pysawsim/sawsim.py

   1 # Copyright (C) 2010  W. Trevor King <wking@drexel.edu>
   2 #
   3 # This program is free software: you can redistribute it and/or modify
   4 # it under the terms of the GNU General Public License as published by
   5 # the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
   6 # (at your option) any later version.
   7 #
   8 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
   9 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  11 # GNU General Public License for more details.
  12 #
  13 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  14 # along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  15 #
  16 # The author may be contacted at <wking@drexel.edu> on the Internet, or
  17 # write to Trevor King, Drudge's University, Physics Dept., 3141 Chestnut St.,
  18 # Philadelphia PA 19104, USA.
  19
  20
  21 """`sawsim` output parsing utilities.
  22
  23 * `Event` instances represent domain state transitions.
  24 * `parse()` parses the output of a typical `sawsim` run.
  25 """
  26
  27
  28 from collections import namedtuple
  29
  30
  31
  32 Event = namedtuple(
  33     typename='Event',
  34     field_names=['force', 'initial_state', 'final_state'])
  35
  36
  37 def parse(text):
  38     """Parse the output of a `sawsim` run.
  39
  40     >>> text = '''#Force (N)\\tinitial state\\tFinal state
  41     ... 2.90301e-10\\tfolded\\tunfolded
  42     ... 2.83948e-10\\tfolded\\tunfolded
  43     ... 2.83674e-10\\tfolded\\tunfolded
  44     ... 2.48384e-10\\tfolded\\tunfolded
  45     ... 2.43033e-10\\tfolded\\tunfolded
  46     ... 2.77589e-10\\tfolded\\tunfolded
  47     ... 2.85343e-10\\tfolded\\tunfolded
  48     ... 2.67796e-10\\tfolded\\tunfolded
  49     ... '''
  50     >>> events = list(parse(text))
  51     >>> len(events)
  52     8
  53     >>> events[0]  # doctest: +ELLIPSIS
  54     Event(force=2.9030...e-10, initial_state='folded', final_state='unfolded')
  55     """
  56     for line in text.splitlines():
  57         line = line.strip()
  58         if len(line) == 0 or line.startswith('#'):
  59             continue
  60         fields = line.split('\t')
  61         if len(fields) != 3:
  62             raise ValueError(fields)
  63         force,initial_state,final_state = fields
  64         yield Event(float(force), initial_state, final_state)