sawsim/discussion.tex: Flesh out testing procedure

Prof. Cruz thought the existing lead in wasn't clear.

sawsim/discussion.tex: Remove double integral Kramers' testing

I don't have enough detail/support here to let it stand.

sawsim/discussion.tex: Rework sawsim Monte Carlo review

Start with the big picture, and zoom in on the finer points.

hooke: Promote \subsections to \sections

These aren't subsections of the Hooke history section.

hooke/conclusions.tex: Discuss frameworks and automation

hooke/ui.tex: Reword fundamental UI description

Prof. Cruz pointed out that the old wording had the typo 'because at
the a basic', and I thought I'd just rework the whole phrase.

hooke/drivers.tex: Fix 'Drivers have can' -> 'Drivers can' typo

Thanks, Prof. Cruz.

pyafm/frameworks.tex: Remove duplicates in 'in the the general'

Thanks, Prof. Cruz.

sawsim/discussion.tex: Shift fig:sawsim:order-dep forward

So it shows up within a page of the first reference to it.

Thanks, Prof. Cruz.

root.bib: Add a direct link to sawsim in as a note in king10

Thanks, Prof. Cruz.

salt/main.tex: Fix '0.5 m' -> '0.5 M' typo

Thanks, Prof. Cruz.

salt/main.tex: Fix 'argenine' -> 'arginine' typo

Thanks, Prof. Cruz.

figures/order-dep/order-dep.asy: Reduce x ticks on inset histograms

Having three ticks (with N=2?) makes for integer tick labels.  The
change from N=3 to N=2 may be due to a regression in Asymptote, but I
don't have the time to track that down now.

Thanks for pointing out the problem, Prof. Cruz.

sawsim/methods.tex: Plug sec:salt from sec:sawsim:rate:other summary

Remind folks about the end goals, and ease of re-analysis.

Thanks, Prof. Cruz.

root.bib: ScienceDirect links are long, use DOIs instead

This is a bit redundant, but at least the links are shorter and
stable.

sawsim/methods.tex: Fix 'effectivly' -> 'effectively' typo

Thanks, Prof. Cruz.

sawsim/methods.tex: Tighten 'A short chain' -> 'Short chains'

Thanks, Prof. Cruz.

apparatus/procedure.tex: Add red/blue examples to sec:sawsim:tension:wlc

Thanks, Prof. Cruz.

sawsim/methods.tex: Fix 'forumla' -> 'formula' typo

Thanks, Prof. Cruz.

introduction/main.tex: Fix 'roll' -> 'role' typo

Thanks Prof. Cruz.

root.tex: Fix 'Louis' -> 'Luis' typo

Oops.  Thanks for pointing this out, Prof. Cruz :p.

future/software.tex: Add 'tarball' to the nomenclature

Additional software jargon.  Thanks Mom!

future: Fix some typos that Mom found

hooke/main.tex: Remove the discussion section

There's not much wrap up to do, so I'll put it all in the conlusions
section.

hooke/ui.tex: Fill in user interface section

Also add a screenshot of the GUI.

sawsim/discussion.tex: Link to sec:hooke:plugins for unfolding force

Not a great fit, but I don't have a whole section devoted to unfolding
force extraction.

apparatus/main.tex: Remove link to sec:temperature

... since we no longer include that chapter.

pyafm/auxiliary.tex: Add an 'and' for the last Z-N tuning rule

pyafm/auxiliary.tex: Fix reference to fig:stepper:backlash

root.bib: Remove some TODOs from the notes

sawsim/discussion.tex: No time to mathematically define l_{ts}

sawsim/discussion.tex: No time to flesh out my interpolating tree

I love it, but there's only so much time (or reader interest).

root.bib: I haven't tracked down a copy of gumbel58 yet

sawsim/introduction.tex: Hide parameter TODO (no time to look this up)

sawsim/methods.tex: Fix (or hide) outstanding TODO issues

pyafm/auxiliary.tex: I can't find a source for bang-bang tuning

I wonder where the algorithm is from? :p

pyafm/auxiliary.tex: Add a Peltier figure with a caption from my oral

figures/asy/ElectroMag.asy: Add the E&M library from my course project

For drawing a Peltier.

figures/asy/Mechanics.asy: Add the mechanics library from my course project

For drawing a Peltier.

figures/asy/Circ.asy: Add the circuit library from my course project

For drawing a Peltier.

figures/asy/wtk_graph.asy: Add mcross for stepper graphs

A marker in the shape of a small cross.  With this marker, there's
less overlap between successive points that trend in horizontal or
vertical directions.

pyafm/auxiliary.tex: Bring in some text and figures from my oral

Back in 2007-07-01 ;).

figures/stepper/step-size.asy: Restore piezo-approach labeling

I'd had this in the old MetaPost version, but now the positions are
automatic :).

figures/stepper: Translate stepper-calibration figures to Asymptote

These figures were from my oral qualifier oh-so-many years ago.  I've
translated them into a modern language, which makes them quite a bit
cleaner than the old format which involved layers of processing in
Bash ;).

root.bib: Add lee05 for EDC/linker background

root.bib: Fix 'μ' -> '$\mu$' in jaschke95 abstract

pdflatex doesn't deal with non-ASCII input very gracefully.  Not that
I'm rendering the abstracts, but still ;).

root.bib: Add gittes98 and berg-sorensen04

Both talk about extremely overdamped power spectra.

calibcant/main.bib: Add dates to mathworld-lorentzian

And wikipedia-wiener-khinchin.  They still say what I quoted them as
saying back in 2010.

calibcant/overview.tex: Flesh out related work

Also, cite roters96 for using the proper form but calling it a
Lorentzian.

calibcant/overview.tex: Fix 'formula' -> 'formulas' typo

Wikipedia says that both 'formulas' and 'formulae' are acceptable
plural forms [1], but I have a few 'formulas' occurences in here
already.

[1]: http://en.wikipedia.org/wiki/Formula

pyafm/main.bib: Curly-brace 'HDF' in entry titles

Otherwise it is automatically sentence-cased by bibtex.

src/root.bib: Fix MPCHong -> NPCHong in aruliah12 authors

calibcant/discussion.tex: Cite PNAS and Nature for data archival

calibcant/procedure.tex: Over-estimate port-to-chip distance

I'd like to actually measure this, but I forget when I'm in lab.  The
whole fluid chamber is about a centimeter in diameter, so 3 mm seems
like a safe upper bound.

calibcant/discussion.tex: Finish error propogation paragraph

Replace "TODO" with "kappa shouldn't change", since I go right into
quoting numbers later on.

apparatus/sample-preparation.tex: Comment out epoxy TODO

I'm not sure what brand it is, and I don't have time to look it up
now.  I'll try to get around to it the next time I'm in the lab.

apparatus/afm.tex: Add range of the 2253E piezo

DAC range (V_dac) * gain (V_piezo / V_dac) * sensitivity (m / V_piezo):

  >>> 20 * 20 * 8.8e-09    # z axis
  3.5199999999999998e-06
  >>> 20 * 20 * 4.16e-09   # x axis
  1.6639999999999999e-06

hooke: Flesh out discussion of drivers and plugins

Also add a missing close-paren to history.tex, along with a caveat
footnote that sometimes rewriting is worth it.

root.tex: Don't show the index

* It's not complete.
* The second column overlaps with the 'Index' chapter title.

root.tex: I'll be submitting this thesis in July, not May

Time keeps on slipping...

root.tex: Enable auxilliary blurbs and disable viscosity appendix

salt/main.tex: Fill in best-fit dx and ku0

Using the numbers from my presentation slides.

future: Fill in conclusions/future chapter

salt/main.tex: Add fisher-CaCl citation and remove NaCl reference

I didn't get enough NaCl data to publish something significant :/.

salt/main.tex: Add 1TIT-hbond figure based on lu00b

figures/i27/1TIT.pml: Zoom out a bit to match thesis slides

hooke/main.tex: Rework lead-in paragraph to avoid 'uninteresting'

introduction/main.tex: Rework the thesis outline

Lay out the current structure.

packaging/main.bib: Add git reference and citetalias

packaging/main.bib: Unfold-protein now on PyPI :)

root.tex: Get ready for the final version :)

Select final drexel-thesis options

root.tex: We don't have a salt/main.bib

Currently these articles are just in my general root.bib.

root.bib: Add cleland64 for the dithiothreitol nomenclature entry

root.bib: Add notes for the salt papers

figures/salt/fit-valley*: Use Asymptote images instead of PNGs

Also upgrade to the 50x50 grid sawsim simulation, instead of the
previous 10x10 PNGs.  Basic command used to generate the histogram
fits:

  PYTHONPATH=. sawsim_hist_scan.py -f "-s cantilever,hooke,0.08 -N1 -s 'folded,null' -N8 -s 'unfolded,wlc,{0.4e-9,28.1e-9}' -k 'folded,unfolded,bell,{%g,%g}' -q folded" -r '[1e-3,1,30],[0.1e-9,0.3e-9,30]' --logx path/to/histogram

figures/fit-space/data: dx data is in meters, not nanometers

build-asy.py: Follow symlinks when walking the figure tree

This makes it easier to use my hacked-together build.sh until I have
time to fix the SCons build.

wtk_graph.asy: Fix palette positioning in graphMatrixFile

We know where the figure axes end (k_u0 and dx) in graph coordinates,
and the palette() function expects and initial and final pair in graph
coordinates, but we want the palette offset to be in frame
coordinates.  This means we need to take our figure corners from graph
coordinate through picture coordinates to frame frame coordinates, add
our offset, and go back through picture coordinates to graph
coordinates before passing the values in to palette().

calibcant/main.bib: Don't worry about four-deriv citation

Derivation:

  F(d x(t) / dt) = F(x'(t))
    = 1/sqrt(2 π) \int_{-∞}^∞ x'(t) \exp{-i ω t} dt

Using integration by parts:

  \int v du = uv - \int u dv

with:

  v = \exp{-iωt}
  dv = -iω \exp{-iωt}
  du = x'(t) dt
  u = x(t)

gives:

  F(x'(t)) = 1/sqrt(2 π)  [
      x(t)\exp{-iωt}|_{-∞}^∞ -
      \int_{-∞}^{∞} x(t) iω\exp{-iωt} dt ]
    = iω ⋅ 1/sqrt(2 π) \int_{-∞}^∞ x(t) \exp{-iωt} dt
    = iω F(x(t))

Where the uv term drops out for any signal where x(t)→0 as |t|→∞.

For higher order differentials, just chain these together:

  F(d^n x(t) / dt^n)
    = iw F(d^{n-1} x(t) / dt^{n-1})
    = …
    = (iw)^n F(x(t))

figures/salt: Initial versions of my salt figures

salt/main.tex: Start to summarize my salt experiments

pyafm/overview.tex: Rephrase 'break up' in stack description

Thanks Mom!

hooke/history.tex: Replace 'churn' with 'turnover'

Less jargon-y.  Thanks Mom!

calibcant/theory.tex: Fix 'G_1' -> 'G_{1f}' typo in eq:Gone-f

Thanks Mom!

calibcant/theory.tex: Explicitly list scaling parameters G_0 and m

Thanks Mom!

calibcant/procedure.tex: Use a colon to introduce eq:limited-linear-surface

Thanks Mom!

introduction/main.tex: Fix 'cref' -> 'citep' typo for dyson05 reference

This was a mistake with the original 8aaa549 (introduction/main.tex:
Cite dyson05 for unstructured proteins, 2013-05-22).

calibcant/theory.tex: Use en-dashes (--) for Wiener-Khinchin

This matches the Wikipedia URL ('%E2%80%93' codes for U+2013 EN DASH).

calibcant/main.bib: Force capitalization in wikipedia-wiener-khinchin title

Thanks Mom!

apparatus/main.bib: Force capitalized 'I27O' and 'AFM' in athenaes-i27o

Thanks Mom!

root.bib: Rekey itkin2011 -> itkin11 for consistency

Almost all my other keys only use the last two digits of the year.

root.bib: Add a DOI to chauhan97

root.bib: Don't abbreviate SHO in rief65 note

Thanks Mom!

root.bib: Force capitalized 'Monte Carlo' in metropolis87

Thanks Mom!

root.bib: Use an en-dash (--) for Bell-Evans in evans99 note

root.bib: Remove the question mark from the evans99 note

It would be nice to add citations showing this usage, but I don't
think I have time to dig them up.

root.bib: Rephrase note for dietz04

Mom thought that the 'towards' language in the middle of the sentence
was unclear.

root.bib: Force a captial 'H' in 'e-Handbook'

Thanks Mom!

root.bib: Capitalize titles after colons (e.g. in bedard08)

Thanks Mom!

root.bib: Titlecase capitalization for journal names (including PRL)

Thanks mom!