hooke/conclusions.tex: Discuss frameworks and automation
authorW. Trevor King <wking@tremily.us>
Fri, 21 Jun 2013 17:36:04 +0000 (13:36 -0400)
committerW. Trevor King <wking@tremily.us>
Fri, 21 Jun 2013 17:36:04 +0000 (13:36 -0400)
src/hooke/conclusions.tex

index 36916c3dff28902479a32d05b0f5beda3bd75a2a..43d87a75f1db1e578b009fdb24fad114f0ada7fb 100644 (file)
@@ -1,3 +1,23 @@
 \subsection{Conclusions}
 \label{sec:hooke:conclusions}
 
+My \Hooke\ work builds on previous open source development from other
+groups to provide a solid, extensible framework for processing raw
+force spectroscopy data.  With this framework, it's easy to add
+analysis plugins to support new approaches to data analysis.  It's
+also easy to add drivers to support new data file formats.
+
+In it's current state, \Hooke\ is used by a handful of people to
+analyze single molecule velocity clamp unfolding experiments.  Even
+with Hooke helping out, the process is not automatic.  Because of the
+scarcity of clean curves, it's hard to set agressive margins for
+automatically filtering clean unfolding sawteeth from curves that
+contain other interactions.  Manually identifying clean curves from
+the rest is time consuming and subjective.  By writing software to
+objectively identify unfolding events, we can improve the quality of
+the resulting science while at the same time increasing throughput.
+Real world data is messy, so developing objective filtering procedures
+is difficult.  With \Hooke's standardized framework and broad support
+for existing analysis procedures, it will be easy to apply new
+objective filtering procedures to old data, and see how well the new
+procedures match up with their partially automated predecessors.