lib/libhooke.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 '''
   4 libhooke.py
   5
   6 General library of internal objects and utilities for Hooke.
   7
   8 Copyright 2006 by Massimo Sandal (University of Bologna, Italy).
   9 With algorithms contributed by Francesco Musiani (University of Bologna, Italy)
  10 And additions contributed by Dr. Rolf Schmidt (Concordia University, Canada)
  11
  12 This program is released under the GNU General Public License version 2.
  13 '''
  14
  15 import csv
  16 import os.path
  17 import numpy
  18 import scipy
  19
  20 HOOKE_VERSION=['0.9.0_devel', 'Kenzo', '2010-01-31']
  21 WX_GOOD=['2.6','2.8']
  22 hookeDir=''
  23
  24 #constants for 'special' curves
  25 #this can make it easier to understand what curve we are working on
  26 EXTENSION = 0
  27 RETRACTION = 1
  28
  29 def delete_empty_lines_from_xmlfile(filename):
  30     #the following 3 lines are needed to strip newlines.
  31     #Otherwise, since newlines are XML elements too, the parser would read them
  32     #(and re-save them, multiplying newlines...)
  33     aFile=file(filename).read()
  34     aFile=aFile.split('\n')
  35     aFile=''.join(aFile)
  36     return aFile
  37
  38 def get_file_path(filename, folders = []):
  39     if os.path.dirname(filename) == '' or os.path.isabs(filename) == False:
  40         path = ''
  41         for folder in folders:
  42             path = os.path.join(path, folder)
  43         filename = os.path.join(hookeDir, path, filename)
  44
  45     return filename
  46
  47 def coth(z):
  48     '''
  49     hyperbolic cotangent
  50     '''
  51     return (numpy.exp(2 * z) + 1) / (numpy.exp(2 * z) - 1)
  52
  53 class ClickedPoint(object):
  54     '''
  55     this class defines what a clicked point on the curve plot is
  56     '''
  57     def __init__(self):
  58
  59         self.is_marker = None #boolean ; decides if it is a marker
  60         self.is_line_edge = None #boolean ; decides if it is the edge of a line (unused)
  61         self.absolute_coords = (None, None) #(float,float) ; the absolute coordinates of the clicked point on the graph
  62         self.graph_coords = (None, None) #(float,float) ; the coordinates of the plot that are nearest in X to the clicked point
  63         self.index = None #integer ; the index of the clicked point with respect to the vector selected
  64         self.dest = None #0 or 1 ; 0=top plot 1=bottom plot
  65
  66     def find_graph_coords(self, xvector, yvector):
  67         '''
  68         Given a clicked point on the plot, finds the nearest point in the dataset (in X) that
  69         corresponds to the clicked point.
  70         '''
  71         dists = []
  72         for index in scipy.arange(1, len(xvector), 1):
  73             dists.append(((self.absolute_coords[0] - xvector[index]) ** 2)+((self.absolute_coords[1] - yvector[index]) ** 2))
  74
  75         self.index=dists.index(min(dists))
  76         self.graph_coords=(xvector[self.index], yvector[self.index])
  77 #-----------------------------------------
  78 #CSV-HELPING FUNCTIONS
  79
  80 def transposed2(lists, defval=0):
  81     '''
  82     transposes a list of lists, i.e. from [[a,b,c],[x,y,z]] to [[a,x],[b,y],[c,z]] without losing
  83     elements
  84     (by Zoran Isailovski on the Python Cookbook online)
  85     '''
  86     if not lists: return []
  87     return map(lambda *row: [elem or defval for elem in row], *lists)
  88
  89 def csv_write_dictionary(f, data, sorting='COLUMNS'):
  90     '''
  91     Writes a CSV file from a dictionary, with keys as first column or row
  92     Keys are in "random" order.
  93
  94     Keys should be strings
  95     Values should be lists or other iterables
  96     '''
  97     keys=data.keys()
  98     values=data.values()
  99     t_values=transposed2(values)
 100     writer=csv.writer(f)
 101
 102     if sorting=='COLUMNS':
 103         writer.writerow(keys)
 104         for item in t_values:
 105             writer.writerow(item)
 106
 107     if sorting=='ROWS':
 108         print 'Not implemented!' #FIXME: implement it.