CHANGELOG

   1 THIS CHANGELOG FILE CONTANS PRE-SVN CHANGELOGS AND SUMMARIES OF POST-SVN CHANGELOGS.
   2 FROM 0.8.4 ONWARD, DETAILED CHANGELOGS ARE AVAILABLE ON THE HOOKE SUBVERSION REPOSITORY.
   3
   4 0.8.4
   5 (2008-x-x)
   6     PLUGINS:
   7     macro.py:
   8         hooke does not crash if it doesn't have permissions to create the folder
   9
  10 0.8.3
  11 (2008-04-16)
  12     PLUGINS:
  13     generalvclamp.py:
  14         fixed autopeak header
  15         fixed autopeak slope (now unwanted slope values are discarded)
  16
  17 0.8.2
  18 (2008-04-10)
  19     PLUGINS:
  20     flatfilts.py:
  21         convfilt does not crash if a file is not a curve
  22     generalvclamp.py:
  23         autopeak now saves curve data correctly
  24         autopeak now generates a dummy note (so that copylog/notelog is aware you measured the curve)
  25
  26 0.8.1
  27 (2008-04-07)
  28     PLUGINS:
  29     generalvclamp.py:
  30         fixed DeprecationWarning in flatten
  31     flatfilts.py
  32         convfilt now working
  33
  34
  35 0.8.0:
  36 (2008-04-04)
  37     hooke.py:
  38         sanity check of CLI plugins to avoid function overloading at startup
  39     hooke_cli.py ; libhooke.py:
  40         now playlists keep the index (when you reload the playlist, it starts from the
  41             last observed curve)
  42         updated plot to use _send_plot()
  43         hooke.conf accepts lists as arguments for variables in <display>
  44         txt, export now have consistent argument order (thanks to A.G.Casado for pointing me that)
  45         txt crashes no more if no filename is given (thanks to A.G.Casado for pointing me that)
  46     libhookecurve.py:
  47         added add_set() , remove_set() methods to make life easier for plugin writers
  48     procplots.py:
  49         plotmanip_correct() works with new picoforce.py deflection output (see)
  50     PLUGINS:
  51     fit.py:
  52         updated wlc to use _send_plot()
  53         wlc noauto now keeps the contact point
  54         wlc reclick to click again the contact point
  55         temperature now set in hooke.conf
  56     generalvclamp.py:
  57         implemented slope (thanks to Marco Brucale)
  58         implemented autopeak
  59     flatfilts.py:
  60         convfilt,peaks use flattened curve
  61     macro.py:
  62         (new) added macro plugin (thanks to Alberto Gomez Casado)
  63     DRIVERS:
  64     picoforce.py:
  65         fixed trigger bug! (thanks to Alberto Gomez Casado)
  66         better deflection output (separated extension,retraction)
  67
  68 0.7.5:
  69 (2008-03-27)
  70     hooke_cli.py:
  71         removed outdated size command
  72     PLUGINS:
  73     generalvclamp.py:
  74         implemented flatten
  75     DRIVERS:
  76     added tutorialdriver.py driver
  77     csvdriver.py:
  78         fixed (forgot close_all() method)
  79
  80 0.7.4:
  81 (2008-03-19)
  82     added csvdriver driver
  83     hooke_cli.py:
  84         fixed plot manipulators handling (now it's safe to comment a
  85               plot manipulator on hooke.conf)
  86     PLUGINS:
  87     fit.py:
  88         fixed possible crash when clicking two times the same point on wlc
  89
  90 0.7.3:
  91 (2008-01-10)
  92     hooke_cli.py:
  93         fixed crash on copylog
  94     PLUGINS:
  95         massanalysis.py:
  96             Initial release
  97         tutorial.py:
  98             Tutorial plugin, initial release
  99
 100 0.7.2.1:
 101 (2007-11-30)
 102     PLUGINS:
 103         flatfilt.py:
 104             fixed crash on Windows
 105
 106 0.7.2:
 107 (2007-11-29)
 108     hooke.py:
 109         new configuration variable hookedir
 110     hooke_cli.py:
 111         copylog now checks if the destination is a real directory
 112         fixed crashes in set
 113     PLUGINS:
 114         generalvclamp.py:
 115             fixed a crash in forcebase when picking two times the same point
 116         flatfilt.py:
 117             fixed crash due to convfilt.conf impossible to load
 118             initial implementation of the blind window for convfilt
 119             initial data set maps (NOT FINISHED)
 120
 121 0.7.1:
 122 (2007-11-26)
 123     PLUGINS:
 124         flatfilts.py:
 125             fixed possible crash in convfilt
 126             implemented configuration file convfilt.conf
 127             convfilt defaults are now 5 peaks 5 times more the noise absdev
 128             implemented convconf
 129             implemented setconf
 130         libpeakspot.py:
 131             fixed:now it really uses noise_absdev
 132
 133 0.7.0:
 134 (2007-11-15)
 135     hooke_cli.py:
 136         implemented _send_plot() helper API function
 137     PLUGINS:
 138         generalvclamp.py:
 139             fixed forcebase to work with subtplot
 140         flatfilts.py:
 141             implemented convfilt!
 142             added libpeakspot.py (helping library for convolution filter)
 143
 144 0.6.5:
 145 (2007-11-06)
 146     hooke_cli.py, hooke.py:
 147         plateau and contact (unmaintained) deleted and scheduled for re-release in generalvramp
 148         implemented _measure_N_points()
 149     PLUGINS:
 150     generalvclamp.py:
 151         implemented forcebase
 152     fit.py:
 153         wlc now accepts and uses temperature as an argument
 154         wlc has been cleaned and uses new APIs
 155
 156 0.6.4:
 157 (2007-10-23)
 158     hooke_cli.py, libhooke.py:
 159         implemented support for defining order of plotmanip methods in hooke.conf
 160     hooke_cli.py:
 161         implemented delta
 162         implemented point
 163         attempted fix to bug 0033 (notelog crashing Hooke when using Unicode characters)
 164     PLUGINS:
 165     generalvramp.py:
 166         began to move velocity ramp force spectroscopy-specific things in separate plugin
 167     procplots.py:
 168         added detriggerize; "set detrigger" 0/1 disables/enables it.
 169     DRIVERS:
 170     picoforce.py:
 171         removed detriggerize() from driver
 172
 173 0.6.3:
 174 (2007-10-02)
 175     hooke_cli.py:
 176         rewritten txt command, now working
 177     DRIVERS:
 178     picoforce.py:
 179         implemented detriggerize() to bypass the Picoforce trigger bug
 180     PLUGINS:
 181     superimpose.py:
 182         implemented plotavgimpose
 183
 184 0.6.2:
 185 (2007-09-27)
 186     hooke_cli.py:
 187         fixed error handling in notelog
 188         smarter handling of directory names in genlist
 189         unexpected error handling in do_plot()
 190     hooke.py:
 191         implemented GetDisplayedPlot event and handlers
 192     PLUGINS:
 193     fit.py:
 194         fixed (bug 0029) about replotting of wlc on a subtplot curve
 195         multiple fitting displayed (to refine...)
 196
 197 0.6.1:
 198 (2007-08-06)
 199     libhooke.py , hooke.py:
 200         initial support for workdir configuration variable
 201     libhooke.py:
 202         fixed Driver() etc. semantics for gracefully handling unrecognized plots
 203     hooke_cli.py:
 204         fixed export namehandling
 205         fixed plot error handling
 206     PLUGINS:
 207     flatfilts.py:
 208         fixed memory leak
 209     generalclamp.py:
 210         fixed step command
 211
 212 0.6.0 "Anko":
 213 (2007-07-25)
 214     hooke.py:
 215         initial plugin support for the gui
 216         wlc fitting now 100% plugin
 217         measure_points replaces measure_couple etc. and provides much better extensibility
 218     hooke_cli.py:
 219         curves are sorted at beginning
 220     PLUGINS:
 221     procplots.py:
 222         fft now allows for user selection of curve segment; select the plot; etc.
 223     fit.py:
 224         added gui section of plugin, now completely independent
 225         fixed bug of wlc output
 226     superimpose.py:
 227         new plugin for superimposition of curve segments (still in development)
 228     generalclamp.py:
 229         all clamp commands now in a single plugin
 230         implemented step
 231
 232 0.5.4:
 233 (2007-06-15)
 234     procplots.py:
 235         fixed fft crash with Numpy 1.0.1
 236     hooke.py:
 237         fixed crashes if plot.scatter[] was empty
 238         fixed management of multiple plots (bug #0025)
 239     hooke_cli.py
 240         fixed zpiezo error in measurement
 241     hemingclamp.py, picoforce.py:
 242         implemented close_all() method in drivers to avoid too many open files error
 243     flatfilts.py:
 244         fixed memory leak
 245 0.5.3:
 246 (2007-06-06)
 247     wlc.py, hooke.py:
 248         fixing and cleaning fit code: now the fit is part of a PlotObject and 100% coded in wlc.py
 249         plotting of the wlc.py clicked points also begin to be part of a PlotObject
 250         management of 'scatter' style property of plots
 251     hooke_cli.py
 252         fixed measuring error in defl, zpiezo
 253     flatfilts.py:
 254         slightly optimized has_features() routine
 255     procplots.py:
 256         fixed derivplot for every number of vectors
 257         fixed possible crash of subtplot if applied on a file with != 2 plots
 258         added fft command
 259     libhookecurve.py:
 260         fixed xaxis, yaxis for non-default plots: now defined from PlotObject
 261         PlotObject now defines a styles[] vector
 262 0.5.2:
 263 (2007-05-21)
 264     versioning a bit cleaned
 265     fixed bug in hemingclamp.py preventing filename to appear
 266     fixed wxversion problem for 2.8
 267     fixed too many open files bug (bug 0024)
 268     added index command
 269 0.5.1:
 270 (2007-05-09)
 271     using wxversion to choose from multiple wx versions
 272     fixed old dependencies remaining
 273 0.5.0 "Ingyo":
 274 (2007-05-03)
 275     general code updating and rewriting due to plugin support/better plot management
 276     hooke.py:
 277         initial plugin architecture for the command line.
 278         initial plugin architecture for file drivers
 279         initial plugin architecture for processing plots
 280         export can now export both top and bottom plot (not together)
 281     hooke_cli.py:
 282         wlc fitting moved to fit.py plugin
 283         flatfilt moved to flatfilts.py plugin
 284         subtplot, derivplot moved to procplots.py plugin
 285         double plot temporarily fixed for previous commands
 286         export can now export both top and bottom plot (not together)
 287
 288 0.4.1:
 289 (2007-02-13)
 290     hooke_cli.py:
 291         double plot now default for clamp experiments
 292     libhooke.py:
 293         fixed bug that prevented flatfilt to work
 294         (maybe) fixed memory leak in flatfilt
 295
 296 0.4.0 "Hanzei":
 297 (2007-02-08)
 298     general code updating and rewriting due to double plot/force clamp supports
 299     hooke.py:
 300         initial dummy menu sketch
 301     hooke.py, hooke_cli.py:
 302         first general support in code for double plot:
 303         - derivplot now in separate plot
 304         - implemented show and close commands
 305         - all functions should be double plot-aware
 306         - clicking a point is double plot-aware
 307     libhooke.py, hooke_cli.py:
 308         general code cleanup: vectors_to_plot(), subtract_plot(), find_contact_point() and derivplot routines are now methods of class HookeCurve
 309     hooke_cli.py:
 310         implemented quit (alias of exit)
 311         implemented version
 312     libhooke.py, hooke.py, hooke_cli.py:
 313         initial support for force clamp experiments:
 314         - hemingclamp driver supported
 315         - "experiment" flag describes what kind of experiment is a curve
 316         - time, zpiezo, defl commands implemented
 317     libhemingclamp.py:
 318         inital release.
 319
 320 0.3.1:
 321     hooke.py:
 322         fixed stupid bug in plateau
 323         fixed bug in derivplot and subtplot not taking into account xaxes/yaxes variables
 324 0.3.0:
 325     from now on, all changelog is stored in CHANGELOG
 326     hooke.py, libhooke.py, hooke_cli.py:
 327         fixed plot and flatfilt crash when processing corrupt files
 328         flatfilt output now more verbose
 329         implemented system (execute an external OS command)
 330         implemented copylog (copies annotated curves to a given directory) (todo 0033)
 331         initial txt implementation (exports the current curve as a text file) (todo 0023)
 332         fixed exit behaviour (bug 0013)
 333         xaxes and yaxes variables now control visualization of plot (todo 0018)
 334         new (better) contact point algorithm + workaround for the picoforce trigger bug
 335 0.2.2 :
 336     hooke.py, hooke_cli.py, libhooke.py:
 337         support for fixed persistent length in WLC
 338 0.2.1 :
 339     hooke.py , libhooke.py:
 340         fixed 'wlc noauto' bug (0012) preventing correct contact point to be used
 341 0.2.0 :
 342     hooke_cli.py:
 343         implemented getlist (alias of genlist)
 344         implemented contact (to plot the contact point)
 345         fixed bug 0001 (Hooke crashes when opening a non-pf file)
 346         fixed bug 0008  (Hooke crashes when generating a playlist with malformed namefiles/nonexistent files)
 347         now the plot is refreshed after a "set" command (todo 0014)
 348         wlc fit can use the (new) automatic contact point detection (old behaviour is preserved with "noauto" option)
 349     hooke.py:
 350         fixed versioning printing
 351         complete refactoring of contact point routines
 352         wlc fit adapted to use the (new) automatic contact point detection
 353         wlc fit code a bit cleaned; parts moved to libhooke.py
 354     libhooke.py:
 355         new contact point algorithm (new algorithm)
 356         wlc fit now uses a fancier domain (from contact point to a bit more than last point); initial chunk preparation section moved from hooke.py
 357
 358
 359 OLDER CHANGELOGS:
 360
 361 hooke.py:
 362 0.1.1   :
 363     From now on, all changelog is stored in hooke.py
 364     hooke_cli.py:
 365         corrected bug 0010 (addtolist bug), alerts when hitting start/end of playlist
 366 2006_09_15_devel=0.1.0: initial WLC fit support. We hit 0.1 milestone :D
 367 2006_08_28_devel: refactoring of plot interaction
 368 2006_06_14_devel: fixed libhooke calls
 369 2006_06_08_devel: initial automatic contact point finding
 370 2006_05_30_devel: configuration file support
 371
 372 hooke_cli.py:
 373 0.1.1 : from now on, all changelog is in hooke.py
 374 2006_09_15_devel: implemented wlc; 0.1.0 milestone.
 375 2006_08_28_devel: refactoring of plot interaction
 376 2006_07_23_devel: implemented note; implemented flatfilt; implemented notelog; exit now warns if playlist/notes
 377                   have not been saved.
 378 2006_07_18_devel: implemented subtplot; bug 0007 ("cd" crashing) fixed
 379 2006_06_16_devel: moved math helper functions in libhooke.py
 380 2006_06_14_devel: fixed "jump" output; fixed "exit" (now it works!); fixed off-by-one bug in deflection-correction
 381 2006_06_08_devel: fixed "loadlist" output;
 382 2006_05_30_devel: initial configuration file support; added "set" command; initial deflection-correction support; added "ls" command as an alias of "dir"
 383 2006_05_23_devel: rewriting of playlist-handling code due to major rewrite of hooke_playlist.py
 384
 385 libhooke.py
 386 0.1.1   : from now on, all changelog is in hooke.py
 387 2006_09_15_devel : initial WLC support
 388 2006_09_14_devel : initial support for Hemingway velocity clamp files, minor refactorings
 389 2006_07_22_devel : implemented math function has_features
 390 2006_06_16_devel : math functions moved here
 391 2006_06_08_devel : hooke_playlist.py becomes libhooke.py
 392 2006_05_30_devel : support for deflection in HookeCurve
 393 2006_05_29_devel : Initial configuration file support
 394 2006_05_23_devel : Major rewrite. Fixed bug 0002