src/cantilever/simulations.tex

   1 \section{Simulations}
   2
   3 We can model the I27 multimers as an array of Bell-model unfolders in
   4 series with a cantilever.  Any unfolded domains also contribute to the
   5 tension according to the WLC\index{WLC} tension formula.  Completing
   6 1000 simulated pulls for each cantilever/pulling-speed/multimer-number
   7 combination with our \sawsim\ Monte Carlo simulator yielded the
   8 following results
   9 (\cref{fig:cant:sim:v-dep,fig:cant:sim:load-dep,fig:cant:sim:i-dep}).
  10
  11 \begin{figure}
  12   \asyinclude{figures/cantilever-sim/v-dep}
  13   \caption{Unfolding force velocity dependence for different
  14     cantilevers.\label{fig:cant:sim:v-dep}}
  15 \end{figure}
  16
  17 \begin{figure}
  18   \asyinclude{figures/cantilever-sim/loading-rate}
  19   \caption{Unfolding force loading rate dependence simulations for
  20     different cantilevers.\label{fig:cant:sim:load-dep}}
  21 \end{figure}
  22
  23 \begin{figure}
  24   \asyinclude{figures/cantilever-sim/i-dep}
  25   \caption{Unfolding force peak index dependence simulations for
  26     different cantilevers.\label{fig:cant:sim:i-dep}}
  27 \end{figure}
  28
  29 %\begin{figure}
  30 %\begin{asy}
  31 %size(6cm,4cm,IgnoreAspect);
  32 %scale(Linear, Linear);
  33 %real xscale=1e9;
  34 %real yscale=1e12;
  35 %
  36 %graphFile("cantilever/stiffness_force-127_8", xscale, yscale, phard, m30, t=units("127","pN/nm"), dots=true);
  37 %graphFile("cantilever/stiffness_force-27_8", xscale, yscale, phard, m8, t=units("27","pN/nm"), dots=true);
  38 %
  39 %xlimits(0,200);
  40 %ylimits(0,350);
  41 %
  42 %label(sLabel("Sawtooth curves ("+units("v = 1","$\mu$m/s")+", 8 domains)"), point(N),N);
  43 %xaxis(sLabel("Distance (nm)"),BottomTop,LeftTicks);
  44 %yaxis(sLabel("Tension (pN)"),Left,RightTicks);
  45 %
  46 %picture q=secondaryY(new void(picture pic) {
  47 %  scale(pic,Linear,Linear);
  48 %  graphFile(pic, "cantilever/stiffness_stiffness-127_8", xscale, 1e3, pmed, m30, dots=true);
  49 %  graphFile(pic, "cantilever/stiffness_stiffness-27_8", xscale, 1e3, pmed, m8, dots=true);
  50 %  ylimits(pic, 0, 130);
  51 %  yaxis(pic, sLabel("Stiffness (pN/nm)"),Right, LeftTicks);
  52 %});
  53 %add(q);
  54 %
  55 %add(legend(),point(E)+(24pt,0),20E,UnFill);
  56 %\end{asy}
  57 %\end{figure}
  58