src/figures/v-dep/v-dep.asy

   1 import wtk_graph;
   2
   3 size(15cm,6cm,IgnoreAspect);
   4
   5 scale(Log, Linear);
   6 real xscale=1e9;
   7 real yscale=1e12;
   8
   9 /* f(x) = A + log10(x) + B */
  10 real fn_logxliny(real x, real[] params) {
  11   return params[0] * log10(x) + params[1];
  12 }
  13
  14 string kx_title(string kval, string kexp, string xval) {
  15   return math("k_{u0}=" + units("5"+Exp("-5"),"s$^{-1}$"))
  16     +", " + math("\Delta x_u=" + units(xval,"nm"));
  17 }
  18
  19
  20 graphFile("v_dep-5e-5_0.1e-9/v_dep", xscale=xscale, yscale=yscale, p=psoft,
  21           t=kx_title(kval="5", kexp="-5", xval="0.100"), dots=true);
  22 graphFile("v_dep-1e-5_0.225e-9/v_dep", xscale=xscale, yscale=yscale, p=pmed,
  23           t=kx_title(kval="1", kexp="-5", xval="0.225"), dots=true);
  24 graphFile("v_dep-5e-5_0.225e-9/v_dep", xscale=xscale, yscale=yscale, p=phard,
  25           t=kx_title(kval="5", kexp="-5", xval="0.225"), dots=true);
  26 fitFile("v_dep-5e-5_0.1e-9/v_dep.fit.dat", f=fn_logxliny,
  27         xmin=1e-9, xmax=1e-5, xscale=xscale, yscale=yscale, p=psoft);
  28 fitFile("v_dep-1e-5_0.225e-9/v_dep.fit.dat", f=fn_logxliny,
  29         xmin=1e-9, xmax=1e-5, xscale=xscale, yscale=yscale, p=pmed);
  30 fitFile("v_dep-5e-5_0.225e-9/v_dep.fit.dat", f=fn_logxliny,
  31         xmin=1e-9, xmax=1e-5, xscale=xscale, yscale=yscale, p=phard);
  32 xequals(x=1e-6*xscale, p=dashed);
  33
  34 label(sLabel("Pulling speed dependence"), point(N), N);
  35 xaxis(sLabel("Pulling speed (nm/s)"), BottomTop, LeftTicks);
  36 yaxis(sLabel("Unfolding force (pN)"), LeftRight, RightTicks);
  37
  38 add(legend(), point(E), 20E);