drivers/mfp1dexport.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 '''
   4 mfp1dexport.py
   5
   6 Driver for text-exported MFP 1D files.
   7
   8 Copyright 2009 by Massimo Sandal
   9 with modifications by Dr. Rolf Schmidt (Concordia University, Canada)
  10
  11 This program is released under the GNU General Public License version 2.
  12 '''
  13
  14 import os.path
  15
  16 import lib.driver
  17 import lib.curve
  18 import lib.plot
  19
  20 __version__='0.0.0.20090923'
  21
  22 class mfp1dexportDriver(lib.driver.Driver):
  23
  24     def __init__(self, filename):
  25         '''
  26         This is a driver to import Asylum Research MFP 1D data.
  27         Status: experimental
  28         '''
  29         self.filename = filename
  30         self.filedata = open(filename,'rU')
  31         self.lines = list(self.filedata.readlines())
  32         self.filedata.close()
  33
  34         self.filetype = 'mfp1dexport'
  35         self.experiment = 'smfs'
  36
  37     def _read_columns(self):
  38
  39         self.raw_columns=self.lines[39:]
  40
  41         kline=None
  42         for line in self.lines:
  43             if line[:7]=='SpringC':
  44                 kline=line
  45                 break
  46
  47         kline=kline.split(':')
  48
  49         #self.k=float(self.raw_header[23][8:])
  50         self.k=float(kline[1])
  51
  52         #find retract velocity to calculate loading rate
  53         retract_velocity = None
  54         for line in self.lines:
  55             if line.startswith('RetractVelocity:'):
  56                 retract_velocity = line.split(':')
  57                 self.retract_velocity = float(retract_velocity[1])
  58                 break
  59
  60         xext=[]
  61         xret=[]
  62         yext=[]
  63         yret=[]
  64         for line in self.raw_columns:
  65             spline=line.split()
  66             xext.append(float(spline[0]))
  67             yext.append(float(spline[1]))
  68             xret.append(float(spline[2]))
  69             yret.append(float(spline[3]))
  70
  71         return [[xext,yext],[xret,yret]]
  72
  73     def close_all(self):
  74         self.filedata.close()
  75
  76     def is_me(self):
  77         try:
  78             self.raw_header = self.lines[0:38]
  79         except:
  80             #Not enough lines for a header; not a good file
  81             return False
  82
  83         #FIXME: We want a more reasonable header recognition
  84         if self.raw_header[0].startswith('Wave'):
  85             return True
  86         else:
  87             return False
  88
  89     def default_plots(self):
  90         '''
  91         loads the curve data
  92         '''
  93         defl_ext, defl_ret = self.deflection()
  94         yextforce = [i * self.k for i in defl_ext]
  95         yretforce = [i * self.k for i in defl_ret]
  96
  97         extension = lib.curve.Curve()
  98         retraction = lib.curve.Curve()
  99
 100         extension.color = 'red'
 101         extension.label = 'extension'
 102         extension.style = 'plot'
 103         extension.title = 'Force curve'
 104         extension.units.x = 'm'
 105         extension.units.y = 'N'
 106         extension.x = self.data[0][0]
 107         extension.y = yextforce
 108         retraction.color = 'blue'
 109         retraction.label = 'retraction'
 110         retraction.style = 'plot'
 111         retraction.title = 'Force curve'
 112         retraction.units.x = 'm'
 113         retraction.units.y = 'N'
 114         retraction.x = self.data[1][0]
 115         retraction.y = yretforce
 116
 117         plot = lib.plot.Plot()
 118         plot.title = os.path.basename(self.filename)
 119         plot.curves.append(extension)
 120         plot.curves.append(retraction)
 121
 122         plot.normalize()
 123         return plot
 124
 125     def deflection(self):
 126         self.data = self._read_columns()
 127         return self.data[0][1], self.data[1][1]