaces in pre-commit-pysawsim-check.

Use single-quote delimited strings when possssible.

HistogramMatcher should not plot residual comparisons by default.

Added bin/sawsim_param_error.py and pysawsim/parameter_error.py

Assorted minor cleanups to pysawsim/parameter_scan.py.

Remove some more velocity-specific cruft from pysawsim/parameter_scan.py.

parameter_scan.py no longer needs to import anything from the .manager submod.

Print the CommandError of failed sawsim executions.

Save CommandError in failed InvokeJobs.

Add pysawsim.invoke.CommandError.__repr__() method and doctest.

Make pysawsim.invoke.CommandError picklable, and add doctest proof.

Fix cache shuffling (random.shuffle() shuffles in place, returns None).

Move __version__ import from sawsim_histogram to sawsim (for caching).

Start fleshing out "Related work" section in the manual.

To facilitate this, I've added the following new keys to sawsim.bib:
  jollymore09, kellermayer97, king10, marszalek98, oberhauser98, rief97a
I also renamed the old rief97 -> rief97b to avoid confusion with rief97a.

Also, run a second bibtex/pdflatex pass on compilation to handle a
single layer of cross referencing in the `note` field.

Fix some long URLs that had been wrapped by pybtex.

Update the README with more information about the pysawsim wrappers.

Add namedtuple definition from Python 2.6's collections.py as _collections.py

Move `import with_statement` from sawsim_histogram to sawsim.

Replace EXAMPLE_HISTOGRAM_FILE_CONTENTS histograms with N=400 examples.

Add epilogs to each OptionParser in pysawsim.

Move sawsim running into a new pysawsim.sawsim.SawsimRunner class.

Add 'mpi' to pysawsim.manager.MANAGERS.

Relax command-not-found doctest messages.

Merge branch 'master' of physics.drexel.edu/~wking/code/git/sawsim

Fix dropped receive during ThreadManager._spawn_jobs.

Add autogenerated .be/id-cache to .gitignore.

Merge branch 'master' of ssh://wking@einstein/~/public_html/code/git/sawsim

Upgrade .be bug cache to Bugs Everywhere Directory v1.4.

Disable pysawsim.manager.subproc is multiprocessing is missing.

Work around namedtuple import for Pythons < 2.6.

Also cleanup local mpd if the pysawsim nosetests fail.

Add CC, CFLAGS, and LDFLAGS to the Makefile for easy customization.

Work around missing MPD with a more elaborate pysawsim nosetest hook.

Kill off worker-node implementations of master code.

Add pysawsim.manager.mpi with an mpi4py-based manager.

Test with:
  mpdboot -1 -n 1 -f <(hostname)
  mpiexec -n 5 nosetests --with-doctest --doctest-tests pysawsim/manager/mpi.py
  mpdallexit

I still need to find a way to turn off the doctests when mpi4py is
installed, but the tests are not being run from an `mpiexec`ed
environment.

Add link to Python wiki's parallel processing page.

Adjust pysawsim.manager.pbs to skip most doctests if pbs mod is missing.

Remove execute permission from pysawsim/manager/pbs.py.

Add pysawsim.manager.subproc using subprocessing.

Add pysawsim.sawsim.main() and bin/sawsim_hist.py calling it.

Also fix a number of bugs turned up by trial calls to the new
sawsim_hist.py.

Add Histogram.to_stream() and .headings.

Fix 'intil_state' -> 'initial_state' typo in pysawsim.sawsim.Event.

Add Histogram.calculate_bin_edges().

Reduce ThreadManager default worker_thread to 2.

Add --sawsim option to velocity_dependant_scan.main().

Allow Job status logging when .status is an Exception.

Allow Job.__str__() to work when .id == None.

Teardown manager after use in velocity_dependant_scan.main().

Add --clean-cache option to velocity_dependant_scan.main().

No need for `if __name__ == '__main__'` in velocity_dependant_scan.

bin/vel_dep_scan.py provides access to velocity_dependant_scan.main().

Rearrange velocity_dependant_scan.main() to group residual-related options together.

Pass velocity_dependant_scan.main() --manager through to SawsimHistogram.

Reposition matplotlib.use() call in velocity_dependant_scan.py.

This fixes:

.../matplotlib/__init__.py:833: UserWarning:
This call to matplotlib.use() has no effect because the the backend
has already been chosen; matplotlib.use() must be called *before*
pylab, matplotlib.pyplot, or matplotlib.backends is imported for the
first time.

Fix sawsim_histogram imports in velocity_dependant_scan.py.

Add bin/vel_dep_scan.py calling pysawsim.velocity_dependant_scan.main().

Add --manager option to velocity_dependant_scan.py.

Add pysawsim.manager.SUBMODS and .IsSubclass and .get_manager.

IsSubclass is from my hooke.util.pluggable module.  get_manager() is
based on hooke.util.pluggable.submods() and .construct_odict().

.. _hooke: http://code.google.com/p/hooke/

Transition more of the pysawsim framework into Python.

Add pysawsim.sawsim module.

Move 'qwait' to pysawsim.manager.pbs and add the rest of PBSManager.

Fix a few deadlock errors in pysawsim.manager.thread.

Move Histogram class from fit_force_histogram to new pysawsim.histogram module.

JobManager.async_invoke() should accept Job instances.

It used to attempt to construct them on its own, but with multiple
subclasses (e.g. InvokeJob), that becomes too difficult.

Add pysawsim.manager and pysawsim.manager.thread for running asynchronous jobs.

Also:
* simplify .gitignore and add *.pyc.
* add log() and __version__ to pysawsim.
* fix exception handling in pysawsim.invoke.invoke().

Add pysawsim/__init__.py and break invoke out into its own module.