introduction/main.tex: Reword sentence about forward/inverse difficulty

The original was a bit too nested, so I've broken it into more
distinct sections.

blurb/abstract.tex: Change pyafm -> unfold-protein and remove Na+

The NaCl data had a small number of noisy unfolding events, which
weren't particularly convincing, so they're not in the final thesis.

Instead of mentioning pyafm here, cut straight to the top-level
unfold-protein package, since that's where the experiment control
happens.

Consistently sentence-case section titles

Distinguish between glutamine and glutamic acid

This is important ;).  Thanks, Prof. Cruz.

calibcant/procedure.tex: Discuss 14kHz spike in fig:calibcant:vibration

sawsim: Shift review of past research into the introduction

Add prefixes to sort the nomenclature appropriately

In order:
* Operators and functions
* Greek symbols
* Roman symbols
* Text

I also added a bunch of trailing periods, and ensured that the
\nomenclature{} calls were set off from paragraphs by a `%`.

packages: Don't use prefixes when sorting nomenclature entries

From the nomencl docs:

  Personally, I like to specify the noprefix option and use the
  optional argument to get exactly the sort order I want.

See also section 5.1 (Subgroups) about distinct groups of entries
(e.g. Greek variables, Roman variables, words).

root.bib: Rename READ notes to wtk_note

Not appropriate for my thesis ;).

root.bib: Fix a bunch of markup (e.g. [beta] -> $\beta$)

Some of the citation exporters I've been using do a pretty bad job
with non-ASCII characters.  This fixes a few of the more obvious
mistakes.

salt/main.tex: Cite hofmeister88 and smith13

Additional background and CaCl2 motivation respectively.

root.bib: Add hofmeister88

salt/main.tex: Fix 'Amyloid' -> 'amyloid'

It's not a proper noun.

root.bib: Add smith13 as a salt-effect reference

root.bib: Use the paper's title capitalization in isaacs06

It was published that way, so preserve the capitalization (and use of
\beta) in my BibTeX.

calibcant/overview.tex: Fix 'calibcant/procedure' -> 'sec:calibcant:procedure'

This typo landed in fb7a203 (calibcant/overview.tex: Give a road map
for the rest of this chapter, 2013-06-21).

Don't specify .png in \includegraphics{}

LaTeX figures out valid extensions automatically.

figures/calibcant: Re-render figures using LaTeX labels

This gives better kerning than Matplotlib's built-in rendering.  I
also adjusted the labels to have more consistent capitalization (in
the titles) and less overlap via symbolic representation (for the
statistics y-axis).

calibcant/procedure.tex: Add trailing period in no-offset figure

calibcant/procedure.tex: Describe colors in fig:calibcant:bump caption

Prof. Cruz was unclear about what was what in the first panel, and
didn't notice that the approach/retract doubling also applied to the
first panel.

pyafm/discussion.tex: Add red/blue comments to all LabVIEW captions

Also make it more explicit that it was only these comparison curves
that were not isolated.

calibcant/overview.tex: Give a road map for the rest of this chapter

pyafm/overview.tex: Remove figure references

Prof. Cruz points out that I don't actually discuss the figures until
later sections.  If I want to refer forward, I could cite the sections
themselves, but it's easier to just remove these references.

sawsim/discussion.tex: Flesh out testing procedure

Prof. Cruz thought the existing lead in wasn't clear.

sawsim/discussion.tex: Remove double integral Kramers' testing

I don't have enough detail/support here to let it stand.

sawsim/discussion.tex: Rework sawsim Monte Carlo review

Start with the big picture, and zoom in on the finer points.

hooke: Promote \subsections to \sections

These aren't subsections of the Hooke history section.

hooke/conclusions.tex: Discuss frameworks and automation

hooke/ui.tex: Reword fundamental UI description

Prof. Cruz pointed out that the old wording had the typo 'because at
the a basic', and I thought I'd just rework the whole phrase.

hooke/drivers.tex: Fix 'Drivers have can' -> 'Drivers can' typo

Thanks, Prof. Cruz.

pyafm/frameworks.tex: Remove duplicates in 'in the the general'

Thanks, Prof. Cruz.

sawsim/discussion.tex: Shift fig:sawsim:order-dep forward

So it shows up within a page of the first reference to it.

Thanks, Prof. Cruz.

root.bib: Add a direct link to sawsim in as a note in king10

Thanks, Prof. Cruz.

salt/main.tex: Fix '0.5 m' -> '0.5 M' typo

Thanks, Prof. Cruz.

salt/main.tex: Fix 'argenine' -> 'arginine' typo

Thanks, Prof. Cruz.

figures/order-dep/order-dep.asy: Reduce x ticks on inset histograms

Having three ticks (with N=2?) makes for integer tick labels.  The
change from N=3 to N=2 may be due to a regression in Asymptote, but I
don't have the time to track that down now.

Thanks for pointing out the problem, Prof. Cruz.

sawsim/methods.tex: Plug sec:salt from sec:sawsim:rate:other summary

Remind folks about the end goals, and ease of re-analysis.

Thanks, Prof. Cruz.

root.bib: ScienceDirect links are long, use DOIs instead

This is a bit redundant, but at least the links are shorter and
stable.

sawsim/methods.tex: Fix 'effectivly' -> 'effectively' typo

Thanks, Prof. Cruz.

sawsim/methods.tex: Tighten 'A short chain' -> 'Short chains'

Thanks, Prof. Cruz.

apparatus/procedure.tex: Add red/blue examples to sec:sawsim:tension:wlc

Thanks, Prof. Cruz.

sawsim/methods.tex: Fix 'forumla' -> 'formula' typo

Thanks, Prof. Cruz.

introduction/main.tex: Fix 'roll' -> 'role' typo

Thanks Prof. Cruz.

root.tex: Fix 'Louis' -> 'Luis' typo

Oops.  Thanks for pointing this out, Prof. Cruz :p.

future/software.tex: Add 'tarball' to the nomenclature

Additional software jargon.  Thanks Mom!

future: Fix some typos that Mom found

hooke/main.tex: Remove the discussion section

There's not much wrap up to do, so I'll put it all in the conlusions
section.

hooke/ui.tex: Fill in user interface section

Also add a screenshot of the GUI.

sawsim/discussion.tex: Link to sec:hooke:plugins for unfolding force

Not a great fit, but I don't have a whole section devoted to unfolding
force extraction.

apparatus/main.tex: Remove link to sec:temperature

... since we no longer include that chapter.

pyafm/auxiliary.tex: Add an 'and' for the last Z-N tuning rule

pyafm/auxiliary.tex: Fix reference to fig:stepper:backlash

root.bib: Remove some TODOs from the notes

sawsim/discussion.tex: No time to mathematically define l_{ts}

sawsim/discussion.tex: No time to flesh out my interpolating tree

I love it, but there's only so much time (or reader interest).

root.bib: I haven't tracked down a copy of gumbel58 yet

sawsim/introduction.tex: Hide parameter TODO (no time to look this up)

sawsim/methods.tex: Fix (or hide) outstanding TODO issues

pyafm/auxiliary.tex: I can't find a source for bang-bang tuning

I wonder where the algorithm is from? :p

pyafm/auxiliary.tex: Add a Peltier figure with a caption from my oral

figures/asy/ElectroMag.asy: Add the E&M library from my course project

For drawing a Peltier.

figures/asy/Mechanics.asy: Add the mechanics library from my course project

For drawing a Peltier.

figures/asy/Circ.asy: Add the circuit library from my course project

For drawing a Peltier.

figures/asy/wtk_graph.asy: Add mcross for stepper graphs

A marker in the shape of a small cross.  With this marker, there's
less overlap between successive points that trend in horizontal or
vertical directions.

pyafm/auxiliary.tex: Bring in some text and figures from my oral

Back in 2007-07-01 ;).

figures/stepper/step-size.asy: Restore piezo-approach labeling

I'd had this in the old MetaPost version, but now the positions are
automatic :).

figures/stepper: Translate stepper-calibration figures to Asymptote

These figures were from my oral qualifier oh-so-many years ago.  I've
translated them into a modern language, which makes them quite a bit
cleaner than the old format which involved layers of processing in
Bash ;).

root.bib: Add lee05 for EDC/linker background

root.bib: Fix 'μ' -> '$\mu$' in jaschke95 abstract

pdflatex doesn't deal with non-ASCII input very gracefully.  Not that
I'm rendering the abstracts, but still ;).

root.bib: Add gittes98 and berg-sorensen04

Both talk about extremely overdamped power spectra.

calibcant/main.bib: Add dates to mathworld-lorentzian

And wikipedia-wiener-khinchin.  They still say what I quoted them as
saying back in 2010.

calibcant/overview.tex: Flesh out related work

Also, cite roters96 for using the proper form but calling it a
Lorentzian.

calibcant/overview.tex: Fix 'formula' -> 'formulas' typo

Wikipedia says that both 'formulas' and 'formulae' are acceptable
plural forms [1], but I have a few 'formulas' occurences in here
already.

[1]: http://en.wikipedia.org/wiki/Formula

pyafm/main.bib: Curly-brace 'HDF' in entry titles

Otherwise it is automatically sentence-cased by bibtex.

src/root.bib: Fix MPCHong -> NPCHong in aruliah12 authors

calibcant/discussion.tex: Cite PNAS and Nature for data archival

calibcant/procedure.tex: Over-estimate port-to-chip distance

I'd like to actually measure this, but I forget when I'm in lab.  The
whole fluid chamber is about a centimeter in diameter, so 3 mm seems
like a safe upper bound.

calibcant/discussion.tex: Finish error propogation paragraph

Replace "TODO" with "kappa shouldn't change", since I go right into
quoting numbers later on.

apparatus/sample-preparation.tex: Comment out epoxy TODO

I'm not sure what brand it is, and I don't have time to look it up
now.  I'll try to get around to it the next time I'm in the lab.

apparatus/afm.tex: Add range of the 2253E piezo

DAC range (V_dac) * gain (V_piezo / V_dac) * sensitivity (m / V_piezo):

  >>> 20 * 20 * 8.8e-09    # z axis
  3.5199999999999998e-06
  >>> 20 * 20 * 4.16e-09   # x axis
  1.6639999999999999e-06

hooke: Flesh out discussion of drivers and plugins

Also add a missing close-paren to history.tex, along with a caveat
footnote that sometimes rewriting is worth it.

root.tex: Don't show the index

* It's not complete.
* The second column overlaps with the 'Index' chapter title.

root.tex: I'll be submitting this thesis in July, not May

Time keeps on slipping...

root.tex: Enable auxilliary blurbs and disable viscosity appendix

salt/main.tex: Fill in best-fit dx and ku0

Using the numbers from my presentation slides.

future: Fill in conclusions/future chapter

salt/main.tex: Add fisher-CaCl citation and remove NaCl reference

I didn't get enough NaCl data to publish something significant :/.

salt/main.tex: Add 1TIT-hbond figure based on lu00b

figures/i27/1TIT.pml: Zoom out a bit to match thesis slides

hooke/main.tex: Rework lead-in paragraph to avoid 'uninteresting'

introduction/main.tex: Rework the thesis outline

Lay out the current structure.

packaging/main.bib: Add git reference and citetalias

packaging/main.bib: Unfold-protein now on PyPI :)

root.tex: Get ready for the final version :)

Select final drexel-thesis options

root.tex: We don't have a salt/main.bib

Currently these articles are just in my general root.bib.

root.bib: Add cleland64 for the dithiothreitol nomenclature entry

root.bib: Add notes for the salt papers

figures/salt/fit-valley*: Use Asymptote images instead of PNGs

Also upgrade to the 50x50 grid sawsim simulation, instead of the
previous 10x10 PNGs.  Basic command used to generate the histogram
fits:

  PYTHONPATH=. sawsim_hist_scan.py -f "-s cantilever,hooke,0.08 -N1 -s 'folded,null' -N8 -s 'unfolded,wlc,{0.4e-9,28.1e-9}' -k 'folded,unfolded,bell,{%g,%g}' -q folded" -r '[1e-3,1,30],[0.1e-9,0.3e-9,30]' --logx path/to/histogram

figures/fit-space/data: dx data is in meters, not nanometers

build-asy.py: Follow symlinks when walking the figure tree

This makes it easier to use my hacked-together build.sh until I have
time to fix the SCons build.