Cleanup reStructuredText in the README.

Update docs to point to Git repository.

Rename REAMDE -> README in test/data/vclamp_mfp3d.

Run update-copyright.py.

Transition to my external update-copyright package.

http://pypi.python.org/pypi/update-copyright/

Ran update_copyright.py.

Simplify ALIASES and add email addresses to AUTHOR_HACKS in update_copyright.py.

Now that we're versioning with Git, we can use .mailmap instead of
ALIASES.  The adjustments to AUTHOR_HACKS avoid duplicated entries
(author vs. author and email).

Add .mailmap to standardize author names and emails for update_copyright.py.

The format of the .mailmap file is described in git-shortlog's man page
under "MAPPING AUTHORS".

Change VCS from Mercurial to Git in update_copyright.py.

Convert .hgignore to .gitignore now that I'm versioning with Git.

Remove debugging *.dat file output from curve plugin.

Move everything except `GUI` from `hooke.ui.gui` to `hooke.ui.gui.interface`.

This allows Hooke to be used in command line mode without requiring a
suitable wxPython installation.

Remove nominal wxWidgets 2.8 support.

I was getting
  'MouseEvent' object has no attribute 'shiftDown'
when I tried to run the current GUI on wxWidgets 2.8.10.1.

Expand ~ in the glob path of 'glob curves to playlist'.

Add 'scaled column addition' command.

Example usage: removing linear drifts with

  scaled_column_addition --block retract
    --input_column_1 'surface deflection (m)'
    --input_column_2 'surface distance (m)'
    --output_column 'flattened surface deflection (m)
    --scale_1 1 --scale_2 -1
    --scale_2_name 'surface deflection offset|non-contact slope'

Also:
* Allow `None` as a column name in ColumnAccessCommand._get_column().
* Add 'force zero non-contact slope' option to SurfaceContactCommand.
* Convert slopes from surface contact fit from deflection/point to
  deflection/distance.
* Fix the returned deflection offset so it is a float and not a
  length-one tuple (by removing the trailing comma).

Initial work transitioning to wxWidgets 2.9.

m_shiftDown -> shiftDown in wxWidgets 2.9.0.1 [1]
NamedColor alias for NamedColour removed in in wxWidgets [version?] [2]

[1]: http://www.wxpython.org/recentchanges.php
[2]: http://svn.wxwidgets.org/viewvc/wx/wxPython/trunk/src/gtk/_gdi.py?r1=52881&r2=53838&pathrev=53838

Temporary fix to hooke/driver/wtk.py now that data_logger is deprecated.

Use sys.stderr.write instead of the deprecated 'print >>' syntax in the tutorial plugin.

Adjust NoteIndexList._index in .index() if it falls off the end of the list.

Call 'remove curve from playlist' when deleting curves via the playlist panel.

Fix 'remove curve from playlist' implementation.

Add GUI postprocessing for 'name playlist' so the new playlist shows up immediately.

Don't delete curve files through the GUI's delete function.

It is enough for them to be removed from the playlist.  There is no
need to touch the raw data file itself.

Standardize playlist path expansion in hooke/playlist.py.

Add motivational blurb to command_stack docstring.

Fix citating -> citing typo in doc/analysis.txt.

Remove more invalid loop syntax from hooke/plugin/multifit.py.

Fix invalid loop syntax in hooke/plugin/multifit.py.

Adjust fit-parameter handling for the polymer_fit plugin.

This should have happened during

changeset:   820:b0d23a0bdaf7
branch:      wtk
user:        W. Trevor King <wking@drexel.edu>
date:        Thu Apr 28 07:49:26 2011 -0400
summary:     Adapt to handle scipy.optimize.leastsq for scipy >= 0.8.0.

Clean up and adjust names of commands requiring curve updates in the GUI.

Ran update_copyright.py.

Adapt to handle scipy.optimize.leastsq for scipy >= 0.8.0.

For single-parameter fitting, leastsq() used to return the fitted
parameter as a float.  Now it returns it as a length-one array.  With
this commit, Hooke should work with either case.

Initial attempt at PicoForce 0x05120005 support.

Add Mercurial URL to README and use README as long_description,

Merge Veeco -> Bruker and NumPy/SciPy doc guide patches.

Update URL for NumPy/SciPy documentation guide.

Veeco -> Bruker since sale of metrology wing this August.

Better contact point detection now handles some initial vibrations.

Actually, filtering the copy directly is *almost* ok.

Use hooke.command_by_name[...] in hooke.plugin.*.

Only shallow copy when filtering a playlist.

We should iterate through the base playlist, because iterating over a
playlist that's having items removed is poorly defined.  However, if
were iterating through the input playlist and removing items from the
copy, we need a shallow copy so the item ids still match.  Curves can
belong to several playlists, so shallow copies are ok.

Another problem with the old version was that the _index was being
updated in the copy, not the current curve, so the
current_curve_callback() bit was *not* working.

.`_setup_item` -> `._setup_item` in hooke.playlist.Playlist.unload.__doc__.

Adjust playlist curve setup to load curves after YAML restore.

Add yaml load test to hooke.curve.Data.

expanduser() in hooke.playlist.load().

Don't save digests in the playlist file.

They create dependency loops:
  digest_{i+1} = checksum(file with digest_i)
With the old way, exiting after
  $ hk.py -c 'new_playlist --output_playlist mylist'
          -c 'glob_curves_to_playlist ...*.curve'
          -c 'save_playlist --output mylist' -p
would complain of unsaved playlists.

data_logger.normalize_logdir -> normalize_log_dir with data_logger v0.4.

Update WTK driver links with git.php -> gitweb.cgi.

Update test/wtk_driver.py for data_logger version 0.4.

Don't use questions in the README section headings.

Fixup reStructuredText in README.

Explain my Hooke ebuild in doc/install.txt.

Ran update_copyright.py, updating hooke/ui/gui/dialog/string.py.

Fix hg.py -> hk.py in setup.py.

Merged `igorbinarywave.py --not-strict` and playlist expanduser() commits.

Add -n/--not-strict to igorbinarywave.py (currently for IBW files with non-empty padding).

Move some playlist-related expanduser() calls from hooke.plugin.* to hooke.playlist and hooke.curve.

Update hooke.playlist.FilePlaylist doctests for explicit_user_call.

Update hooke.command_stack.CommandStack doctests for explicit_user_call.

Cleanups so hooke/ui/gui/ passes unittests.

Log errors when instantiation fails in hooke.util.pluggable.construct_*().

Relax doctest constraints on hooke.util.fit.ModelFitter.

I'm not sure of the reason behind the differences, but sometimes the
exit condition varies slightly depending on which test box I use.

Add os.path.expanduser() wrappers to user-supplied paths.

This allows things like
  [gui user interface]
  perspective path = ~/.hooke/resources/gui/perspective
to work as expected.

Zip files use slashes (not os.path.sep) for their path separator (JPK driver).

Quote backslash-containing arguments in doc/tutorial.py.

albedomanu -> Manuel Gensler based on an email from the latter.

Use `with Closing(...) as f:` in JPKDriver._zip_segment().

Extended test/jpk_driver.py to test .jpk-data1D file reading.

Extent JPK driver to also read .jpk-data1D-file files.

Also:
* Lowercase most JPK exception messages.
* Decode integer types to floats as specified by 'encoder'.
* Give the path to the old file when suggeesting an `out2jpk-force` upgrade.

Fix test/jpk_driver.py now that we can load each of the examples.

Ensure unique segment names in the JPK driver.

Fix distance_base_unit extraction in JPK driver for encoded data.

Fix JPK list field splitting for empty lists.

Only pass curve params out to segments if they exist.

Skip some param translation in the JPK driver for channel-less segments.

Improve handling of the base calibration slot units in JPK driver.

I'm using the 0.12 specs for the JPK driver, so allow version 0.12 files.

The previous range(12) code only went up to version 0.11.

Adjust unit extraction from the JPK file format.

I've emailed Michael Haggerty to track down the version that made the
change from 'data.unit=' to 'data.unit.unit='.  For now, I'm assuming
it's just <= 0.2.

Add support for raster and constant data to JPK driver.

Add support for {,u}int{16,32} segments in JPK driver.

TODO: check that these are converted to float32 or similar when
converting from bits to meters.  Potentially change from multi-column
Data blocks to lists of single column blocks to allow for different
dtypes in each block.

Break JPK data block name extraction out into ._zip_segment_name().

Also removes restrictions on allowed names.

Extract 'z piezo sensitivity (m/V)' from JPK files into Curve.info.

Not particularly important, since we convert from V to m inside the
driver, but it's an interesting property for getting a feel for how a
particular instrument works.

Accept version 0.2 (and similar?) JPK files with channels (vs. channels.list).

I've emailed Michael Haggerty for clarification on this issue, but
this will work until I hear back.

Mark block level spring constant as a hack in the JPK driver.

Don't assume you know which sJPK egments will be created.

Allow JPK file versions up to 0.12 (unfinished).

Add version 0.2 and 0.12 JPK file examples from Michael Haggerty.

Also adjust test/jpk_driver.py to attempt to load each file in the JPK
playlist.  Note that this currently fails for some of the new files
because I haven't fixed the JPK driver yet.

Move hooke.driver.igorbinarywave to hooke.util.igorbinarywave.

It's a utility for the MFP3D driver, not a driver in its own right.

Update test/ to pass after 8f1ebe298b48.

Don't specify curve or data block types.  See doc/standards.txt.

Add information about JPKForceSpec.txt to hooke.driver.jpk.__doc__.

Update this if you adjust the driver based on a newer spec, or if JPK
changes their licensing or contact email address.

Improve error message for old (ASCII) JPK file formats.

Michael Haggerty gave me the name of JPK's upgrade script so we can
point users in the right direction.

Remove 'results' panel from GUI.  Use 'block info' instead.

Added --config option to bin/hk.py to override built in config file path.

Remove hooke/plugin/export.py.

You can achieve the similar effects with
  do_fits         ->  'block info'
  do_force_curve  ->  'export block'
  do_notes        ->  'save playlist'
  do_overlay      ->  'export block' or future 'superimpose' + 'export block'
  do_results      ->  'block info' or 'export block'

Remove hooke/plugin/results.py.

I'm not sure what it was for in the first place.  Probably not a great
reason to remove it ;), but if it turns out to have been important, we
can always bring it back later.

Remove hooke/plugin/procplots.py.

Nothing substantially different from hooke/plugin/plotmanip.py.

Remove hooke/plugin/generalvclamp.py.

The only functions without analogs in the current framework are
already listed at the OldCruft class at the end of
hooke/plugin/curve.py.

Remove hooke/plugin/flatfilts*

Their functionality is now distributed among
  hooke/plugin/flatfilt.py
  hooke/plugin/convfilt.py
  hooke/util/peak.py

Update test/ with new 'block names' in 'curve info' (from 3371b5652dfe).