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   1 \begin{abstract}
   2 Single molecule force spectroscopy (SMFS) experiments provide an
   3 experimental benchmark for testing simulated and theoretical
   4 predictions of protein unfolding behavior.  Despite it use since
   5 1997\citep{rief97a}, the labs currently engaged in SMFS use in-house
   6 software and procedures for critical tasks such as cantilever
   7 calibration and Monte Carlo unfolding simulation.  Besides wasting
   8 developer time producing and maintaining redundant implementations,
   9 the lack of transparency makes it more difficult to share data and
  10 techniques between labs, which slows progress.  In some cases it can
  11 also lead to ambiguity as to which of several similar approaches,
  12 correction factors, etc.\ were used in a particular paper.
  13 %
  14 \nomenclature[text ]{SMFS}{Single molecule force spectroscopy.}
  15
  16 In this thesis, I introduce an SMFS sofware suite for cantilever
  17 calibration (\calibcant), experiment control (\unfoldprotein),
  18 analysis (\Hooke), and postprocessing (\sawsim) in the context of
  19 velocity clamp unfolding of I27 octomers in buffers with varying
  20 concentrations of
  21 \CaCl\citep{calibcant,unfold-protein,sandal09,king10}.  All of the
  22 tools are licensed under open source licenses, which allows SMFS
  23 researchers to centralize future development.  Where possible, care
  24 has been taken to keep these packages operating system (OS) agnostic.
  25 The experiment logic in \pyafm\ and \calibcant\ is still nominally OS
  26 agnostic, but those packages depend on more fundamental packages that
  27 control the physical hardware in use\citep{pyafm}.  At the bottom of
  28 the physical-interface stack are the \Comedi\ drivers from the Linux
  29 kernel\citep{comedi}.  Users running other operating systems should be
  30 able to swap in analogous low level physical-interface packages if
  31 Linux is not an option.
  32 %
  33 \nomenclature[text ]{OS}{Operating system.}
  34
  35 \end{abstract}