cv.bib

   1 % Journals
   2
   3 @string{IJBMM = "International Journal of Biological Macromolecules"}
   4 @string{SCI = "Science"}
   5
   6 % Institutions
   7
   8 @string{Drexel = "Drexel University"}
   9
  10 % Addresses
  11
  12 @string{DrexelPhysics = "Department of Physics, Drexel University, 3141
  13                          Chestnut Street, Philadelphia, PA 19104, USA."}
  14
  15 % People
  16
  17 @string{WKing = "King, W.~Trevor"}
  18
  19 @string{JFernandez = "Fernandez, Julio M."}
  20 @string{HEGaub = "Gaub, Hermann E."}
  21 @string{MGautel = "Gautel, Mathias"}
  22 @string{FOesterhelt = "Oesterhelt, Filipp"}
  23 @string{MRief = "Rief, Matthias"}
  24 @string{MSu = "Su, Meihong"}
  25 @string{GYang = "Yang, Guoliang"}
  26
  27 % Papers
  28
  29 @phdthesis { king13,
  30     author = WKing,
  31     title = "Open source single molecule force spectroscopy",
  32     school = Drexel,
  33     year = 2013,
  34     month = jun,
  35     address = DrexelPhysics,
  36     url = "http://hdl.handle.net/1860/4188",
  37     eprint = "http://dspace.library.drexel.edu/bitstream/1860/4188/1/King_WilliamPhD.pdf",
  38     keywords = "Physics; Molecular spectroscopy; Biophysics",
  39     abstract = "Single molecule force spectroscopy (SMFS) experiments
  40         provide an experimental benchmark for testing simulated and
  41         theoretical predictions of protein unfolding behavior.
  42         Despite it use since 1997\citep{rief97a}, the labs currently
  43         engaged in SMFS use in-house software and procedures for
  44         critical tasks such as cantilever calibration and Monte Carlo
  45         unfolding simulation.  Besides wasting developer time
  46         producing and maintaining redundant implementations, the lack
  47         of transparency makes it more difficult to share data and
  48         techniques between labs, which slows progress.  In some cases
  49         it can also lead to ambiguity as to which of several similar
  50         approaches, correction factors, etc.\ were used in a
  51         particular paper.
  52         %
  53         \par
  54         In this thesis, I introduce an SMFS sofware suite for
  55         cantilever calibration
  56         (\href{https://pypi.python.org/pypi/calibcant/}{calibcant}),
  57         experiment control
  58         (\href{https://pypi.python.org/pypi/unfold-protein}{unfold-protein}),
  59         analysis (\href{https://pypi.python.org/pypi/Hooke}{Hooke}),
  60         and postprocessing
  61         (\href{http://blog.tremily.us/posts/sawsim/}{sawsim}) in the
  62         context of velocity clamp unfolding of I27 octomers in buffers
  63         with varying concentrations of \CaCl\textsubscript{2}.  All of
  64         the tools are licensed under open source licenses, which
  65         allows SMFS researchers to centralize future development.
  66         Where possible, care has been taken to keep these packages
  67         operating system (OS) agnostic.  The experiment logic in
  68         unfold-protein and calibcant is still nominally OS agnostic,
  69         but those packages depend on
  70         \href{https://pypi.python.org/pypi/pyafm}{more fundamental
  71         packages} that control the physical hardware in use.  At the
  72         bottom of the physical-interface stack are the
  73         \href{http://www.comedi.org/}{Comedi} drivers from the Linux
  74         kernel.  Users running other operating systems should be able
  75         to swap in analogous low level physical-interface packages if
  76         Linux is not an option.",
  77 }
  78
  79 @article { king10,
  80     author = WKing #" and "# MSu #" and "# GYang,
  81     title = "{M}onte {C}arlo simulation of mechanical unfolding of proteins
  82         based on a simple two-state model",
  83     year = 2010,
  84     month = mar,
  85     day = 1,
  86     address = DrexelPhysics,
  87     journal = IJBMM,
  88     volume = 46,
  89     number = 2,
  90     pages = "159--166",
  91     issn = "0141-8130",
  92     alternative_issn = "1879-0003",
  93     doi = "10.1016/j.ijbiomac.2009.12.001",
  94     url = "http://www.sciencedirect.com/science/article/B6T7J-
  95         4XWMND2-1/2/7ef768562b4157fc201d450553e5de5e",
  96     language = "eng",
  97     keywords = "Atomic force microscopy;Mechanical unfolding;Monte Carlo
  98         simulation;Worm-like chain;Single molecule methods",
  99     abstract = "Single molecule methods are becoming routine biophysical
 100         techniques for studying biological macromolecules. In mechanical
 101         unfolding of proteins, an externally applied force is used to induce
 102         the unfolding of individual protein molecules. Such experiments have
 103         revealed novel information that has significantly enhanced our
 104         understanding of the function and folding mechanisms of several types
 105         of proteins. To obtain information on the unfolding kinetics and the
 106         free energy landscape of the protein molecule from mechanical unfolding
 107         data, a Monte Carlo simulation based on a simple two-state kinetic
 108         model is often used. In this paper, we provide a detailed description
 109         of the procedure to perform such simulations and discuss the
 110         approximations and assumptions involved. We show that the appearance of
 111         the force versus extension curves from mechanical unfolding of proteins
 112         is affected by a variety of experimental parameters, such as the length
 113         of the protein polymer and the force constant of the cantilever. We
 114         also analyze the errors associated with different methods of data
 115         pooling and present a quantitative measure of how well the simulation
 116         results fit experimental data. These findings will be helpful in
 117         experimental design, artifact identification, and data analysis for
 118         single molecule studies of various proteins using the mechanical
 119         unfolding method."
 120 }
 121
 122 % Talks
 123
 124 @unpublished{ 2013-05-thesis,
 125     title= {Open source single molecule force spectroscopy},
 126     author = WKing,
 127     year = 2013,
 128     month = may,
 129     day = 28,
 130     note= {Thesis defense, Drexel University},
 131     address = {Drexel University},
 132     url = {http://blog.tremily.us/posts/Thesis/talk/},
 133 }
 134
 135 @unpublished{ 2013-01-columbia,
 136     title= {Collaborative version control with {G}it},
 137     author = WKing,
 138     year = 2013,
 139     month = jan,
 140     note= {Software Carpentry boot camp, Columbia University},
 141     address = {Columbia University},
 142 }
 143
 144 @unpublished{ 2009-10-life-cycles,
 145     title= {Software life-cycles and alphabet soup},
 146     author = WKing,
 147     year = 2009,
 148     month = oct,
 149     note= {Drexel Physics Graduate Student Association},
 150     address = {Drexel University}
 151 }
 152
 153 @unpublished{ 2008-06-locks,
 154     title= {Manipulating combination locks \& Ray tracing with polarization},
 155     author = WKing,
 156     year = 2008,
 157     month = jun,
 158     note= {Drexel Physics Graduate Student Association},
 159     address = {Drexel University}
 160 }
 161
 162 @unpublished{ 2006-05-quantum-computing,
 163     title= {Quantum Computing},
 164     author = WKing,
 165     year = 2006,
 166     note= {Rochester Solid State final},
 167     address = {University of Rochester}
 168 }
 169 %    month = may,
 170
 171 % Posters
 172
 173 @unpublished{ 2013-04-swc,
 174     title= {Teaching Software Carpentry: Better Science through Science},
 175     author = WKing,
 176     year = 2013,
 177     month = apr,
 178     note= {Drexel CoAS Research Day},
 179     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 180 }
 181
 182 @unpublished{ 2012-04-calibcant,
 183     title= {Thermally calibrating {AFM} cantilever spring constants},
 184     author = WKing,
 185     year = 2012,
 186     month = apr,
 187     note= {Drexel CoAS Research Day},
 188     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 189 }
 190
 191 @unpublished{ 2011-04-saswsim,
 192     title= {Flexible parallel simulations and packaging},
 193     author = WKing,
 194     year = 2011,
 195     month = apr,
 196     note= {Drexel CoAS Research Day},
 197     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 198 }
 199
 200 @unpublished{ 2010-04-open-source,
 201     title= {Open source software in experimental protein unfolding},
 202     author = WKing,
 203     year = 2010,
 204     month = apr,
 205     note= {Drexel CoAS Research Day},
 206     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 207 }
 208
 209 @unpublished{ 2009-03-roughness,
 210     title= {Experimental Estimation of the Free Energy Landscape
 211         Roughness of Protein Molecules},
 212     author = WKing,
 213     year = 2009,
 214     month = mar,
 215     note= {Biophysical Society Annual Meeting},
 216     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 217 }
 218
 219 @unpublished{ 2008-04-sawsim,
 220     title= {Simulated mechanical unfolding of single proteins},
 221     author = WKing,
 222     year = 2008,
 223     month = apr,
 224     note= {Drexel CoAS Research Day},
 225     address = {Philadelphia, Pennsylvania},
 226 }
 227
 228 @unpublished{ 2008-02-stiffness,
 229     title= {Effects of Cantilever Stiffness on Unfolding Force in AFM
 230         Protein Unfolding},
 231     author = WKing,
 232     year = 2008,
 233     month = feb,
 234     note= {Biophysical Society Annual Meeting},
 235     address = {Long Beach, California},
 236 }
 237
 238 % References
 239
 240 @article { rief97a,
 241     author = MRief #" and "# MGautel #" and "# FOesterhelt #" and "# JFernandez
 242         #" and "# HEGaub,
 243     title = "Reversible Unfolding of Individual Titin Immunoglobulin Domains by
 244         {AFM}",
 245     year = 1997,
 246     journal = SCI,
 247     volume = 276,
 248     number = 5315,
 249     pages = "1109--1112",
 250     doi = "10.1126/science.276.5315.1109",
 251     eprint = "http://www.sciencemag.org/cgi/reprint/276/5315/1109.pdf",
 252     url = "http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/276/5315/1109",
 253     note = "Seminal paper for force spectroscopy on Titin.",
 254 }