python/mean_sightings-full.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 '''
   4 Module/script to calculate mean number of sightings of a given animal in a
   5 given sightings csv file.
   6 '''
   7
   8 import sys
   9 import matplotlib.mlab as ml
  10 import numpy as np
  11
  12
  13 def get_sightings(filename, focusanimal):
  14
  15     # Load table
  16     tab = ml.csv2rec(filename)
  17
  18     # Standardize capitalization of focusanimal
  19     focusanimal = focusanimal.capitalize()
  20
  21     # Find number of records and total count of animals seen
  22     isfocus = (tab['animal'] == focusanimal)
  23     totalrecs = np.sum(isfocus)
  24
  25     if totalrecs == 0:
  26         meancount = 0
  27     else:
  28         meancount = np.mean(tab['count'][isfocus])
  29
  30     # Return num of records and animals seen
  31     return totalrecs, meancount
  32
  33
  34 def get_sightings_loop(filename, focusanimal):
  35
  36     # Load table
  37     tab = ml.csv2rec(filename)
  38
  39     # Loop through all records, countings recs and animals
  40     totalrecs = 0
  41     totalcount = 0
  42     for rec in tab:
  43         if rec['animal'] == focusanimal:
  44             totalrecs += 1
  45             totalcount += rec['count']
  46
  47     meancount = totalcount/totalrecs
  48
  49     # Return num of records and animals seen
  50     return totalrecs, meancount
  51
  52 if __name__ == '__main__':
  53     #print sys.argv
  54     filename = sys.argv[1]
  55     focusanimal = sys.argv[2]
  56     print get_sightings(filename, focusanimal)