pysawsim/run_vel_dep

   1 #!/bin/bash
   2 #
   3 # run_vel_dep
   4 #
   5 # run BN*N simulations each at a series of pulling speeds V
   6 # (non-velocity parameters are copied from the run_vel_dep command
   7 # line) for each speed, save all unfolding data data_$V, and generate
   8 # a histogram of unfolding forces hist_$V also generate a file v_dep
   9 # with the mean unfolding force vs velocity.
  10 #
  11 # usage: run_vel_dep OUTPUT_DIR VS SAWSIM PARAMS...
  12 # e.g.   run_vel_dep v_dep-123xs \
  13 #          1e-9,1e-8,1e-7,1e-6,1e-5 \
  14 #          -s cantilever,hooke,0.05 -N1 \
  15 #          -s folded,null -N8 \
  16 #          -s 'unfolded,wlc,{0.39e-9,28e-9}' \
  17 #          -k 'folded,unfolded,bell,{3.3e-4,0.25e-9}' \
  18 #          -q folded
  19
  20 if [ $# -lt 3 ]; then
  21   STAMP=`date +"%Y.%m.%d.%H.%M.%S"`
  22   echo 'usage: run_vel_dep OUTPUT_DIR VS SAWSIM PARAMS...'
  23   echo "e.g.   run_vel_dep v_dep-$STAMP \\"
  24   echo '   1e-9,1e-8,1e-7,1e-6,1e-5 \'
  25   echo '   -s cantilever,hooke,0.05 -N1 \'
  26   echo '   -s folded,null -N8 \'
  27   echo '   -s "unfolded,wlc,{0.39e-9,28e-9}" \'
  28   echo '   -k "folded,unfolded,bell,{3.3e-4,0.25e-9}" \'
  29   echo '   -q folded'
  30   exit 1
  31 fi
  32
  33 DIR="$1"
  34 shift
  35 Vs=`echo $1 | sed 's/,/ /g'`
  36 shift
  37 # Protect special chars from later shell expansion by quoting and
  38 # escaping and " characters that may have been in $arg already.
  39 Q='"'
  40 EQ='\"'
  41 SAWSIM_PARAMS=`for arg in $@; do echo -n "$Q${arg//$Q/$EQ}$Q "; done`
  42
  43
  44 # We can't depend on the entire array in one shot, so
  45 # batch executions into a single array instance
  46 BN=20 # sawsim executions per array job instance
  47 #N=8 # number of arrays
  48 N=20 # number of arrays
  49 SAFTEY_SLEEP=2 # seconds to sleep between spawning array job and depending on it
  50                # otherwise dependencies don't catch
  51
  52 mkdir "$DIR" || exit 1
  53 pushd "$DIR" > /dev/null
  54 echo "Date "`date` > v_dep_notes
  55 echo "Run$ sawsim $SAWSIM_PARAMS -v \$V" >> v_dep_notes
  56 echo "for V in $Vs" >> v_dep_notes
  57
  58 Is=`seq 1 $N` # a list of allowed 'i's, since 'for' more compact than 'while'
  59
  60 vdone_condition="afterany"
  61 VJOBIDS=""
  62 for V in $Vs
  63 do
  64   # run N sawtooth simulations
  65   idone_condition="afterany"
  66   cmd="cd \$PBS_O_WORKDIR
  67        for i in \`seq 1 $BN\`; do
  68          ~/sawsim/sawsim $SAWSIM_PARAMS -v $V > run_$V-\$PBS_ARRAYID-\$i
  69        done"
  70   JOBID=`echo "$cmd" | qsub -h -t 1-$N -N "sawsim" -o run_$V.o -e run_$V.e` || exit 1
  71   #  "3643.abax.physics.drexel.edu" --> "3643"
  72   ARRAYID=`echo "$JOBID" | sed "s/\\([0-9]*\\)\\([.].*\\)/\\1/g"`
  73   for i in $Is; do idone_condition="$idone_condition:$ARRAYID-$i"; done
  74
  75   sleep $SAFTEY_SLEEP
  76   # once they're done, compile a list of all unfolding forces for each speed
  77   JOBID=`echo "cd \\\$PBS_O_WORKDIR && cat run_$V-* | grep -v '#' | cut -f1 > data_$V" |\
  78       qsub -h -W depend="$idone_condition" -N sawComp -o data_$V.o -e data_$V.e` \
  79         || exit 1
  80   vdone_condition="$vdone_condition:$JOBID"
  81   VJOBIDS="$VJOBIDS $JOBID"
  82   for i in $Is; do qrls "$ARRAYID-$i"; done
  83 done
  84
  85 # once we have force lists for each velocity, make histograms and F(V) chart
  86 JOBID=`echo "cd \\\$PBS_O_WORKDIR && $HOME/script/vel_dep_graph $Vs" | \
  87     qsub -W depend="$vdone_condition" -N sawsimGraph` || exit 1
  88 #  "3643.abax.physics.drexel.edu" --> "3643"
  89 ARRAYID=`echo "$JOBID" | sed "s/\\([0-9]*\\)\\([.].*\\)/\\1/g"`
  90 for job in $VJOBIDS; do qrls $job; done
  91
  92 popd > /dev/null
  93
  94 # wait until the final job exits
  95 qwait $ARRAYID
  96
  97 exit 0