33/f1c2f1c340fc85c18bc77de20d350f8c8001ef

   1 Return-Path: <guyzmo+notmuch@m0g.net>\r
   2 X-Original-To: notmuch@notmuchmail.org\r
   3 Delivered-To: notmuch@notmuchmail.org\r
   4 Received: from localhost (localhost [127.0.0.1])\r
   5  by arlo.cworth.org (Postfix) with ESMTP id D30846DE10F8\r
   6  for <notmuch@notmuchmail.org>; Wed,  6 Jan 2016 07:41:30 -0800 (PST)\r
   7 X-Virus-Scanned: Debian amavisd-new at cworth.org\r
   8 X-Spam-Flag: NO\r
   9 X-Spam-Score: -0.652\r
  10 X-Spam-Level: \r
  11 X-Spam-Status: No, score=-0.652 tagged_above=-999 required=5\r
  12  tests=[DKIM_SIGNED=0.1, DKIM_VALID=-0.1, DKIM_VALID_AU=-0.1,\r
  13  RP_MATCHES_RCVD=-0.55, SPF_HELO_PASS=-0.001, SPF_PASS=-0.001]\r
  14  autolearn=disabled\r
  15 Received: from arlo.cworth.org ([127.0.0.1])\r
  16  by localhost (arlo.cworth.org [127.0.0.1]) (amavisd-new, port 10024)\r
  17  with ESMTP id irhWR65Y7RhG for <notmuch@notmuchmail.org>;\r
  18  Wed,  6 Jan 2016 07:41:28 -0800 (PST)\r
  19 X-Greylist: delayed 340 seconds by postgrey-1.35 at arlo;\r
  20  Wed, 06 Jan 2016 07:41:27 PST\r
  21 Received: from elendil.m0g.net (elendil.m0g.net [212.83.155.195])\r
  22  by arlo.cworth.org (Postfix) with ESMTPS id 97BBC6DE103A\r
  23  for <notmuch@notmuchmail.org>; Wed,  6 Jan 2016 07:41:27 -0800 (PST)\r
  24 Received: from authenticated-user (elendil.m0g.net [212.83.155.195])\r
  25  (using TLSv1 with cipher ECDHE-RSA-AES256-SHA (256/256 bits))\r
  26  (No client certificate requested)\r
  27  by elendil.m0g.net (Postfix) with ESMTPSA id 0C6D82A096B\r
  28  for <notmuch@notmuchmail.org>; Wed,  6 Jan 2016 16:35:43 +0100 (CET)\r
  29 DKIM-Signature: v=1; a=rsa-sha256; c=simple/simple; d=m0g.net; s=mail;\r
  30  t=1452094544; bh=hQjmQxPSz+u23SSXrZFWUFClEE7MoEYqvPJEs1DlCFE=;\r
  31  h=From:Subject:Date:To:From;\r
  32  b=iv0Wk9DttI+aAoPMukck+xeTNYONKy77azibelYW5VBt8fAD0oRMfDlWwCXpsbgfU\r
  33  pc8SyFJ50DbquNmreiXgK3IwuRW+Wc79V7uPf/B3rP/qoTNAwV3nIfE533NlL+4Bo5\r
  34  7ldetkRr9W88SHwPnVO+GzJPHtcxhO9TIqKvAx8/J6M/5FTgqAzS8nYlW4cVKsLjdH\r
  35  LU/6L0PMIQ0KK7hsUimrYLHpOprZ4s2zPwpucl9ZTiOnhUetfyedoY+WwD3JNhCMff\r
  36  rj10pVfr7MNGIRJS1xcvFOQtJmpZOh6IokG3H0aLKghfRnk41x3hpqtbF5eUKY6d2V\r
  37  J5O8/Sly3MVRg==\r
  38 From: Guyzmo <guyzmo+notmuch@m0g.net>\r
  39 Content-Type: text/plain; charset=utf-8\r
  40 Content-Transfer-Encoding: quoted-printable\r
  41 Subject: Xapian lockup when writing to the notmuch database\r
  42 Message-Id: <E3479D8D-28C6-4C36-9F83-081A6E548D4D@m0g.net>\r
  43 Date: Wed, 6 Jan 2016 15:35:43 +0000\r
  44 To: notmuch@notmuchmail.org\r
  45 Mime-Version: 1.0\r
  46 X-BeenThere: notmuch@notmuchmail.org\r
  47 X-Mailman-Version: 2.1.20\r
  48 Precedence: list\r
  49 List-Id: "Use and development of the notmuch mail system."\r
  50  <notmuch.notmuchmail.org>\r
  51 List-Unsubscribe: <https://notmuchmail.org/mailman/options/notmuch>,\r
  52  <mailto:notmuch-request@notmuchmail.org?subject=unsubscribe>\r
  53 List-Archive: <http://notmuchmail.org/pipermail/notmuch/>\r
  54 List-Post: <mailto:notmuch@notmuchmail.org>\r
  55 List-Help: <mailto:notmuch-request@notmuchmail.org?subject=help>\r
  56 List-Subscribe: <https://notmuchmail.org/mailman/listinfo/notmuch>,\r
  57  <mailto:notmuch-request@notmuchmail.org?subject=subscribe>\r
  58 X-List-Received-Date: Wed, 06 Jan 2016 15:41:31 -0000\r
  59 \r
  60 Hello,\r
  61 \r
  62 I have migrated my mail configuration from an old machine to a new one, =\r
  63 which is a xen=20\r
  64 server with several VM instances. I have one VM dedicated to do mail =\r
  65 stuff, and I want\r
  66 to manage my Maildir using notmuch in another one. So I set up an NFSv4 =\r
  67 share (with\r
  68 sync option set) from the mail server, to have my Maildir accessible =\r
  69 from the other VM.=20\r
  70 Of course, I made sure my user is able to have full privileges over the =\r
  71 mounted share,\r
  72 and there=E2=80=99s only one instance of notmuch running over that =\r
  73 xapian db at all times.\r
  74 \r
  75 All read only operations work just perfectly fine, I can even run =\r
  76 notmuch-kz and have\r
  77 it list my search mailboxes.\r
  78 \r
  79 But when I do `notmuch new` it hangs. So I did ran it through gdb and =\r
  80 here is the result:\r
  81 \r
  82 % gdb notmuch\r
  83 (gdb) run new\r
  84 Starting program: /usr/local/bin/notmuch new\r
  85 [Thread debugging using libthread_db enabled]\r
  86 Using host libthread_db library =\r
  87 "/lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/libthread_db.so.1".\r
  88 ^C\r
  89 Program received signal SIGINT, Interrupt.\r
  90 0xb7fe1428 in __kernel_vsyscall ()\r
  91 (gdb) bt\r
  92 #0  0xb7fe1428 in __kernel_vsyscall ()\r
  93 #1  0xb7d2a953 in read () from /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/libc.so.6\r
  94 #2  0xb7adf538 in read (__nbytes=3D1, __buf=3D0xbfffedfc, =\r
  95 __fd=3D<optimized out>) at /usr/include/i386-linux-gnu/bits/unistd.h:45\r
  96 #3  FlintLock::lock (this=3D0x8079180, exclusive=3Dtrue, =\r
  97 explanation=3D...) at ../backends/flint_lock.cc:222\r
  98 #4  0xb7b30a86 in ChertDatabase::get_database_write_lock =\r
  99 (this=3Dthis@entry=3D0x80789a0, creating=3Dcreating@entry=3Dfalse)\r
 100     at ../backends/chert/chert_database.cc:505\r
 101 #5  0xb7b34fd2 in ChertDatabase::ChertDatabase =\r
 102 (this=3Dthis@entry=3D0x80789a0, chert_dir=3D..., action=3Daction@entry=3D1=\r
 103 , block_size=3Dblock_size@entry=3D8192)\r
 104     at ../backends/chert/chert_database.cc:154\r
 105 #6  0xb7b35554 in ChertWritableDatabase::ChertWritableDatabase =\r
 106 (this=3D0x80789a0, dir=3D..., action=3D1, block_size=3D8192)\r
 107     at ../backends/chert/chert_database.cc:1036\r
 108 #7  0xb7adcee4 in Xapian::WritableDatabase::WritableDatabase =\r
 109 (this=3D0x80780c8, path=3D..., action=3D1) at =\r
 110 ../backends/dbfactory.cc:490\r
 111 #8  0xb7fb8c68 in notmuch_database_open_verbose (path=3D0x80780c8 =\r
 112 "\340\327=C5=B7", mode=3DNOTMUCH_DATABASE_MODE_READ_WRITE, =\r
 113 database=3D0xbffff230,=20\r
 114     status_string=3D0xbffff248) at lib/database.cc:933\r
 115 #9  0x08054e93 in notmuch_new_command (config=3D0x80745b8, argc=3D1, =\r
 116 argv=3D0xbffff678) at notmuch-new.c:1008\r
 117 #10 0x0804df87 in main (argc=3D2, argv=3D0xbffff674) at notmuch.c:421\r
 118 (gdb)=20\r
 119 \r
 120 then I tried doing another write operation, doing a `notmuch tag` =\r
 121 command\r
 122 \r
 123 % gdb notmuch\r
 124 (gdb) run tag +tag id:<a_unique_mail_id>\r
 125 (gdb) bt\r
 126 #0  0xb7fe1428 in __kernel_vsyscall ()\r
 127 #1  0xb7d2a953 in read () from /lib/i386-linux-gnu/i686/cmov/libc.so.6\r
 128 #2  0xb7adf538 in read (__nbytes=3D1, __buf=3D0xbfffefac, =\r
 129 __fd=3D<optimized out>) at /usr/include/i386-linux-gnu/bits/unistd.h:45\r
 130 #3  FlintLock::lock (this=3D0x8079360, exclusive=3Dtrue, =\r
 131 explanation=3D...) at ../backends/flint_lock.cc:222\r
 132 #4  0xb7b30a86 in ChertDatabase::get_database_write_lock =\r
 133 (this=3Dthis@entry=3D0x8078b80, creating=3Dcreating@entry=3Dfalse)\r
 134     at ../backends/chert/chert_database.cc:505\r
 135 #5  0xb7b34fd2 in ChertDatabase::ChertDatabase =\r
 136 (this=3Dthis@entry=3D0x8078b80, chert_dir=3D..., action=3Daction@entry=3D1=\r
 137 , block_size=3Dblock_size@entry=3D8192)\r
 138     at ../backends/chert/chert_database.cc:154\r
 139 #6  0xb7b35554 in ChertWritableDatabase::ChertWritableDatabase =\r
 140 (this=3D0x8078b80, dir=3D..., action=3D1, block_size=3D8192)\r
 141     at ../backends/chert/chert_database.cc:1036\r
 142 #7  0xb7adcee4 in Xapian::WritableDatabase::WritableDatabase =\r
 143 (this=3D0x80780c8, path=3D..., action=3D1) at =\r
 144 ../backends/dbfactory.cc:490\r
 145 #8  0xb7fb8c68 in notmuch_database_open_verbose (path=3D0x80780c8 =\r
 146 "\340\327=C5=B7", mode=3DNOTMUCH_DATABASE_MODE_READ_WRITE, =\r
 147 database=3D0xbffff3e4,=20\r
 148     status_string=3D0xbffff39c) at lib/database.cc:933\r
 149 #9  0xb7fb975c in notmuch_database_open (path=3D0x8078068 =\r
 150 "/home/guyzmo/Maildir", =\r
 151 mode=3Dmode@entry=3DNOTMUCH_DATABASE_MODE_READ_WRITE,=20\r
 152     database=3Ddatabase@entry=3D0xbffff3e4) at lib/database.cc:848\r
 153 #10 0x0805cbe4 in notmuch_tag_command (config=3D0x80745b8, argc=3D3, =\r
 154 argv=3D0xbffff638) at notmuch-tag.c:262\r
 155 #11 0x0804df87 in main (argc=3D4, argv=3D0xbffff634) at notmuch.c:421\r
 156 (gdb)=20\r
 157 \r
 158 I=E2=80=99m running notmuch on a Debian Jessie (v7), on which I compiled =\r
 159 latest notmuch\r
 160 from git, using the repository=E2=80=99s libxapian which is v1.2.12-2.\r
 161 \r
 162 Now, I could use a newer version of libxapian, either V1.2.19 from the =\r
 163 debian=20\r
 164 backports (https://packages.debian.org/jessie/libxapian22), or get the =\r
 165 latest\r
 166 compiling it from sources, as it looks like the flintlock.cc compilation =\r
 167 unit\r
 168 has been rewritten since v1.2.12 =E2=80=94 though it looks like the part =\r
 169 where it hangs\r
 170 is looking quite alike, but it=E2=80=99s hard to tell from the changes =\r
 171 whether that=20\r
 172 would have an inpact.\r
 173 \r
 174 So my question is whether this is a known issue, and is actually related =\r
 175 to\r
 176 the fact that I=E2=80=99m running it over NFS. I looked for NFS related =\r
 177 comments on\r
 178 xapian website and so far I found nothing looking alike my issue.\r
 179 \r
 180 I=E2=80=99ll try testing with other versions of xapian and see it solves =\r
 181 it. If the\r
 182 issue is still on with HEAD of xapian=E2=80=99s sources, then I=E2=80=99ll=\r
 183  do a bug report.\r
 184 Until then, I=E2=80=99m just checking on this list for ideas and =\r
 185 comments, in hope\r
 186 for a working solution.\r
 187 \r
 188 Cheers,\r
 189 \r
 190 --=20\r
 191 Guyzmo=\r