plugins/export.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 '''
   4 export.py
   5
   6 Export commands for Hooke.
   7
   8 Copyright 2010 by Dr. Rolf Schmidt (Concordia University, Canada)
   9
  10 This program is released under the GNU General Public License version 2.
  11 '''
  12
  13 import lib.libhooke as lh
  14 import wxversion
  15 wxversion.select(lh.WX_GOOD)
  16
  17 import copy
  18 import os.path
  19 import time
  20 import wx
  21
  22 class exportCommands(object):
  23     '''
  24     Export force curves, fits and results in different formats
  25     '''
  26
  27     def _plug_init(self):
  28         pass
  29
  30     def do_fits(self):#, ext='', folder='', prefix='', separator=''):
  31         '''
  32         Exports all approach and retraction files in a playlist and
  33         all fitting results (if available) in a columnar ASCII format.
  34         Please make sure that the number of points in the fit is smaller
  35         or equal to the number of points in the approach/retraction.
  36         For the time being, exports only one set of results (e.g. WLC
  37         or FJC, not both).
  38         '''
  39
  40         ext = self.GetStringFromConfig('export', 'fits', 'ext')
  41         folder = self.GetStringFromConfig('export', 'fits', 'folder')
  42         prefix = self.GetStringFromConfig('export', 'fits', 'prefix')
  43         separator = self.GetStringFromConfig('export', 'fits', 'separator')
  44         #TODO: add list for Tab, Space, Comma, Other
  45         #add string for Other
  46
  47         active_file = self.GetActiveFile()
  48         plot = self.GetDisplayedPlot()
  49
  50         #TODO: fix for multiple results
  51         #add empty columns before adding new results if necessary
  52         if plot is not None:
  53             for results_str, results in plot.results.items():
  54                 for curve in results.results:
  55                     output = []
  56                     header_str = ''
  57                     if curve.visible:
  58                         header_str += curve.label + '_x (' + curve.units.x + ')' + separator + curve.label + '_y (' + curve.units.y + ')'
  59                         output.append(header_str)
  60                         for index, row in enumerate(curve.x):
  61                             output.append(separator.join([str(curve.x[index]), str(curve.y[index])]))
  62                     if output:
  63                         #TODO: add option to replace or add the new file extension
  64                         #add option to rename file from default.000 to default_000
  65                         filename = os.path.basename(active_file.filename)
  66                         filename = ''.join([prefix, filename, '_', curve.label, '.', ext])
  67                         filename = os.path.join(folder, filename)
  68                         output_file = open(filename, 'w')
  69                         output_file.write('\n'.join(output))
  70                         output_file.close
  71
  72     def do_force_curve(self):
  73         '''
  74         TXT
  75         Saves the current curve as a text file
  76         Columns are, in order:
  77         X1 , Y1 , X2 , Y2 , X3 , Y3 ...
  78
  79         -------------
  80         Syntax: txt [filename] {plot to export}
  81         '''
  82
  83         ext = self.GetStringFromConfig('export', 'force_curve', 'ext')
  84         folder = self.GetStringFromConfig('export', 'force_curve', 'folder')
  85         prefix = self.GetStringFromConfig('export', 'force_curve', 'prefix')
  86         separator = self.GetStringFromConfig('export', 'force_curve', 'separator')
  87         #TODO: add list for Tab, Space, Comma, Other
  88         #add string for Other
  89
  90         active_file = self.GetActiveFile()
  91         plot = self.GetActivePlot()
  92         extension = plot.curves[lh.EXTENSION]
  93         retraction = plot.curves[lh.RETRACTION]
  94
  95         output = []
  96         header_str = ''
  97         for index, curve in enumerate(plot.curves):
  98             header_str += curve.label + '_x (' + curve.units.x + ')' + separator + curve.label + '_y (' + curve.units.y + ')'
  99             if index < len(plot.curves) - 1:
 100                 header_str += separator
 101         output.append(header_str)
 102         #TODO: add units
 103         for index, row in enumerate(extension.x):
 104             output.append(separator.join([str(extension.x[index]), str(extension.y[index]), str(retraction.x[index]), str(retraction.y[index])]))
 105
 106         if output:
 107             #TODO: add option to replace or add the new file extension
 108             #add option to rename file from default.000 to default_000
 109             filename = os.path.basename(active_file.filename)
 110             filename = ''.join([prefix, filename, '.', ext])
 111             filename = os.path.join(folder, filename)
 112             output_file = open(filename, 'w')
 113             output_file.write('\n'.join(output))
 114             output_file.close
 115
 116     def do_overlay(self):
 117         '''
 118         Exports all retraction files in a playlist with the same scale.
 119         The files can then be overlaid in a graphing program to see which
 120         ones have the same shape.
 121         Use this export command only on filtered lists as it takes a long time
 122         to complete even with a small number of curves.
 123         '''
 124         playlist = self.GetActivePlaylist()
 125
 126         filename_prefix = self.GetStringFromConfig('export', 'overlay', 'prefix')
 127
 128         differences_x = []
 129         differences_y = []
 130         number_of_curves = playlist.count
 131         message_str = ''.join([str(number_of_curves), ' files to load.\n\n'])
 132         progress_dialog = wx.ProgressDialog('Loading', message_str, maximum=number_of_curves, parent=self, style=wx.PD_APP_MODAL|wx.PD_SMOOTH|wx.PD_AUTO_HIDE)
 133         for index, current_file in enumerate(playlist.files):
 134             current_file.identify(self.drivers)
 135             plot = current_file.plot
 136
 137             plot.raw_curves = copy.deepcopy(plot.curves)
 138             #apply all active plotmanipulators and add the 'manipulated' data
 139             for plotmanipulator in self.plotmanipulators:
 140                 if self.GetBoolFromConfig('core', 'plotmanipulators', plotmanipulator.name):
 141                     plot = plotmanipulator.method(plot, current_file)
 142             #add corrected curves to plot
 143             plot.corrected_curves = copy.deepcopy(plot.curves)
 144
 145             curve = current_file.plot.corrected_curves[lh.RETRACTION]
 146             differences_x.append(curve.x[0] - curve.x[-1])
 147             differences_y.append(curve.x[0] - curve.y[-1])
 148             progress_dialog.Update(index, ''.join([message_str, 'Loading ', str(index + 1), '/', str(number_of_curves)]))
 149         progress_dialog.Destroy()
 150
 151         max_x = max(differences_x)
 152         max_y = max(differences_y)
 153         message_str = ''.join([str(number_of_curves), ' files to export.\n\n'])
 154         for index, current_file in enumerate(playlist.files):
 155             curve = current_file.plot.corrected_curves[lh.RETRACTION]
 156             first_x = curve.x[0]
 157             first_y = curve.y[0]
 158             new_x = [x - first_x for x in curve.x]
 159             new_y = [y - first_y for y in curve.y]
 160             new_x.append(-max_x)
 161             new_y.append(-max_y)
 162             output_str = ''
 163             for row_index, row in enumerate(new_x):
 164                 output_str += ''.join([str(new_x[row_index]), ', ', str(new_y[row_index]), '\n'])
 165
 166             if output_str != '':
 167                 filename = ''.join([filename_prefix, current_file.name])
 168                 filename = current_file.filename.replace(current_file.name, filename)
 169                 output_file = open(filename, 'w')
 170                 output_file.write(output_str)
 171                 output_file.close
 172         progress_dialog.Destroy()
 173
 174     def do_results(self, filename='', separator=''):
 175         '''
 176         EXPORTFITS
 177         Exports all visible fit results in a playlist into a delimited text file
 178         '''
 179         if filename == '':
 180             filename = self.GetStringFromConfig('export', 'results', 'filename')
 181         if separator == '':
 182             separator = self.GetStringFromConfig('export', 'results', 'separator')
 183
 184         playlist = self.GetActivePlaylist()
 185         output_str = ''
 186         header_str = ''
 187         for current_file in playlist.files:
 188             if len(current_file.plot.results) > 0:
 189                 for key in current_file.plot.results.keys():
 190                     #if there are different types of fit results in the playlist, the header might have to change
 191                     #here, we generate a temporary header and compare it to the current header
 192                     #if they are different, the tempeorary header is used
 193                     #we get the header from the fit and add the 'filename' column
 194                     temporary_header_str = ''.join([current_file.plot.results[key].get_header_as_str(), separator, 'Filename'])
 195                     if temporary_header_str != header_str:
 196                         header_str = ''.join([current_file.plot.results[key].get_header_as_str(), separator, 'Filename'])
 197                         output_str = ''.join([output_str, header_str, '\n'])
 198                     for index, result in enumerate(current_file.plot.results[key].results):
 199                         if result.visible:
 200                             #similar to above, we get the result from the fit and add the filename
 201                             line_str = current_file.plot.results[key].get_result_as_string(index)
 202                             line_str = ''.join([line_str, separator, current_file.filename])
 203                             output_str = ''.join([output_str, line_str, '\n'])
 204         if output_str != '':
 205             output_str = ''.join(['Analysis started ', time.asctime(), '\n', output_str])
 206             output_file = open(filename, 'w')
 207             output_file.write(output_str)
 208             output_file.close
 209         else:
 210             dialog = wx.MessageDialog(None, 'No results found, file not saved.', 'Info', wx.OK)
 211             dialog.ShowModal()