chemdb/util.py

   1 # Copyright
   2
   3 import os.path as _os_path
   4 import re as _re
   5
   6 from django.template.defaultfilters import slugify as _slugify
   7
   8 from . import LOG as _LOG
   9
  10
  11 CAS_REGEXP = _re.compile('\A[0-9]{2,}[-][0-9]{2}[-][0-9]\Z')
  12
  13
  14 def valid_CASno(cas_string):
  15     """Validate CAS numbers.
  16
  17     Check `N..NN-NN-N` format, and the `checksum digit`_ for valid CAS
  18     number structure.  for
  19
  20     .. math::
  21       N_n .. N_4 N_3 - N_2 N_1 - R
  22
  23     The checksum digit is
  24
  25     .. math::
  26       R = remainder([sum_{i=1}^n i N_i  ] / 10 )
  27
  28     .. _checksum digit:
  29       http://www.cas.org/expertise/cascontent/registry/checkdig.html
  30
  31     >>> valid_CASno('107-07-3')
  32     True
  33     >>> valid_CASno('107-08-3')
  34     False
  35     >>> valid_CASno('107-083')
  36     False
  37
  38     Sometimes we don't have a CAS number, or a product will contain
  39     secret, non-hazardous ingredients.  Therefore we treat the strings
  40     `na` and `+secret-non-hazardous` as valid CAS numbers.
  41
  42     >>> valid_CASno('na')
  43     True
  44     >>> valid_CASno('+secret-non-hazardous')
  45     True
  46     """
  47     if cas_string in [None, 'na', '+secret-non-hazardous']:
  48         return True
  49     # check format,
  50     # \A matches the start of the string
  51     # \Z matches the end of the string
  52     if CAS_REGEXP.match(cas_string) == None:
  53         _LOG.debug("invalid CAS# format: '%s'".format(cas_string))
  54         return False
  55     # generate check digit
  56     casdigs = [int(d) for d in ''.join(cas_string.split('-'))]
  57     sumdigs = casdigs[:-1]
  58     sumdigs.reverse()
  59     s = sum([(i+1)*d for i,d in enumerate(sumdigs)])
  60     check = s % 10
  61     if check == casdigs[-1]:
  62         return True
  63     _LOG.debug("invalid CAS# check: '{}' (expected {})".format(
  64             cas_string, check))
  65     return False
  66
  67 def sanitize_path(string):
  68     for a,b in [('..', '-')]:
  69         string = string.replace(a, b)
  70     return _slugify(string)
  71
  72 def chemical_upload_to(instance, filename, storage=None):
  73     basename,extension = _os_path.splitext(filename)
  74     if extension not in ['.pdf', '.html', '.txt']:
  75         raise ValueError(filename)
  76     return 'msds/{}{}'.format(sanitize_path(instance.abbrev), extension)