src/hooke/plugins.tex

   1 \subsection{Plugins for analysis}
   2 \label{sec:hooke:plugins}
   3
   4 Plugins are groups of related commands for processing curves.  Curves
   5 can be stored in playlists, and there are builtin plugins for
   6 administrative tasks like managing curves (getting curve metadata,
   7 exporting blocks, \ldots) and playlists (moving to the next curve,
   8 globbing curves to the playlist, \ldots).  There are also analysis
   9 plugins with commands for doing science.  The \imint{python}|vclamp|
  10 plugin for velocity clamp analysis has commands for finding the
  11 surface contact point, scaling the cantilever deflection, removing the
  12 cantilever deflection from the total extension (\cref{fig:procedure}),
  13 and flattening polynomial drift in the non-contact region.  The
  14 \imint{python}|flatfilt| plugin has commands for identifying peaks
  15 based on spikes in the deflection derivative and for filtering curves
  16 from a playlist that only have more than a minimum threshold of such
  17 peaks\citep{sandal08}.  The \imint{python}|polymer_fit| plugin has
  18 commands for fitting polymer models to the loading peaks
  19 (\cref{sec:sawsim:tension}), which may have been identified using the
  20 \imint{python}|flatfilt| plugin or with any other peak-marking plugin.
  21 For other available plugins, see the \Hooke\ documentation.
  22 %
  23 \nomenclature{playlist}{Playlists are containers in \Hooke\ that hold
  24   lists of unfolding curves along with some additional metadata.}