pysawsim/sawsim_histogram.py

   1 # Copyright (C) 2009-2010  W. Trevor King <wking@drexel.edu>
   2 #
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   4 # it under the terms of the GNU General Public License as published by
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   7 #
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   9 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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  12 #
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  14 # along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  15 #
  16 # The author may be contacted at <wking@drexel.edu> on the Internet, or
  17 # write to Trevor King, Drudge's University, Physics Dept., 3141 Chestnut St.,
  18 # Philadelphia PA 19104, USA.
  19
  20 import numpy
  21
  22 from . import __version__, log
  23 from .histogram import Histogram
  24 from .manager import MANAGERS, get_manager
  25 from .sawsim import SawsimRunner
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  28 def sawsim_histogram(sawsim_runner, param_string, N=400, bin_edges=None):
  29         """Run `N` simulations and return a histogram with `bin_edges`.
  30
  31         If `bin_edges == None`, return a numpy array of all unfolding
  32         forces.
  33         """
  34         events = []
  35         for run in sawsim_runner(param_string=param_string, N=N):
  36             events.extend([event.force for event in run
  37                            if (event.initial_state == 'folded'
  38                                and event.final_state == 'unfolded')])
  39         events = numpy.array(events)
  40         if bin_edges == None:
  41             return events
  42         h = Histogram()
  43         h.from_data(events, bin_edges)
  44         return h
  45
  46
  47 def main(argv=None):
  48     """
  49     >>> main(['--sawsim', 'bin/sawsim', '-N', '2'])
  50     ... # doctest: +ELLIPSIS, +NORMALIZE_WHITESPACE
  51     #Force (N)  Unfolding events
  52     ...
  53     """
  54     from optparse import OptionParser
  55     import sys
  56
  57     if argv == None:
  58         argv = sys.argv[1:]
  59
  60     sr = SawsimRunner()
  61
  62     usage = '%prog [options]'
  63     epilog = '\n'.join([
  64             'Generate an unfolding force histogram from a series of `sawsim`',
  65             'runs.',
  66             ])
  67     parser = OptionParser(usage, epilog=epilog)
  68     for option in sr.optparse_options:
  69         parser.add_option(option)
  70     parser.add_option("-w", "--bin-width", dest="bin_width",
  71                       metavar="FLOAT", type='float',
  72                       help="Histogram bin width in newtons (%default).",
  73                       default=10e-12)
  74
  75     options,args = parser.parse_args(argv)
  76
  77     sr_call_params = sr.initialize_from_options(options)
  78     try:
  79         events = sawsim_histogram(
  80             sawsim_runner=sr, bin_edges=None, **sr_call_params)
  81     finally:
  82         sr.teardown()
  83
  84     if options.bin_width == None:
  85         sys.stdout.write('# Unfolding force (N)\n')
  86         events.tofile(sys.stdout, sep='\n')
  87         sys.stdout.write('\n')
  88     else:
  89         h = Histogram()
  90         h.from_data(events, bin_edges=h.calculate_bin_edges(
  91                 events, options.bin_width))
  92         h.headings = ['Force (N)', 'Unfolding events']
  93         h.to_stream(sys.stdout)