unfold.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2 #
   3 # Copyright (C) 2009-2012 W. Trevor King <wking@tremily.us>
   4 #
   5 # This file is part of unfold_protein.
   6 #
   7 # unfold_protein is free software: you can redistribute it and/or modify it
   8 # under the terms of the GNU General Public License as published by the Free
   9 # Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any
  10 # later version.
  11 #
  12 # unfold_protein is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
  13 # ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS
  14 # FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more
  15 # details.
  16 #
  17 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with
  18 # unfold_protein.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19
  20 """Run a mechanical protein unfolding experiment."""
  21
  22 import os
  23 import os.path
  24
  25 import numpy as _numpy
  26
  27 from pyafm.storage import load_afm as _load_afm
  28 from pyafm.config import Kelvin as _Kelvin
  29 from unfold_protein import __version__
  30 from unfold_protein.unfolder import Unfolder
  31 from unfold_protein.scan import UnfoldScanner
  32 import unfold_protein.config as _config
  33
  34
  35 if __name__ == '__main__':
  36     from argparse import ArgumentParser
  37
  38     parser = ArgumentParser(
  39         description=__doc__, version=__version__)
  40     parser.add_argument(
  41         '-s', '--song',
  42         help='Path to a song to play when the experiment is complete')
  43     parser.add_argument(
  44         '-S', '--no-stepper-tweaks', dest='stepper_tweaks',
  45         action='store_const', const=False, default=True,
  46         help=("Don't move the stepper except for the initial approach "
  47               "and final retraction"))
  48
  49     args = parser.parse_args()
  50
  51     unfold_config = _config.UnfoldCycleConfig()
  52     unfold_config['approach'] = _config.ApproachConfig()
  53     unfold_config['unfold'] = _config.UnfoldConfig()
  54     unfold_config['unfold']['distance'] = 900e-9
  55     unfold_config['save'] = _config.SaveConfig()
  56     scan_config = _config.ScanConfig()
  57     scan_config['velocity'] = _config.VelocityScanConfig()
  58     #scan_config['velocity']['unfolding velocities'] = _numpy.array([1e-6])
  59     scan_config['velocity']['num loops'] = 500
  60     scan_config['position'] = _config.PositionScanConfig()
  61
  62     devices = []
  63     try:
  64         afm = _load_afm()
  65         afm.load_from_config(devices=devices)
  66         afm.piezo.zero()
  67         unfolder = Unfolder(config=unfold_config, afm=afm)
  68         scanner = UnfoldScanner(config=scan_config, unfolder=unfolder)
  69         scanner.run(stepper_tweaks=args.stepper_tweaks)
  70     finally:
  71         afm.move_away_from_surface()
  72         afm.piezo.zero()
  73         for device in devices:
  74             device.close()
  75         if args.song:
  76             song = os.path.abspath(os.path.expanduser(args.song))
  77             os.system("aplay '%s'" % song)