unfold.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2 #
   3 # Copyright (C) 2011 W. Trevor King <wking@drexel.edu>
   4 #
   5 # This file is part of unfold_protein.
   6 #
   7 # Unfold_protein is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   9 # License as published by the Free Software Foundation, either
  10 # version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11 #
  12 # Unfold_protein is distributed in the hope that it will be useful,
  13 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  14 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  15 # GNU Lesser General Public License for more details.
  16 #
  17 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  18 # License along with unfold_protein.  If not, see
  19 # <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20
  21 """Run a mechanical protein unfolding experiment."""
  22
  23 import os
  24 import os.path
  25
  26 import numpy as _numpy
  27
  28 from pyafm.storage import load_afm as _load_afm
  29 from pyafm.config import Kelvin as _Kelvin
  30 from unfold_protein import __version__
  31 from unfold_protein.unfolder import Unfolder
  32 from unfold_protein.scan import UnfoldScanner
  33 import unfold_protein.config as _config
  34
  35
  36 if __name__ == '__main__':
  37     from argparse import ArgumentParser
  38
  39     parser = ArgumentParser(
  40         description=__doc__, version=__version__)
  41     parser.add_argument(
  42         '-s', '--song',
  43         help='Path to a song to play when the experiment is complete')
  44
  45     args = parser.parse_args()
  46
  47     unfold_config = _config.UnfoldCycleConfig()
  48     unfold_config['approach'] = _config.ApproachConfig()
  49     unfold_config['unfold'] = _config.UnfoldConfig()
  50     unfold_config['unfold']['distance'] = 900e-9
  51     unfold_config['save'] = _config.SaveConfig()
  52     scan_config = _config.ScanConfig()
  53     scan_config['velocity'] = _config.VelocityScanConfig()
  54     #scan_config['velocity']['unfolding velocities'] = _numpy.array([1e-6])
  55     scan_config['velocity']['num loops'] = 500
  56     scan_config['position'] = _config.PositionScanConfig()
  57
  58     devices = []
  59     try:
  60         afm = _load_afm()
  61         afm.load_from_config(devices=devices)
  62         afm.piezo.zero()
  63         unfolder = Unfolder(config=unfold_config, afm=afm)
  64         scanner = UnfoldScanner(config=scan_config, unfolder=unfolder)
  65         scanner.run()
  66     finally:
  67         afm.move_away_from_surface()
  68         afm.piezo.zero()
  69         for device in devices:
  70             device.close()
  71         if args.song:
  72             song = os.path.abspath(os.path.expanduser(args.song))
  73             os.system("aplay '%s'" % song)