Merge commit 'origin/master'

Correct mpi4py URL.

Fix typo in setup.py which produced a 'pysawsim/managerpysawsim/test' error.

Standardize max step calculation and fit-parameter requirements in pysawsim.test.

Wider bins and weaker comparisons allow bell_rate to pass doctests.

Compare theory vs. sim scaled by bin width (not theory, which may be zero).

Fix Gumbel normalization in pysawsim.test.bell_rate.probability_distribution.

Ensure that self.headings exists in Histogram, e.g. in bell_rate.py's theory hist.

For high K_0, the Bell model's <f> can be negative.  Fix pysawsim.test.bell_rate.

Move Bell model unfolding rate test into pysawsim/test/bell_rate.py.

Cleaned up model and parameter estimation.  See
  W. Trevor King, Meihong Su, and Guoliang Yang.  Monte Carlo
  simulation of mechanical unfolding of proteins based on a simple
  two-state model. International Journal of Biological Macromolecules
  46 (2010) 159-166.  doi: 10.1016/j.ijbiomac.2009.12.001
  (king10 in src/sawsim.bib)
for details.

Use verbose nosetests (to easily ensure tests are being run).

Be less specific about fit info in pysawsim.fit.ModelFitter doctest.

pysawsim/fit.py should not be executable.

Escape LaTeX backslashes in pysawsim.test.constant_rate.

No need to give an explicit K in the pysawsim constant-rate analysis.

Add doctest call to pysawsim.test.constant_rate.test() so nosetests will run it.

constant_rate.py should not be executable.

Fixup pysawsim.test.constant_rate so it passes.

Only log WARNING level messages (and more urgent ones) in pysawsim.

Force bin_edges and counts to be numy arrays in Histogram.

ModelFitter.fit() should always return a list (even for single-parameter fits).

Move constant unfolding rate test into pysawsim/test/constant_rate.py.

Account for binwidth in HistogramModelFitter doctest.

Wider bins should increase the bin counts (all else being equal).

Also select a smaller sigma for the doctest, since that will make the
mean estimation less prone to errors large enough to break the test.

Split Histogram.analyze() out of Histogram.from_stream().

Add pysawsim.test submodule (currently empty).

Moved testing/common/fit.py to pysawsim/fit.py and cleaned up.

Merge remote branch 'pub/master'

Disable epilog line wrapping in pysawsim/parameter_error.py.

There *is* a Gentoo package for pbs_python: sys-cluster/pbs-python ;).

Update Gentoo overlay info in README now that my overlay is in the global list.

Add a Gentoo package section to the README.

Better pysawsim.sawsim.SAWSIM detection via distutils.spawn.find_executable().

Add simple setup.py for installing pysawsim.

Use `rm -rf` instead of `rmdir` for `make clean`.

This avoids "No such file or directory" errors if you run `make clean`
without having build the to-be-cleaned directories.

Create new phony Makefile targets all_doc and all_bin.

Fix : -> :: (rst markup) in README; document setupools/distrubute fork.

Use numpy.ndarray.sum() vs. __builtin__.sum() to compute hist bin counts.

It's much faster:
  $ time python -c 'import numpy; sum(numpy.arange(int(1e6)))'
  real    0m3.312s
  user    0m3.188s
  sys     0m0.118s
  $ time python -c 'import numpy; numpy.arange(int(1e6)).sum()'
  real    0m0.878s
  user    0m0.753s
  sys     0m0.122s

Remove cruft from testing/ in preparation for test migration to pysawsim/test/.

Python FAQ GIL link should point to GIL blurb, not GIL TOC entry.

Merge remote branch 'borg/master'

-m/--manager now defaults to auto-select.

Add ability to import a default manager with get_manager().

pysawsim/parameter_error.py should not be executable.

Add support for nosetests multiprocessing plugin.

See
  python-nose/doc/doc_tests/test_multiprocess/multiprocess.rst
for an explanation of the plugin and its peculiarities.

On a 16-core SMP machine, the test suite now runs with:
  Ran 27 tests in 58.077s
vs the old:
  Ran 23 tests in 69.325s

The extra tests are repeats, probably having to do with a
split-vs-share issue that I haven't tracked down yet.  The tests could
be faster still if we used the subproc manager by default for Python
>= 2.6.  I'll do that next.

Convert tabs to spaces in pre-commit-pysawsim-check.

Use single-quote delimited strings when possssible.

HistogramMatcher should not plot residual comparisons by default.

Added bin/sawsim_param_error.py and pysawsim/parameter_error.py

Assorted minor cleanups to pysawsim/parameter_scan.py.

Remove some more velocity-specific cruft from pysawsim/parameter_scan.py.

parameter_scan.py no longer needs to import anything from the .manager submod.

Print the CommandError of failed sawsim executions.

Save CommandError in failed InvokeJobs.

Add pysawsim.invoke.CommandError.__repr__() method and doctest.

Make pysawsim.invoke.CommandError picklable, and add doctest proof.

Fix cache shuffling (random.shuffle() shuffles in place, returns None).

Move __version__ import from sawsim_histogram to sawsim (for caching).

Start fleshing out "Related work" section in the manual.

To facilitate this, I've added the following new keys to sawsim.bib:
  jollymore09, kellermayer97, king10, marszalek98, oberhauser98, rief97a
I also renamed the old rief97 -> rief97b to avoid confusion with rief97a.

Also, run a second bibtex/pdflatex pass on compilation to handle a
single layer of cross referencing in the `note` field.

Fix some long URLs that had been wrapped by pybtex.

Update the README with more information about the pysawsim wrappers.

Add namedtuple definition from Python 2.6's collections.py as _collections.py

Move `import with_statement` from sawsim_histogram to sawsim.

Replace EXAMPLE_HISTOGRAM_FILE_CONTENTS histograms with N=400 examples.

Add epilogs to each OptionParser in pysawsim.

Move sawsim running into a new pysawsim.sawsim.SawsimRunner class.

Add 'mpi' to pysawsim.manager.MANAGERS.

Relax command-not-found doctest messages.

Merge branch 'master' of physics.drexel.edu/~wking/code/git/sawsim

Fix dropped receive during ThreadManager._spawn_jobs.

Add autogenerated .be/id-cache to .gitignore.

Merge branch 'master' of ssh://wking@einstein/~/public_html/code/git/sawsim

Upgrade .be bug cache to Bugs Everywhere Directory v1.4.

Disable pysawsim.manager.subproc is multiprocessing is missing.

Work around namedtuple import for Pythons < 2.6.

Also cleanup local mpd if the pysawsim nosetests fail.

Add CC, CFLAGS, and LDFLAGS to the Makefile for easy customization.

Work around missing MPD with a more elaborate pysawsim nosetest hook.

Kill off worker-node implementations of master code.

Add pysawsim.manager.mpi with an mpi4py-based manager.

Test with:
  mpdboot -1 -n 1 -f <(hostname)
  mpiexec -n 5 nosetests --with-doctest --doctest-tests pysawsim/manager/mpi.py
  mpdallexit

I still need to find a way to turn off the doctests when mpi4py is
installed, but the tests are not being run from an `mpiexec`ed
environment.

Add link to Python wiki's parallel processing page.

Adjust pysawsim.manager.pbs to skip most doctests if pbs mod is missing.

Remove execute permission from pysawsim/manager/pbs.py.

Add pysawsim.manager.subproc using subprocessing.

Add pysawsim.sawsim.main() and bin/sawsim_hist.py calling it.

Also fix a number of bugs turned up by trial calls to the new
sawsim_hist.py.

Add Histogram.to_stream() and .headings.

Fix 'intil_state' -> 'initial_state' typo in pysawsim.sawsim.Event.

Add Histogram.calculate_bin_edges().

Reduce ThreadManager default worker_thread to 2.

Add --sawsim option to velocity_dependant_scan.main().

Allow Job status logging when .status is an Exception.

Allow Job.__str__() to work when .id == None.

Teardown manager after use in velocity_dependant_scan.main().

Add --clean-cache option to velocity_dependant_scan.main().

No need for `if __name__ == '__main__'` in velocity_dependant_scan.

bin/vel_dep_scan.py provides access to velocity_dependant_scan.main().

Rearrange velocity_dependant_scan.main() to group residual-related options together.

Pass velocity_dependant_scan.main() --manager through to SawsimHistogram.

Reposition matplotlib.use() call in velocity_dependant_scan.py.

This fixes:

.../matplotlib/__init__.py:833: UserWarning:
This call to matplotlib.use() has no effect because the the backend
has already been chosen; matplotlib.use() must be called *before*
pylab, matplotlib.pyplot, or matplotlib.backends is imported for the
first time.

Fix sawsim_histogram imports in velocity_dependant_scan.py.

Add bin/vel_dep_scan.py calling pysawsim.velocity_dependant_scan.main().

Add --manager option to velocity_dependant_scan.py.