1-Shell/Readme.md

   1 # The Shell
   2
   3 [Back To The Menu](http://github.com/thehackerwithin/UofCSCBC2012/)
   4 - [Forward to Python Variables](http://github.com/thehackerwithin/UofCSCBC2012/tree/master/2a-PythonVariables/)
   5
   6 * * * * *
   7
   8 **Presented By : Milad Fatenejad**
   9
  10 **Most of this material came from a presentation by: ??????**
  11
  12 # What is the shell how do I access the shell?
  13
  14 The *shell* is a program that presents a command line interface
  15 which allows you to control your computer using commands entered
  16 with a keyboard instead of controlling graphical user interfaces
  17 (GUIs) with a mouse/keyboard combination.
  18
  19 A *terminal* is a program you run that gives you access to the
  20 shell. There are many different terminal programs that vary across
  21 operating systems. To open the default terminal in Ubuntu, just
  22 click... or just use CTRL+ALT+t
  23
  24 There are many reasons to learn about the shell. In my opinion, the
  25 most important reasons are that:
  26
  27 1.  It is very common to encounter the shell and
  28     command-line-interfaces in scientific computing, so you will
  29     probably have to learn it eventually
  30
  31 2.  The shell is a really powerful way of interacting with your
  32     computer. GUIs and the shell are complementary - by knowing both
  33     you will greatly expand the range of tasks you can accomplish with
  34     your computer. You will also be able to perform many tasks more
  35     efficiently.
  36
  37 The shell is just a program and there are many different shell
  38 programs that have been developed. The most common shell (and the one
  39 we will use) is called the Bourne-Again SHell (bash). Even if bash is
  40 not the default shell, it usually installed on most systems and can be
  41 started by typing "bash" in the terminal. Many commands, especially a
  42 lot of the basic ones, work across the various shells but many things
  43 are different. I recommend sticking with bash and learning it well.
  44
  45 # The Example: Manipulating Experimental Data Files
  46
  47 We will spend most of our time learning about the basics of the shell
  48 by manipulating some experimental data from a hearing tests.
  49
  50 **Cochlear Implants**
  51
  52 A cochlear implant is a small electronic device that is surgically
  53 implanted in the inner ear to give deaf people a sense of
  54 hearing. More than a quarter of a million people have them, but there
  55 is still no widely-accepted benchmark to measure their effectiveness.
  56 In order to establish a baseline for such a benchmark, our supervisor
  57 got teenagers with CIs to listen to audio files on their computer and
  58 report:
  59
  60 1.  the quietest sound they could hear
  61 2.  the lowest and highest tones they could hear
  62 3.  the narrowest range of frequencies they could discriminate
  63
  64 To participate, subjects attended our laboratory and one of our lab
  65 techs played an audio sample, and recorded their data - when they
  66 first heard the sound, or first heard a difference in the sound.  Each
  67 set of test results were written out to a text file, one set per file.
  68 Each participant has a unique subject ID, and a made-up subject name.
  69 Each experiment has a unique experiment ID. The experiment has
  70 collected 351 files so far.
  71
  72 The data is a bit of a mess! There are inconsistent file names, there
  73 are extraneous "NOTES" files that we'd like to get rid of, and the
  74 data is spread across many directories. We are going to use shell
  75 commands to get this data into shape. By the end we would like to:
  76
  77 1.  Put all of the data into one directory called "alldata"
  78
  79 2.  Have all of the data files in there, and ensure that every file
  80     has a ".txt" extension
  81
  82 3.  Get rid of the extraneous "NOTES" files
  83
  84 If we can get through this example in the available time, we will move
  85 onto more advanced shell topics...
  86
  87 # Let's get started
  88
  89 One very basic command is `echo`. This command is just prints text to
  90 the terminal. Try entering the command:
  91
  92     echo Hello, World
  93
  94 Then press enter. You should see the text "Hello, World" printed back
  95 to you. The echo command is useful for
  96
  97 ## Moving around the file system
  98
  99 Let's learn how to move around the file system using command line
 100 programs. This is really easy to do using a GUI (just click on
 101 things). Once you learn the basic commands, you'll see that it is
 102 really easy to do in the shell too.
 103
 104 First we have to know where we are. The program `pwd` (print working
 105 directory) tells you where you are sitting in the directory tree. The
 106 command `ls` will list the files in files in the current
 107 directory. Directories are often called "folders" because of how they
 108 are represented in GUIs. Directories are just listings of files. They
 109 can contain other files or directories.
 110
 111 [[[START AT HOME - Slide 28]]]
 112
 113 **File Types**
 114
 115 [[[FILE TYPES - Slide 29]]]
 116
 117 Directories can contain other files or directories. In Ubuntu, and
 118 many operating systems,
 119
 120 **Changing Directories**
 121
 122 [[[CHANGING DIRECTORIES - Slide 30]]]
 123
 124 ## Arguments
 125
 126 Most programs take additional arguments that control their exact
 127 behavior. For example, `-F` is an argument to `ls`.  The `ls` program,
 128 like many programs, take a lot of arguments. But how do we know what
 129 the options are to particular commands?
 130
 131 Most commonly used shell programs have a manual. You can access the
 132 manual using the `man` program. Try entering:
 133
 134     man ls
 135
 136 This will open the manual page for `ls`. Use the arrow keys to go up
 137 and down. When you are done reading, just hit `q` to exit.
 138
 139 Programs that are run from the shell can get extremely complicated. To
 140 see an example, open up the manual page for the `gcc` program, which
 141 is an open source C compiler and see just how complicated programs can
 142 get! No one can possibly learn all of these arguments, of course. So
 143 you will probably find yourself referring back to the manual page
 144 frequently.
 145
 146
 147 ## Examining Files ##
 148
 149 The easiest way to examine a file ...
 150
 151 * * * *
 152 **Short Exercise**
 153
 154 Use the commands we've learned so far to figure out what the `-Wall`
 155 argument for `gcc` does.
 156 * * * *
 157
 158 # Extra Commands
 159
 160 ## The backtick, xargs
 161
 162 ## Some more common commands
 163
 164 **which**
 165
 166 **alias**
 167
 168 ## .bashrc
 169
 170 ## ssh and scp
 171
 172 ## Regular Expressions
 173
 174 # Milad's Notes:
 175
 176 Don't we have to clone the repo?
 177
 178 Introduce less early - go over searching.
 179
 180 # Background, Foreground, control-Z, control-C
 181
 182 # Not everything is a file or a directory...
 183 - Symbolic links
 184 - /dev