CHANGELOG

   1 THIS CHANGELOG FILE CONTANS PRE-SVN CHANGELOGS AND SUMMARIES OF POST-SVN CHANGELOGS.
   2 FROM 0.8.4 ONWARD, DETAILED CHANGELOGS ARE AVAILABLE ON THE HOOKE SUBVERSION REPOSITORY.
   3
   4 0.8.4
   5 (2008-x-x)
   6     PLUGINS:
   7     macro.py:
   8         hooke does not crash if it doesn't have permissions to create the folder
   9         fixed overwriting of export for curves with the same name and different numerical extension
  10         fixed macrodir (out of try-catch)
  11         cleaned debug output in execmacro
  12     DRIVERS:
  13         alternative version of picoforce driver
  14
  15
  16 0.8.3
  17 (2008-04-16)
  18     PLUGINS:
  19     generalvclamp.py:
  20         fixed autopeak header
  21         fixed autopeak slope (now unwanted slope values are discarded)
  22
  23 0.8.2
  24 (2008-04-10)
  25     PLUGINS:
  26     flatfilts.py:
  27         convfilt does not crash if a file is not a curve
  28     generalvclamp.py:
  29         autopeak now saves curve data correctly
  30         autopeak now generates a dummy note (so that copylog/notelog is aware you measured the curve)
  31
  32 0.8.1
  33 (2008-04-07)
  34     PLUGINS:
  35     generalvclamp.py:
  36         fixed DeprecationWarning in flatten
  37     flatfilts.py
  38         convfilt now working
  39
  40
  41 0.8.0:
  42 (2008-04-04)
  43     hooke.py:
  44         sanity check of CLI plugins to avoid function overloading at startup
  45     hooke_cli.py ; libhooke.py:
  46         now playlists keep the index (when you reload the playlist, it starts from the
  47             last observed curve)
  48         updated plot to use _send_plot()
  49         hooke.conf accepts lists as arguments for variables in <display>
  50         txt, export now have consistent argument order (thanks to A.G.Casado for pointing me that)
  51         txt crashes no more if no filename is given (thanks to A.G.Casado for pointing me that)
  52     libhookecurve.py:
  53         added add_set() , remove_set() methods to make life easier for plugin writers
  54     procplots.py:
  55         plotmanip_correct() works with new picoforce.py deflection output (see)
  56     PLUGINS:
  57     fit.py:
  58         updated wlc to use _send_plot()
  59         wlc noauto now keeps the contact point
  60         wlc reclick to click again the contact point
  61         temperature now set in hooke.conf
  62     generalvclamp.py:
  63         implemented slope (thanks to Marco Brucale)
  64         implemented autopeak
  65     flatfilts.py:
  66         convfilt,peaks use flattened curve
  67     macro.py:
  68         (new) added macro plugin (thanks to Alberto Gomez Casado)
  69     DRIVERS:
  70     picoforce.py:
  71         fixed trigger bug! (thanks to Alberto Gomez Casado)
  72         better deflection output (separated extension,retraction)
  73
  74 0.7.5:
  75 (2008-03-27)
  76     hooke_cli.py:
  77         removed outdated size command
  78     PLUGINS:
  79     generalvclamp.py:
  80         implemented flatten
  81     DRIVERS:
  82     added tutorialdriver.py driver
  83     csvdriver.py:
  84         fixed (forgot close_all() method)
  85
  86 0.7.4:
  87 (2008-03-19)
  88     added csvdriver driver
  89     hooke_cli.py:
  90         fixed plot manipulators handling (now it's safe to comment a
  91               plot manipulator on hooke.conf)
  92     PLUGINS:
  93     fit.py:
  94         fixed possible crash when clicking two times the same point on wlc
  95
  96 0.7.3:
  97 (2008-01-10)
  98     hooke_cli.py:
  99         fixed crash on copylog
 100     PLUGINS:
 101         massanalysis.py:
 102             Initial release
 103         tutorial.py:
 104             Tutorial plugin, initial release
 105
 106 0.7.2.1:
 107 (2007-11-30)
 108     PLUGINS:
 109         flatfilt.py:
 110             fixed crash on Windows
 111
 112 0.7.2:
 113 (2007-11-29)
 114     hooke.py:
 115         new configuration variable hookedir
 116     hooke_cli.py:
 117         copylog now checks if the destination is a real directory
 118         fixed crashes in set
 119     PLUGINS:
 120         generalvclamp.py:
 121             fixed a crash in forcebase when picking two times the same point
 122         flatfilt.py:
 123             fixed crash due to convfilt.conf impossible to load
 124             initial implementation of the blind window for convfilt
 125             initial data set maps (NOT FINISHED)
 126
 127 0.7.1:
 128 (2007-11-26)
 129     PLUGINS:
 130         flatfilts.py:
 131             fixed possible crash in convfilt
 132             implemented configuration file convfilt.conf
 133             convfilt defaults are now 5 peaks 5 times more the noise absdev
 134             implemented convconf
 135             implemented setconf
 136         libpeakspot.py:
 137             fixed:now it really uses noise_absdev
 138
 139 0.7.0:
 140 (2007-11-15)
 141     hooke_cli.py:
 142         implemented _send_plot() helper API function
 143     PLUGINS:
 144         generalvclamp.py:
 145             fixed forcebase to work with subtplot
 146         flatfilts.py:
 147             implemented convfilt!
 148             added libpeakspot.py (helping library for convolution filter)
 149
 150 0.6.5:
 151 (2007-11-06)
 152     hooke_cli.py, hooke.py:
 153         plateau and contact (unmaintained) deleted and scheduled for re-release in generalvramp
 154         implemented _measure_N_points()
 155     PLUGINS:
 156     generalvclamp.py:
 157         implemented forcebase
 158     fit.py:
 159         wlc now accepts and uses temperature as an argument
 160         wlc has been cleaned and uses new APIs
 161
 162 0.6.4:
 163 (2007-10-23)
 164     hooke_cli.py, libhooke.py:
 165         implemented support for defining order of plotmanip methods in hooke.conf
 166     hooke_cli.py:
 167         implemented delta
 168         implemented point
 169         attempted fix to bug 0033 (notelog crashing Hooke when using Unicode characters)
 170     PLUGINS:
 171     generalvramp.py:
 172         began to move velocity ramp force spectroscopy-specific things in separate plugin
 173     procplots.py:
 174         added detriggerize; "set detrigger" 0/1 disables/enables it.
 175     DRIVERS:
 176     picoforce.py:
 177         removed detriggerize() from driver
 178
 179 0.6.3:
 180 (2007-10-02)
 181     hooke_cli.py:
 182         rewritten txt command, now working
 183     DRIVERS:
 184     picoforce.py:
 185         implemented detriggerize() to bypass the Picoforce trigger bug
 186     PLUGINS:
 187     superimpose.py:
 188         implemented plotavgimpose
 189
 190 0.6.2:
 191 (2007-09-27)
 192     hooke_cli.py:
 193         fixed error handling in notelog
 194         smarter handling of directory names in genlist
 195         unexpected error handling in do_plot()
 196     hooke.py:
 197         implemented GetDisplayedPlot event and handlers
 198     PLUGINS:
 199     fit.py:
 200         fixed (bug 0029) about replotting of wlc on a subtplot curve
 201         multiple fitting displayed (to refine...)
 202
 203 0.6.1:
 204 (2007-08-06)
 205     libhooke.py , hooke.py:
 206         initial support for workdir configuration variable
 207     libhooke.py:
 208         fixed Driver() etc. semantics for gracefully handling unrecognized plots
 209     hooke_cli.py:
 210         fixed export namehandling
 211         fixed plot error handling
 212     PLUGINS:
 213     flatfilts.py:
 214         fixed memory leak
 215     generalclamp.py:
 216         fixed step command
 217
 218 0.6.0 "Anko":
 219 (2007-07-25)
 220     hooke.py:
 221         initial plugin support for the gui
 222         wlc fitting now 100% plugin
 223         measure_points replaces measure_couple etc. and provides much better extensibility
 224     hooke_cli.py:
 225         curves are sorted at beginning
 226     PLUGINS:
 227     procplots.py:
 228         fft now allows for user selection of curve segment; select the plot; etc.
 229     fit.py:
 230         added gui section of plugin, now completely independent
 231         fixed bug of wlc output
 232     superimpose.py:
 233         new plugin for superimposition of curve segments (still in development)
 234     generalclamp.py:
 235         all clamp commands now in a single plugin
 236         implemented step
 237
 238 0.5.4:
 239 (2007-06-15)
 240     procplots.py:
 241         fixed fft crash with Numpy 1.0.1
 242     hooke.py:
 243         fixed crashes if plot.scatter[] was empty
 244         fixed management of multiple plots (bug #0025)
 245     hooke_cli.py
 246         fixed zpiezo error in measurement
 247     hemingclamp.py, picoforce.py:
 248         implemented close_all() method in drivers to avoid too many open files error
 249     flatfilts.py:
 250         fixed memory leak
 251 0.5.3:
 252 (2007-06-06)
 253     wlc.py, hooke.py:
 254         fixing and cleaning fit code: now the fit is part of a PlotObject and 100% coded in wlc.py
 255         plotting of the wlc.py clicked points also begin to be part of a PlotObject
 256         management of 'scatter' style property of plots
 257     hooke_cli.py
 258         fixed measuring error in defl, zpiezo
 259     flatfilts.py:
 260         slightly optimized has_features() routine
 261     procplots.py:
 262         fixed derivplot for every number of vectors
 263         fixed possible crash of subtplot if applied on a file with != 2 plots
 264         added fft command
 265     libhookecurve.py:
 266         fixed xaxis, yaxis for non-default plots: now defined from PlotObject
 267         PlotObject now defines a styles[] vector
 268 0.5.2:
 269 (2007-05-21)
 270     versioning a bit cleaned
 271     fixed bug in hemingclamp.py preventing filename to appear
 272     fixed wxversion problem for 2.8
 273     fixed too many open files bug (bug 0024)
 274     added index command
 275 0.5.1:
 276 (2007-05-09)
 277     using wxversion to choose from multiple wx versions
 278     fixed old dependencies remaining
 279 0.5.0 "Ingyo":
 280 (2007-05-03)
 281     general code updating and rewriting due to plugin support/better plot management
 282     hooke.py:
 283         initial plugin architecture for the command line.
 284         initial plugin architecture for file drivers
 285         initial plugin architecture for processing plots
 286         export can now export both top and bottom plot (not together)
 287     hooke_cli.py:
 288         wlc fitting moved to fit.py plugin
 289         flatfilt moved to flatfilts.py plugin
 290         subtplot, derivplot moved to procplots.py plugin
 291         double plot temporarily fixed for previous commands
 292         export can now export both top and bottom plot (not together)
 293
 294 0.4.1:
 295 (2007-02-13)
 296     hooke_cli.py:
 297         double plot now default for clamp experiments
 298     libhooke.py:
 299         fixed bug that prevented flatfilt to work
 300         (maybe) fixed memory leak in flatfilt
 301
 302 0.4.0 "Hanzei":
 303 (2007-02-08)
 304     general code updating and rewriting due to double plot/force clamp supports
 305     hooke.py:
 306         initial dummy menu sketch
 307     hooke.py, hooke_cli.py:
 308         first general support in code for double plot:
 309         - derivplot now in separate plot
 310         - implemented show and close commands
 311         - all functions should be double plot-aware
 312         - clicking a point is double plot-aware
 313     libhooke.py, hooke_cli.py:
 314         general code cleanup: vectors_to_plot(), subtract_plot(), find_contact_point() and derivplot routines are now methods of class HookeCurve
 315     hooke_cli.py:
 316         implemented quit (alias of exit)
 317         implemented version
 318     libhooke.py, hooke.py, hooke_cli.py:
 319         initial support for force clamp experiments:
 320         - hemingclamp driver supported
 321         - "experiment" flag describes what kind of experiment is a curve
 322         - time, zpiezo, defl commands implemented
 323     libhemingclamp.py:
 324         inital release.
 325
 326 0.3.1:
 327     hooke.py:
 328         fixed stupid bug in plateau
 329         fixed bug in derivplot and subtplot not taking into account xaxes/yaxes variables
 330 0.3.0:
 331     from now on, all changelog is stored in CHANGELOG
 332     hooke.py, libhooke.py, hooke_cli.py:
 333         fixed plot and flatfilt crash when processing corrupt files
 334         flatfilt output now more verbose
 335         implemented system (execute an external OS command)
 336         implemented copylog (copies annotated curves to a given directory) (todo 0033)
 337         initial txt implementation (exports the current curve as a text file) (todo 0023)
 338         fixed exit behaviour (bug 0013)
 339         xaxes and yaxes variables now control visualization of plot (todo 0018)
 340         new (better) contact point algorithm + workaround for the picoforce trigger bug
 341 0.2.2 :
 342     hooke.py, hooke_cli.py, libhooke.py:
 343         support for fixed persistent length in WLC
 344 0.2.1 :
 345     hooke.py , libhooke.py:
 346         fixed 'wlc noauto' bug (0012) preventing correct contact point to be used
 347 0.2.0 :
 348     hooke_cli.py:
 349         implemented getlist (alias of genlist)
 350         implemented contact (to plot the contact point)
 351         fixed bug 0001 (Hooke crashes when opening a non-pf file)
 352         fixed bug 0008  (Hooke crashes when generating a playlist with malformed namefiles/nonexistent files)
 353         now the plot is refreshed after a "set" command (todo 0014)
 354         wlc fit can use the (new) automatic contact point detection (old behaviour is preserved with "noauto" option)
 355     hooke.py:
 356         fixed versioning printing
 357         complete refactoring of contact point routines
 358         wlc fit adapted to use the (new) automatic contact point detection
 359         wlc fit code a bit cleaned; parts moved to libhooke.py
 360     libhooke.py:
 361         new contact point algorithm (new algorithm)
 362         wlc fit now uses a fancier domain (from contact point to a bit more than last point); initial chunk preparation section moved from hooke.py
 363
 364
 365 OLDER CHANGELOGS:
 366
 367 hooke.py:
 368 0.1.1   :
 369     From now on, all changelog is stored in hooke.py
 370     hooke_cli.py:
 371         corrected bug 0010 (addtolist bug), alerts when hitting start/end of playlist
 372 2006_09_15_devel=0.1.0: initial WLC fit support. We hit 0.1 milestone :D
 373 2006_08_28_devel: refactoring of plot interaction
 374 2006_06_14_devel: fixed libhooke calls
 375 2006_06_08_devel: initial automatic contact point finding
 376 2006_05_30_devel: configuration file support
 377
 378 hooke_cli.py:
 379 0.1.1 : from now on, all changelog is in hooke.py
 380 2006_09_15_devel: implemented wlc; 0.1.0 milestone.
 381 2006_08_28_devel: refactoring of plot interaction
 382 2006_07_23_devel: implemented note; implemented flatfilt; implemented notelog; exit now warns if playlist/notes
 383                   have not been saved.
 384 2006_07_18_devel: implemented subtplot; bug 0007 ("cd" crashing) fixed
 385 2006_06_16_devel: moved math helper functions in libhooke.py
 386 2006_06_14_devel: fixed "jump" output; fixed "exit" (now it works!); fixed off-by-one bug in deflection-correction
 387 2006_06_08_devel: fixed "loadlist" output;
 388 2006_05_30_devel: initial configuration file support; added "set" command; initial deflection-correction support; added "ls" command as an alias of "dir"
 389 2006_05_23_devel: rewriting of playlist-handling code due to major rewrite of hooke_playlist.py
 390
 391 libhooke.py
 392 0.1.1   : from now on, all changelog is in hooke.py
 393 2006_09_15_devel : initial WLC support
 394 2006_09_14_devel : initial support for Hemingway velocity clamp files, minor refactorings
 395 2006_07_22_devel : implemented math function has_features
 396 2006_06_16_devel : math functions moved here
 397 2006_06_08_devel : hooke_playlist.py becomes libhooke.py
 398 2006_05_30_devel : support for deflection in HookeCurve
 399 2006_05_29_devel : Initial configuration file support
 400 2006_05_23_devel : Major rewrite. Fixed bug 0002