unfold.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2 #
   3 # Copyright (C) 2011 W. Trevor King <wking@drexel.edu>
   4 #
   5 # This file is part of unfold_protein.
   6 #
   7 # Unfold_protein is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   9 # License as published by the Free Software Foundation, either
  10 # version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11 #
  12 # Unfold_protein is distributed in the hope that it will be useful,
  13 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  14 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  15 # GNU Lesser General Public License for more details.
  16 #
  17 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  18 # License along with unfold_protein.  If not, see
  19 # <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20
  21 """Run a mechanical protein unfolding experiment."""
  22
  23 import os
  24 import os.path
  25
  26 from calibcant.config import Kelvin as _Kelvin
  27 from unfold_protein import __version__ as version
  28 from unfold_protein.afm import get_afm
  29 from unfold_protein.unfolder import Unfolder
  30 from unfold_protein.scan import UnfoldScanner
  31 import unfold_protein.config as _config
  32
  33
  34 if __name__ == '__main__':
  35     from argparse import ArgumentParser
  36
  37     parser = ArgumentParser(
  38         description='Play a pure tone', version=version)
  39     parser.add_argument(
  40         '-s', '--song',
  41         help='Path to a song to play when the experiment is complete')
  42
  43     args = parser.parse_args()
  44
  45     unfold_config = _config.UnfoldCycleConfig()
  46     unfold_config['temperature'] = _config.TemperatureConfig()
  47     unfold_config['temperature']['units'] = _Kelvin
  48     unfold_config['approach'] = _config.ApproachConfig()
  49     unfold_config['unfold'] = _config.UnfoldConfig()
  50     unfold_config['save'] = _config.SaveConfig()
  51     scan_config = _config.ScanConfig()
  52     scan_config['velocity'] = _config.VelocityScanConfig()
  53     scan_config['position'] = _config.PositionScanConfig()
  54
  55     afm,comedi_device = get_afm(with_temperature=False)
  56     unfolder = Unfolder(config=unfold_config, afm=afm)
  57     scanner = UnfoldScanner(config=scan_config, unfolder=unfolder)
  58     try:
  59         scanner.run()
  60     finally:
  61         scanner.move_far_from_surface()
  62         comedi_device.close()
  63         if args.song:
  64             song = os.path.abspath(os.path.expanduser(args.song))
  65             os.system("aplay '%s'" % song)