tex/src/apparatus/main.tex

   1 \chapter{Mechanical Protein Unfolding via AFM}
   2 \label{sec:methods}
   3
   4 In this chapter we will review the basic methods and procedures for
   5 mechanically unfolding proteins with an atomic force microscope.  We
   6 review the working principle behind an AFM (\cref{sec:afm}) and
   7 outline the procedure for synthesizing protein chains
   8 (\cref{sec:polymer-synthesis}).  With the groundwork out of the way,
   9 we will look at sample preparation (\cref{sec:sample-preparation}) and
  10 the velocity clamp force spectroscopy procedure
  11 (\cref{sec:procedure}).  Finally, we will give an executive summary of
  12 cantilever calibration (\cref{sec:cantilever-calib}) which is
  13 discussed in more detail in \cref{sec:cantilever-calib}.
  14
  15 Everything discussed in this chapter, with the possible exception of
  16 cantilever calibration, is fairly standard practice in the field of
  17 force spectroscopy.  See \cref{sec:cantilever-calib} for the
  18 development of the cantilever calibration theory from first principles
  19 and references to related papers.  More specialized techniques such as
  20 temperature control will be dealt with in their particular chapters
  21 (e.g. \cref{sec:temperature}).
  22
  23 \input{apparatus/afm}
  24 \input{apparatus/polymer-synthesis}
  25 \input{apparatus/sample-preparation}
  26 \input{apparatus/procedure}
  27 \input{apparatus/cantilever-calib}