hooke/driver/__init__.py

   1 """The driver module provides :class:`Driver`\s for identifying and
   2 reading data files.
   3
   4 This allows Hooke to be data-file agnostic.  Drivers for various
   5 commercial force spectroscopy microscopes are provided, and it's easy
   6 to write your own to handle your lab's specific format.
   7 """
   8
   9 from ..config import Setting
  10 from ..util.graph import Node, Graph
  11
  12
  13 DRIVER_MODULES = [
  14 #    ('csvdriver', True),
  15 #    ('hdf5', True),
  16 #    ('hemingclamp', True),
  17 #    ('jpk', True),
  18 #    ('mcs', True),
  19 #    ('mfp1dexport', True),
  20 #    ('mfp3d', True),
  21 #    ('picoforce', True),
  22 #    ('picoforcealt', True),
  23     ('tutorial', True),
  24 ]
  25 """List of driver modules and whether they should be included by
  26 default.  TODO: autodiscovery
  27 """
  28
  29 class NotRecognized (ValueError):
  30     def __init__(self, path):
  31         msg = 'Not a recognizable curve format: %s' % self.path
  32         ValueError.__init__(self, msg)
  33         self.path = path
  34
  35 class Driver(object):
  36     """Base class for file format drivers.
  37
  38     :attr:`name` identifies your driver, and should match the module
  39     name.
  40     """
  41     def __init__(self, name):
  42         self.name = name
  43
  44     def dependencies(self):
  45         """Return a list of :class:`Driver`\s we require."""
  46         return []
  47
  48     def default_settings(self):
  49         """Return a list of :class:`hooke.config.Setting`\s for any
  50         configurable driver settings.
  51
  52         The suggested section setting is::
  53
  54             Setting(section='%s driver' % self.name, help=self.__doc__)
  55         """
  56         return []
  57
  58     def is_me(self, path):
  59         """Read the file and return True if the filetype can be
  60         managed by the driver.  Otherwise return False.
  61         """
  62         return False
  63
  64     def read(self, path):
  65         """Read data from `path` and return a
  66         (:class:`hooke.curve.Data`, `info`) tuple.
  67
  68         The `info` :class:`dict` must contain values for the keys:
  69         'filetype' and 'experiment'.  See :class:`hooke.curve.Curve`
  70         for details.
  71         """
  72         raise NotImplementedError
  73
  74 # Construct driver dependency graph and load default drivers.
  75
  76 DRIVERS = {}
  77 """(name, instance) :class:`dict` of all possible :class:`Driver`\s.
  78 """
  79
  80 for driver_modname,default_include in DRIVER_MODULES:
  81     assert len([mod_name for mod_name,di in DRIVER_MODULES]) == 1, \
  82         'Multiple %s entries in DRIVER_MODULES' % mod_name
  83     this_mod = __import__(__name__, fromlist=[driver_modname])
  84     driver_mod = getattr(this_mod, driver_modname)
  85     for objname in dir(driver_mod):
  86         obj = getattr(driver_mod, objname)
  87         try:
  88             subclass = issubclass(obj, Driver)
  89         except TypeError:
  90             continue
  91         if subclass == True and obj != Driver:
  92             d = obj()
  93             if d.name != driver_modname:
  94                 raise Exception('Driver name %s does not match module name %s'
  95                                 % (d.name, driver_modname))
  96             DRIVERS[d.name] = d
  97
  98 DRIVER_GRAPH = Graph([Node([DRIVERS[name] for name in d.dependencies()],
  99                            data=d)
 100                       for d in DRIVERS.values()])
 101 DRIVER_GRAPH.topological_sort()
 102
 103
 104 def default_settings():
 105     settings = [Setting(
 106             'drivers', help='Enable/disable default drivers.')]
 107     for dnode in DRIVER_GRAPH:
 108         driver = dnode.data
 109         default_include = [di for mod_name,di in DRIVER_MODULES
 110                            if mod_name == driver.name][0]
 111         help = driver.__doc__.split('\n', 1)[0]
 112         settings.append(Setting(
 113                 section='drivers',
 114                 option=driver.name,
 115                 value=str(default_include),
 116                 help=help,
 117                 ))
 118     for dnode in DRIVER_GRAPH:
 119         driver = dnode.data
 120         settings.extend(driver.default_settings())
 121     return settings