CHANGELOG

   1 0.8.4
   2 (2008-x-x)
   3     PLUGINS:
   4     macro.py:
   5         hooke does not crash if it doesn't have permissions to create the folder
   6
   7 0.8.3
   8 (2008-04-16)
   9     PLUGINS:
  10     generalvclamp.py:
  11         fixed autopeak header
  12         fixed autopeak slope (now unwanted slope values are discarded)
  13
  14 0.8.2
  15 (2008-04-10)
  16     PLUGINS:
  17     flatfilts.py:
  18         convfilt does not crash if a file is not a curve
  19     generalvclamp.py:
  20         autopeak now saves curve data correctly
  21         autopeak now generates a dummy note (so that copylog/notelog is aware you measured the curve)
  22
  23 0.8.1
  24 (2008-04-07)
  25     PLUGINS:
  26     generalvclamp.py:
  27         fixed DeprecationWarning in flatten
  28     flatfilts.py
  29         convfilt now working
  30
  31
  32 0.8.0:
  33 (2008-04-04)
  34     hooke.py:
  35         sanity check of CLI plugins to avoid function overloading at startup
  36     hooke_cli.py ; libhooke.py:
  37         now playlists keep the index (when you reload the playlist, it starts from the
  38             last observed curve)
  39         updated plot to use _send_plot()
  40         hooke.conf accepts lists as arguments for variables in <display>
  41         txt, export now have consistent argument order (thanks to A.G.Casado for pointing me that)
  42         txt crashes no more if no filename is given (thanks to A.G.Casado for pointing me that)
  43     libhookecurve.py:
  44         added add_set() , remove_set() methods to make life easier for plugin writers
  45     procplots.py:
  46         plotmanip_correct() works with new picoforce.py deflection output (see)
  47     PLUGINS:
  48     fit.py:
  49         updated wlc to use _send_plot()
  50         wlc noauto now keeps the contact point
  51         wlc reclick to click again the contact point
  52         temperature now set in hooke.conf
  53     generalvclamp.py:
  54         implemented slope (thanks to Marco Brucale)
  55         implemented autopeak
  56     flatfilts.py:
  57         convfilt,peaks use flattened curve
  58     macro.py:
  59         (new) added macro plugin (thanks to Alberto Gomez Casado)
  60     DRIVERS:
  61     picoforce.py:
  62         fixed trigger bug! (thanks to Alberto Gomez Casado)
  63         better deflection output (separated extension,retraction)
  64
  65 0.7.5:
  66 (2008-03-27)
  67     hooke_cli.py:
  68         removed outdated size command
  69     PLUGINS:
  70     generalvclamp.py:
  71         implemented flatten
  72     DRIVERS:
  73     added tutorialdriver.py driver
  74     csvdriver.py:
  75         fixed (forgot close_all() method)
  76
  77 0.7.4:
  78 (2008-03-19)
  79     added csvdriver driver
  80     hooke_cli.py:
  81         fixed plot manipulators handling (now it's safe to comment a
  82               plot manipulator on hooke.conf)
  83     PLUGINS:
  84     fit.py:
  85         fixed possible crash when clicking two times the same point on wlc
  86
  87 0.7.3:
  88 (2008-01-10)
  89     hooke_cli.py:
  90         fixed crash on copylog
  91     PLUGINS:
  92         massanalysis.py:
  93             Initial release
  94         tutorial.py:
  95             Tutorial plugin, initial release
  96
  97 0.7.2.1:
  98 (2007-11-30)
  99     PLUGINS:
 100         flatfilt.py:
 101             fixed crash on Windows
 102
 103 0.7.2:
 104 (2007-11-29)
 105     hooke.py:
 106         new configuration variable hookedir
 107     hooke_cli.py:
 108         copylog now checks if the destination is a real directory
 109         fixed crashes in set
 110     PLUGINS:
 111         generalvclamp.py:
 112             fixed a crash in forcebase when picking two times the same point
 113         flatfilt.py:
 114             fixed crash due to convfilt.conf impossible to load
 115             initial implementation of the blind window for convfilt
 116             initial data set maps (NOT FINISHED)
 117
 118 0.7.1:
 119 (2007-11-26)
 120     PLUGINS:
 121         flatfilts.py:
 122             fixed possible crash in convfilt
 123             implemented configuration file convfilt.conf
 124             convfilt defaults are now 5 peaks 5 times more the noise absdev
 125             implemented convconf
 126             implemented setconf
 127         libpeakspot.py:
 128             fixed:now it really uses noise_absdev
 129
 130 0.7.0:
 131 (2007-11-15)
 132     hooke_cli.py:
 133         implemented _send_plot() helper API function
 134     PLUGINS:
 135         generalvclamp.py:
 136             fixed forcebase to work with subtplot
 137         flatfilts.py:
 138             implemented convfilt!
 139             added libpeakspot.py (helping library for convolution filter)
 140
 141 0.6.5:
 142 (2007-11-06)
 143     hooke_cli.py, hooke.py:
 144         plateau and contact (unmaintained) deleted and scheduled for re-release in generalvramp
 145         implemented _measure_N_points()
 146     PLUGINS:
 147     generalvclamp.py:
 148         implemented forcebase
 149     fit.py:
 150         wlc now accepts and uses temperature as an argument
 151         wlc has been cleaned and uses new APIs
 152
 153 0.6.4:
 154 (2007-10-23)
 155     hooke_cli.py, libhooke.py:
 156         implemented support for defining order of plotmanip methods in hooke.conf
 157     hooke_cli.py:
 158         implemented delta
 159         implemented point
 160         attempted fix to bug 0033 (notelog crashing Hooke when using Unicode characters)
 161     PLUGINS:
 162     generalvramp.py:
 163         began to move velocity ramp force spectroscopy-specific things in separate plugin
 164     procplots.py:
 165         added detriggerize; "set detrigger" 0/1 disables/enables it.
 166     DRIVERS:
 167     picoforce.py:
 168         removed detriggerize() from driver
 169
 170 0.6.3:
 171 (2007-10-02)
 172     hooke_cli.py:
 173         rewritten txt command, now working
 174     DRIVERS:
 175     picoforce.py:
 176         implemented detriggerize() to bypass the Picoforce trigger bug
 177     PLUGINS:
 178     superimpose.py:
 179         implemented plotavgimpose
 180
 181 0.6.2:
 182 (2007-09-27)
 183     hooke_cli.py:
 184         fixed error handling in notelog
 185         smarter handling of directory names in genlist
 186         unexpected error handling in do_plot()
 187     hooke.py:
 188         implemented GetDisplayedPlot event and handlers
 189     PLUGINS:
 190     fit.py:
 191         fixed (bug 0029) about replotting of wlc on a subtplot curve
 192         multiple fitting displayed (to refine...)
 193
 194 0.6.1:
 195 (2007-08-06)
 196     libhooke.py , hooke.py:
 197         initial support for workdir configuration variable
 198     libhooke.py:
 199         fixed Driver() etc. semantics for gracefully handling unrecognized plots
 200     hooke_cli.py:
 201         fixed export namehandling
 202         fixed plot error handling
 203     PLUGINS:
 204     flatfilts.py:
 205         fixed memory leak
 206     generalclamp.py:
 207         fixed step command
 208
 209 0.6.0 "Anko":
 210 (2007-07-25)
 211     hooke.py:
 212         initial plugin support for the gui
 213         wlc fitting now 100% plugin
 214         measure_points replaces measure_couple etc. and provides much better extensibility
 215     hooke_cli.py:
 216         curves are sorted at beginning
 217     PLUGINS:
 218     procplots.py:
 219         fft now allows for user selection of curve segment; select the plot; etc.
 220     fit.py:
 221         added gui section of plugin, now completely independent
 222         fixed bug of wlc output
 223     superimpose.py:
 224         new plugin for superimposition of curve segments (still in development)
 225     generalclamp.py:
 226         all clamp commands now in a single plugin
 227         implemented step
 228
 229 0.5.4:
 230 (2007-06-15)
 231     procplots.py:
 232         fixed fft crash with Numpy 1.0.1
 233     hooke.py:
 234         fixed crashes if plot.scatter[] was empty
 235         fixed management of multiple plots (bug #0025)
 236     hooke_cli.py
 237         fixed zpiezo error in measurement
 238     hemingclamp.py, picoforce.py:
 239         implemented close_all() method in drivers to avoid too many open files error
 240     flatfilts.py:
 241         fixed memory leak
 242 0.5.3:
 243 (2007-06-06)
 244     wlc.py, hooke.py:
 245         fixing and cleaning fit code: now the fit is part of a PlotObject and 100% coded in wlc.py
 246         plotting of the wlc.py clicked points also begin to be part of a PlotObject
 247         management of 'scatter' style property of plots
 248     hooke_cli.py
 249         fixed measuring error in defl, zpiezo
 250     flatfilts.py:
 251         slightly optimized has_features() routine
 252     procplots.py:
 253         fixed derivplot for every number of vectors
 254         fixed possible crash of subtplot if applied on a file with != 2 plots
 255         added fft command
 256     libhookecurve.py:
 257         fixed xaxis, yaxis for non-default plots: now defined from PlotObject
 258         PlotObject now defines a styles[] vector
 259 0.5.2:
 260 (2007-05-21)
 261     versioning a bit cleaned
 262     fixed bug in hemingclamp.py preventing filename to appear
 263     fixed wxversion problem for 2.8
 264     fixed too many open files bug (bug 0024)
 265     added index command
 266 0.5.1:
 267 (2007-05-09)
 268     using wxversion to choose from multiple wx versions
 269     fixed old dependencies remaining
 270 0.5.0 "Ingyo":
 271 (2007-05-03)
 272     general code updating and rewriting due to plugin support/better plot management
 273     hooke.py:
 274         initial plugin architecture for the command line.
 275         initial plugin architecture for file drivers
 276         initial plugin architecture for processing plots
 277         export can now export both top and bottom plot (not together)
 278     hooke_cli.py:
 279         wlc fitting moved to fit.py plugin
 280         flatfilt moved to flatfilts.py plugin
 281         subtplot, derivplot moved to procplots.py plugin
 282         double plot temporarily fixed for previous commands
 283         export can now export both top and bottom plot (not together)
 284
 285 0.4.1:
 286 (2007-02-13)
 287     hooke_cli.py:
 288         double plot now default for clamp experiments
 289     libhooke.py:
 290         fixed bug that prevented flatfilt to work
 291         (maybe) fixed memory leak in flatfilt
 292
 293 0.4.0 "Hanzei":
 294 (2007-02-08)
 295     general code updating and rewriting due to double plot/force clamp supports
 296     hooke.py:
 297         initial dummy menu sketch
 298     hooke.py, hooke_cli.py:
 299         first general support in code for double plot:
 300         - derivplot now in separate plot
 301         - implemented show and close commands
 302         - all functions should be double plot-aware
 303         - clicking a point is double plot-aware
 304     libhooke.py, hooke_cli.py:
 305         general code cleanup: vectors_to_plot(), subtract_plot(), find_contact_point() and derivplot routines are now methods of class HookeCurve
 306     hooke_cli.py:
 307         implemented quit (alias of exit)
 308         implemented version
 309     libhooke.py, hooke.py, hooke_cli.py:
 310         initial support for force clamp experiments:
 311         - hemingclamp driver supported
 312         - "experiment" flag describes what kind of experiment is a curve
 313         - time, zpiezo, defl commands implemented
 314     libhemingclamp.py:
 315         inital release.
 316
 317 0.3.1:
 318     hooke.py:
 319         fixed stupid bug in plateau
 320         fixed bug in derivplot and subtplot not taking into account xaxes/yaxes variables
 321 0.3.0:
 322     from now on, all changelog is stored in CHANGELOG
 323     hooke.py, libhooke.py, hooke_cli.py:
 324         fixed plot and flatfilt crash when processing corrupt files
 325         flatfilt output now more verbose
 326         implemented system (execute an external OS command)
 327         implemented copylog (copies annotated curves to a given directory) (todo 0033)
 328         initial txt implementation (exports the current curve as a text file) (todo 0023)
 329         fixed exit behaviour (bug 0013)
 330         xaxes and yaxes variables now control visualization of plot (todo 0018)
 331         new (better) contact point algorithm + workaround for the picoforce trigger bug
 332 0.2.2 :
 333     hooke.py, hooke_cli.py, libhooke.py:
 334         support for fixed persistent length in WLC
 335 0.2.1 :
 336     hooke.py , libhooke.py:
 337         fixed 'wlc noauto' bug (0012) preventing correct contact point to be used
 338 0.2.0 :
 339     hooke_cli.py:
 340         implemented getlist (alias of genlist)
 341         implemented contact (to plot the contact point)
 342         fixed bug 0001 (Hooke crashes when opening a non-pf file)
 343         fixed bug 0008  (Hooke crashes when generating a playlist with malformed namefiles/nonexistent files)
 344         now the plot is refreshed after a "set" command (todo 0014)
 345         wlc fit can use the (new) automatic contact point detection (old behaviour is preserved with "noauto" option)
 346     hooke.py:
 347         fixed versioning printing
 348         complete refactoring of contact point routines
 349         wlc fit adapted to use the (new) automatic contact point detection
 350         wlc fit code a bit cleaned; parts moved to libhooke.py
 351     libhooke.py:
 352         new contact point algorithm (new algorithm)
 353         wlc fit now uses a fancier domain (from contact point to a bit more than last point); initial chunk preparation section moved from hooke.py
 354
 355
 356 OLDER CHANGELOGS:
 357
 358 hooke.py:
 359 0.1.1   :
 360     From now on, all changelog is stored in hooke.py
 361     hooke_cli.py:
 362         corrected bug 0010 (addtolist bug), alerts when hitting start/end of playlist
 363 2006_09_15_devel=0.1.0: initial WLC fit support. We hit 0.1 milestone :D
 364 2006_08_28_devel: refactoring of plot interaction
 365 2006_06_14_devel: fixed libhooke calls
 366 2006_06_08_devel: initial automatic contact point finding
 367 2006_05_30_devel: configuration file support
 368
 369 hooke_cli.py:
 370 0.1.1 : from now on, all changelog is in hooke.py
 371 2006_09_15_devel: implemented wlc; 0.1.0 milestone.
 372 2006_08_28_devel: refactoring of plot interaction
 373 2006_07_23_devel: implemented note; implemented flatfilt; implemented notelog; exit now warns if playlist/notes
 374                   have not been saved.
 375 2006_07_18_devel: implemented subtplot; bug 0007 ("cd" crashing) fixed
 376 2006_06_16_devel: moved math helper functions in libhooke.py
 377 2006_06_14_devel: fixed "jump" output; fixed "exit" (now it works!); fixed off-by-one bug in deflection-correction
 378 2006_06_08_devel: fixed "loadlist" output;
 379 2006_05_30_devel: initial configuration file support; added "set" command; initial deflection-correction support; added "ls" command as an alias of "dir"
 380 2006_05_23_devel: rewriting of playlist-handling code due to major rewrite of hooke_playlist.py
 381
 382 libhooke.py
 383 0.1.1   : from now on, all changelog is in hooke.py
 384 2006_09_15_devel : initial WLC support
 385 2006_09_14_devel : initial support for Hemingway velocity clamp files, minor refactorings
 386 2006_07_22_devel : implemented math function has_features
 387 2006_06_16_devel : math functions moved here
 388 2006_06_08_devel : hooke_playlist.py becomes libhooke.py
 389 2006_05_30_devel : support for deflection in HookeCurve
 390 2006_05_29_devel : Initial configuration file support
 391 2006_05_23_devel : Major rewrite. Fixed bug 0002