Remove hooke/plugin/procplots.py.
authorW. Trevor King <wking@drexel.edu>
Thu, 2 Sep 2010 14:10:18 +0000 (10:10 -0400)
committerW. Trevor King <wking@drexel.edu>
Thu, 2 Sep 2010 14:10:18 +0000 (10:10 -0400)
Nothing substantially different from hooke/plugin/plotmanip.py.

hooke/plugin/procplots.py [deleted file]

diff --git a/hooke/plugin/procplots.py b/hooke/plugin/procplots.py
deleted file mode 100644 (file)
index a2947dd..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,70 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-
-'''
-procplots.py
-
-Process plots plugin for force curves.
-
-Copyright ???? by ?
-with modifications by Dr. Rolf Schmidt (Concordia University, Canada)
-
-This program is released under the GNU General Public License version 2.
-'''
-
-import lib.libhooke as lh
-import wxversion
-wxversion.select(lh.WX_GOOD)
-
-import copy
-from numpy import arange, diff, fft, median
-from scipy.signal import medfilt
-
-from lib.peakspot import conv_dx
-import lib.prettyformat
-
-class procplotsCommands:
-
-#-----PLOT MANIPULATORS
-    def plotmanip_median(self, plot, current, customvalue=False):
-        '''
-        does the median of the y values of a plot
-        '''
-        median_filter = self.GetIntFromConfig('procplots', 'median')
-        if median_filter == 0:
-            return plot
-
-        if float(median_filter) / 2 == int(median_filter) / 2:
-            median_filter += 1
-
-        for curve in plot.curves:
-            curve.y = medfilt(curve.y, median_filter).tolist()
-
-        return plot
-
-    def plotmanip_correct(self, plot, current, customvalue=False):
-        '''
-        does the correction for the deflection for a force spectroscopy curve.
-        Assumes that:
-        - the current plot has a deflection() method that returns a vector of values
-        - the deflection() vector is as long as the X of extension + the X of retraction
-        - plot.vectors[0][0] is the X of extension curve
-        - plot.vectors[1][0] is the X of retraction curve
-
-        FIXME: both this method and the picoforce driver have to be updated, deflection() must return
-        a more sensible data structure!
-        '''
-        #use only for force spectroscopy experiments!
-        if current.driver.experiment != 'smfs':
-            return plot
-
-        if not customvalue:
-            customvalue = self.GetBoolFromConfig('procplots', 'correct')
-        if not customvalue:
-            return plot
-
-        defl_ext, defl_ret = current.driver.deflection()
-
-        plot.curves[lh.EXTENSION].x = [(zpoint - deflpoint) for zpoint,deflpoint in zip(plot.curves[lh.EXTENSION].x, defl_ext)]
-        plot.curves[lh.RETRACTION].x = [(zpoint - deflpoint) for zpoint,deflpoint in zip(plot.curves[lh.RETRACTION].x, defl_ret)]
-
-        return plot