cv.bib

   1 @string{IJBMM = "International Journal of Biological Macromolecules"}
   2
   3 @string{WKing = "King, W.~Trevor"}
   4 @string{MSu = "Su, Meihong"}
   5 @string{GYang = "Yang, Guoliang"}
   6
   7 @article { king10,
   8     author = WKing #" and "# MSu #" and "# GYang,
   9     title = "{M}onte {C}arlo simulation of mechanical unfolding of proteins
  10         based on a simple two-state model",
  11     year = 2010,
  12     month = mar,
  13     day = 1,
  14     address =      "Department of Physics, Drexel University, 3141
  15                    Chestnut Street, Philadelphia, PA 19104, USA.",
  16     journal = IJBMM,
  17     volume = 46,
  18     number = 2,
  19     pages = "159--166",
  20     issn = "0141-8130",
  21     alternative_issn = "1879-0003",
  22     doi = "10.1016/j.ijbiomac.2009.12.001",
  23     url = "http://www.sciencedirect.com/science/article/B6T7J-
  24         4XWMND2-1/2/7ef768562b4157fc201d450553e5de5e",
  25     language = "eng",
  26     keywords = "Atomic force microscopy;Mechanical unfolding;Monte Carlo
  27         simulation;Worm-like chain;Single molecule methods",
  28     abstract = "Single molecule methods are becoming routine biophysical
  29         techniques for studying biological macromolecules. In mechanical
  30         unfolding of proteins, an externally applied force is used to induce
  31         the unfolding of individual protein molecules. Such experiments have
  32         revealed novel information that has significantly enhanced our
  33         understanding of the function and folding mechanisms of several types
  34         of proteins. To obtain information on the unfolding kinetics and the
  35         free energy landscape of the protein molecule from mechanical unfolding
  36         data, a Monte Carlo simulation based on a simple two-state kinetic
  37         model is often used. In this paper, we provide a detailed description
  38         of the procedure to perform such simulations and discuss the
  39         approximations and assumptions involved. We show that the appearance of
  40         the force versus extension curves from mechanical unfolding of proteins
  41         is affected by a variety of experimental parameters, such as the length
  42         of the protein polymer and the force constant of the cantilever. We
  43         also analyze the errors associated with different methods of data
  44         pooling and present a quantitative measure of how well the simulation
  45         results fit experimental data. These findings will be helpful in
  46         experimental design, artifact identification, and data analysis for
  47         single molecule studies of various proteins using the mechanical
  48         unfolding method."
  49 }
  50
  51 % Talks
  52
  53 @unpublished{ 2013-01-columbia,
  54     title= {Collaborative version control with {G}it},
  55     author = WKing,
  56     year = 2013,
  57     month = jan,
  58     note= {Software Carpentry boot camp, Columbia University},
  59     address = {Columbia University},
  60 }
  61
  62 @unpublished{ 2009-10-life-cycles,
  63     title= {Software life-cycles and alphabet soup},
  64     author = WKing,
  65     year = 2009,
  66     month = oct,
  67     note= {Drexel Physics Graduate Student Association},
  68     address = {Drexel University}
  69 }
  70
  71 @unpublished{ 2008-06-locks,
  72     title= {Manipulating combination locks & Ray tracing with polarization},
  73     author = WKing,
  74     year = 2008,
  75     month = jun,
  76     note= {Drexel Physics Graduate Student Association},
  77     address = {Drexel University}
  78 }
  79
  80 @unpublished{ 2006-05-quantum-computing,
  81     title= {Quantum Computing},
  82     author = WKing,
  83     year = 2006,
  84     note= {Rochester Solid State final},
  85     address = {University of Rochester}
  86 }
  87 %    month = may,
  88
  89 % Posters
  90
  91 @unpublished{ 2013-04-swc,
  92     title= {Teaching Software Carpentry: Better Science through Science},
  93     author = WKing,
  94     year = 2013,
  95     month = apr,
  96     note= {Drexel CoAS Research Day},
  97     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
  98 }
  99
 100 @unpublished{ 2012-04-calibcant,
 101     title= {Thermally calibrating {AFM} cantilever spring constants},
 102     author = WKing,
 103     year = 2012,
 104     month = apr,
 105     note= {Drexel CoAS Research Day},
 106     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 107 }
 108
 109 @unpublished{ 2011-04-saswsim,
 110     title= {Flexible parallel simulations and packaging},
 111     author = WKing,
 112     year = 2011,
 113     month = apr,
 114     note= {Drexel CoAS Research Day},
 115     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 116 }
 117
 118 @unpublished{ 2010-04-open-source,
 119     title= {Open source software in experimental protein unfolding},
 120     author = WKing,
 121     year = 2010,
 122     month = apr,
 123     note= {Drexel CoAS Research Day},
 124     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 125 }
 126
 127 @unpublished{ 2009-03-roughness,
 128     title= {Experimental Estimation of the Free Energy Landscape
 129         Roughness of Protein Molecules},
 130     author = WKing,
 131     year = 2009,
 132     month = mar,
 133     note= {Biophysical Society Annual Meeting},
 134     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 135 }
 136
 137 @unpublished{ 2008-04-sawsim,
 138     title= {Simulated mechanical unfolding of single proteins},
 139     author = WKing,
 140     year = 2008,
 141     month = apr,
 142     note= {Drexel CoAS Research Day},
 143     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 144 }
 145
 146 @unpublished{ 2008-02-stiffness,
 147     title= {Effects of Cantilever Stiffness on Unfolding Force in AFM
 148         Protein Unfolding},
 149     author = WKing,
 150     year = 2008,
 151     month = feb,
 152     note= {Biophysical Society Annual Meeting},
 153     address = {Long Beach, California},
 154 }