shell_cheatsheet.md

   1 # Basic Shell Commands
   2 ***
   3
   4 ## 1. Shell Basics:
   5 * **`.`** (a single period) --> refers to the current directory
   6 * **`..`** (a double period) --> refers to the directory above the current directory
   7 * **`~`** --> refers to your home directory. _Note:_ this command does NOT work on Windows machines (Mac and Linux are okay)
   8 * **`*`** --> wildcard (multiple characters). `*.txt` will match all files in the current directory that end with `.txt`
   9 * **`?`** --> wildcard (single character). `?.txt` will match `a.txt` and `b.txt`, but not `ab.txt`
  10 * **`cd ./dirname`** --> changes the current directory to the directory `dirname`
  11 * **`ls -F`** --> tells you what files and directories are in the current directory
  12
  13
  14
  15 ## 2. Creating Things:
  16 ### a) How to create new files and directories...
  17 * **`mkdir ./dirname`** --> makes a new directory called dirname below the current directory. _Note:_ Windows users will need to use `\` instead of `/` for the path separator
  18 * **`nano filename`** --> if `filename` does not exist, `nano` creates it and opens the `nano` text editor. If the file exists, `nano` opens it. _Note:_ _(i)_ You can use a different text editor if you like.  In gnome Linux, `gedit` works really well too. _(ii)_ `nano` (or `gedit`) create text files. It doesn't matter what the file extension is (or if there is one)
  19
  20 ### b) How to delete files and directories...
  21 #### _Remember that deleting is forever. There is NO going back_
  22 * **`rm ./filename`** --> deletes a file called `filename` from the current directory
  23 * **`rmdir ./dirname`** --> deletes the directory `dirname` from the current directory. _Note:_ `dirname` must be empty for `rmdir` to run.
  24
  25 ### c) How to copy and rename files and directories...
  26 * **`mv tmp/filename .`** --> moves the file `filename` from the directory `tmp` to the current directory. _Note:_ _(i)_ the original `filename` in `tmp` is deleted. _(ii)_ `mv` can also be used to rename files (e.g., `mv filename newname`
  27 * **`cp tmp/filename .`** --> copies the file `filename` from the directory `tmp` to the current directory. _Note:_ _(i)_ the original file is still there
  28
  29
  30
  31 ## 3. Pipes and Filters
  32 ### a) How to use wildcards to match filenames...
  33 Wildcards are a shell feature that makes the command line much more powerful than any GUI file managers.
  34
  35
  36 ** Table of commonly used wildcards
  37 | Wildcard               | Matches                                        |
  38 |------------------------|------------------------------------------------|
  39 | `*`                    | zero or more characters                        |
  40 | `?`                    | exactly one character                          |
  41 | `[abcde]`              | exactly one of the characters listed           |
  42 | `[a-e]`                | exactly one character in the given range       |
  43 | `[!abcde]`             | any character not listed                       |
  44 | `[!a-e]`               | any character that is not in the given range   |
  45 | `{software,carpentry}` | exactly one entire word from the options given |
  46
  47
  48
  49 ### b) That wildcards are expanded by the shell before commands are run...
  50 ### c) How to redirect a command's output to a file...
  51 ### d) How to redirect a command's input from a file...
  52 ### e) How to use the output of one command as the input to another with a pipe...
  53 ### f) That combining single-purpose filters with pipes is the most productive way to use the shell...
  54 ### g) That if a program conforms to Unix conventions, it can easily be combined with others...
  55
  56
  57
  58 ## 4. Variables
  59 ### a) Assignment
  60 * **`varname=1`** -->
  61
  62 ### b) Indexing
  63 * **`varname[0]`** --> _Note:_ the shell is zero indexed.  That means you always start counting from zero
  64
  65 ### c) Referencing
  66 * **`${varname}` -->
  67 * **`${varname[@]` -->
  68
  69
  70
  71 ## 5. Loops
  72 NEED TO DO VARIABLE ASSIGNMENT FIRST!!!!
  73 ### a) How to repeat operations using a loop...
  74 * **`for`** -->
  75     `for filename in *.dat
  76     do
  77       mv ${filename} ${newname}
  78     done`
  79
  80 * **`while`** -->
  81     `count=0
  82      while ${count} -lte 6
  83      do
  84        COMMAND HERE
  85      done`
  86
  87 ### b) That the loop variable takes on a different value each time through the loop...
  88 ### c) The difference between a variable's name and its value...
  89 ### d) Why spaces and some punctuation characters shouldn't be used in files' names...
  90 ### e) How to display history and re-use commands...
  91 * **`history`** --> displays your command history to the standard output (usually the screen)
  92
  93
  94
  95 ## 6. Shell Scripts
  96 ### a) How to store shell commands in a file...
  97 ### b) How to run a shell script...
  98 ### c) How to pass filenames into a shell script...
  99
 100
 101
 102 ## 7. Finding Things
 103 ### a) How to select lines matching patterns in text files...
 104 * **`grep [options] day haiku.txt`** --> finds every instance of the string `day` in the file haiku.txt and pipes it to standard output.
 105         * **`-E`** --> tells grep you will be using a regular expression. Enclose the regular expression in quotes. _Note:_ the power of `grep` comes from using regular expressions. Please see the regular expressions sheet for examples
 106         * **`-i`** --> makes matching case-insensitive
 107         * **`-n`** --> limits the number of lines that match to the first n matches
 108         * **`-v`** --> shows lines that do not match the pattern (inverts the match)
 109         * **`-w`** --> outputs instances where the pattern is a whole word
 110
 111 ### b) How to find files with certain properties...
 112 * **`find . -type d` -->
 113         * **`-type [df]`** --> d lists directories; f lists files
 114         * **`-maxdepth n`** --> `find` automatically searches subdirectories. If you don't want that, specify the number of levels below the working directory you would like to search
 115         * **`-mindepth n`** --> starts `find`'s search n levels below the working directory
 116
 117 ### c) How to use one command's output as arguments to another command...
 118
 119 ### d) How are text and binary files different?...
 120