Add a PyMOL builder to SCons and generalize PYMOL_PATH setup.
[thesis.git] / tex / src / packages.tex
1 % Remove the \leftmark (chapter title), since some chapter/section
2 % titles would overlap.
3 \fancyfoot[RE,LO]{}
4
5 %\usepackage[utf8]{inputenc} % Allow UTF-8 characters in input files
6
7 \usepackage[super,sort&compress,comma]{natbib} % fancy citation extensions
8 % super selects citations in superscript mode
9 % sort&compress automatically sorts and compresses compound citations (\citep{a,b,...})
10 % comma seperates multiple citations with commas rather than the default semicolons.
11
12 \bibliographystyle{unsrtnat} % Number citations in the order referenced.
13
14 % Nicer references with \cref, \Cref, etc.
15 \usepackage[capitalize]{cleveref}
16
17 \usepackage{makeidx} % Indexing
18 \makeindex
19 \usepackage[intoc]{nomencl} % Abbreviation indexing
20 \makenomenclature
21 \makeatletter
22 % override nomencl's thenomenclature to use drexel-thesis's listed@schapter
23 \def\thenomenclature{%
24   \listed@schapter{\nomname}
25   \nompreamble
26   \list{}{%
27     \labelwidth\nom@tempdim
28     \leftmargin\labelwidth
29     \advance\leftmargin\labelsep
30     \itemsep\nomitemsep
31     \let\makelabel\nomlabel}}
32 \makeatother
33 \iffinal{}{
34   %\usepackage{showidx} % Print index keys in margins
35   % for some reason, showidx disables Index generation...
36   %\usepackage{showkeys} % Print labels in margins
37 }
38
39 % environments for multiline displayed equations, and other enhancements
40 \usepackage{amsmath}
41 % proof environment and extensions for the \newtheorem command
42 \usepackage{amsthm}
43 %% The amssymb package provides various useful mathematical symbols
44 \usepackage{amssymb}
45 % fonts like mathbb (blackboard bold) and mathcal (caligraphic)
46 \usepackage{amsfonts}
47 % double struct math fonts
48 \usepackage{dsfont}
49
50 \usepackage{xcolor}
51
52 % The lineno packages adds line numbers. Start line numbering with
53 % \begin{linenumbers}, end it with \end{linenumbers}. Or switch it on
54 % for the whole article with \linenumbers after \end{preamble}.
55 % Note that line numbering messes with TOC/LOT/LOF \numberline,
56 % so ensure line numbering is off for the tables.
57 \usepackage{lineno}
58
59 \usepackage{pgf}          % fancy graphics
60 \usepackage{tikz}         % a nice, inline PGF frontend
61 \usetikzlibrary{automata} % graph-theory library
62 \usetikzlibrary{calc}     % coordinate-calculation library
63
64 \usepackage[inline]{asymptote}    % more fancy graphics ;).
65
66 \usepackage{epsdice}      % dice-face font
67
68 \usepackage{wtk_cmmds}    % common personal macros, in ~/texmf/tex/latex/
69 \input{local_cmmds}