README

   1 Unfolding experiment procedure:
   2
   3 At the ipython command line (use -pylab option for easy plotting)
   4 >>> import unfold
   5 >>> u = unfold.unfold(controlTemp=False)
   6
   7 Approach the surface
   8 >>> u.stepApproach(setpoint=1.0)
   9 Hold down during approach to keep O-ring from lifting the
  10 head. Diagnose by watching under video-microscope: head movement
  11 shifts picture.  Alternatively, use the flexible S-crossectioned
  12 "o-rings" or scrunchies to clamp head on tighter ;).
  13
  14 Wiggle for interference just off the surface
  15 >>> u.stepAway(); u.stepAway(); u.stepAway()
  16 >>> import z_piezo_utils
  17 >>> z_piezo_utils.wiggleForInterferenceMin(u.zp, wig_freq=1.0)
  18
  19 Calibrate
  20 >>> import calibcant.calibrate
  21 >>> calibcant.config.DEFAULT_TEMP = 25 # degrees C
  22 >>> calibcant.calibrate.calib(stepper=u.step, zpiezo=u.zp, push_depth=90)
  23 push_depth is in nm.  There are a host of other keyword arguments to
  24 calib.  See them all with
  25 >>> calibcant.calibrate.calib._kwargs(calibcant.calibrate.calib)
  26
  27 Tweak coarse surface position (these are stepper-backlash protected functions)
  28 >>> u.stepCloser()
  29 >>> u.stepAway()
  30
  31 Unfold a protein
  32 >>> u.unfold(rel_setpoint=2, nmDist=1400,...)
  33
  34 There's also a convenience function `loop_rates`
  35 >>> rates = [250, 500, 750, 1000]
  36 >>> unfold.loop_rates(u, rates=rates, num_loops=10, die_file="~/die",
  37                       rel_setpoint=1, nmDist=800, sBindTime=2, ...)
  38 which unfolds at each rate 10 times, unless ~/die exist, in which case
  39 it stops nicely.  rel_setpoint, nmDist, sBindTime, and other additional
  40 options are just passed on to unfold.unfold().
  41
  42 Modules :
  43 see unfold.png
  44
  45
  46 Remember,
  47 >>> help(whatever)
  48 is your friend in Python, and
  49 $ man whatever
  50 and
  51 $ whatever --help
  52 are your friends in a shell.