src/figures/v-dep/v-dep-sd.asy

   1 import wtk_graph;
   2
   3
   4 //size(15cm, 10cm, IgnoreAspect);
   5
   6 picture pic;
   7 size(pic, 13cm, 5cm, IgnoreAspect);
   8
   9 scale(pic, Log, Linear);
  10 real xscale=1e9;
  11 real yscale=1e12;
  12
  13 /* f(x) = A + log10(x) + B */
  14 real fn_logxliny(real x, real[] params) {
  15   return params[0] * log10(x) + params[1];
  16 }
  17
  18 string kx_title(string kval, string kexp, string xval) {
  19   return math("k_{u0}=" + units("5"+Exp("-5"),"s$^{-1}$"))
  20     +", " + math("\Delta x_u=" + units(xval,"nm"));
  21 }
  22
  23 graphFile(pic, "v_dep-5e-5_0.1e-9/v_dep", ycol=2,
  24           xscale=xscale, yscale=yscale, p=psoft,
  25           t=kx_title(kval="5", kexp="-5", xval="0.100"), dots=true);
  26 graphFile(pic, "v_dep-1e-5_0.225e-9/v_dep", ycol=2,
  27           xscale=xscale, yscale=yscale, p=pmed,
  28           t=kx_title(kval="1", kexp="-5", xval="0.225"), dots=true);
  29 graphFile(pic, "v_dep-5e-5_0.225e-9/v_dep", ycol=2,
  30           xscale=xscale, yscale=yscale, p=phard,
  31           t=kx_title(kval="5", kexp="-5", xval="0.225"), dots=true);
  32 fitFile(pic, "v_dep-5e-5_0.1e-9/v_dep-sd.fit.dat", f=fn_logxliny,
  33         xmin=1e-9, xmax=1e-5, xscale=xscale, yscale=yscale, p=psoft);
  34 fitFile(pic, "v_dep-1e-5_0.225e-9/v_dep-sd.fit.dat", f=fn_logxliny,
  35         xmin=1e-9, xmax=1e-5, xscale=xscale, yscale=yscale, p=pmed);
  36 fitFile(pic, "v_dep-5e-5_0.225e-9/v_dep-sd.fit.dat", f=fn_logxliny,
  37         xmin=1e-9, xmax=1e-5, xscale=xscale, yscale=yscale, p=phard);
  38 xequals(pic, x=1e-6*xscale, p=dashed);
  39
  40 xaxis(pic, sLabel("Pulling speed (nm/s)"), BottomTop, LeftTicks);
  41 yaxis(pic, sLabel("Unfolding force (pN)"), LeftRight, RightTicks);
  42 add(pic, legend(pic), point(pic, E), 20E);
  43
  44 picture hist_picture(string datafile,
  45                      real xmin=-infinity, real xmax=infinity,
  46                      real ymin=-infinity, real ymax=infinity) {
  47   picture pic;
  48   size(pic, 4cm, 3cm, IgnoreAspect);
  49   scale(pic, Linear, Log);
  50   histFile(pic, datafile, bin_scale=yscale, low=ymin);
  51   /* ^-- yscale b/c bins are in Force */
  52   xlimits(pic, xmin, xmax);
  53   ylimits(pic, ymin, ymax);
  54   xaxis(pic, sLabel("Force (pN)"), BottomTop, LeftTicks(N=2), above=true);
  55   yaxis(pic, sLabel("Frequency"), LeftRight, RightTicks, above=true);
  56   return pic;
  57 }
  58
  59 /* ensure consistent ranges across all histograms */
  60 real xmin = 100;
  61 real xmax = 900;
  62 real ymin = 1e-4;
  63 real ymax = 1;
  64
  65 add(pic.fit(), (0,0), S);
  66 add(hist_picture("fig4i-5e-5_0.1e-9.hist", xmin, xmax, ymin, ymax).fit(),
  67     5cm*W, N);
  68 add(hist_picture("fig4i-1e-5_0.225e-9.hist", xmin, xmax, ymin, ymax).fit(),
  69     (0,0), N);
  70 add(hist_picture("fig4i-5e-5_0.225e-9.hist", xmin, xmax, ymin, ymax).fit(),
  71     5cm*E, N);
  72 label(sLabel("Pulling speed width dependence"), point(N)+(0,3cm), N);