media/src/pymol/1TIT-atoms.pml

   1 # Make movie frames for a rotating I27
   2
   3 load 1TIT.pdb
   4
   5 # opaque white background with lots of fog
   6 set ray_opaque_background, on
   7 set transparency, 0
   8 bg_color white
   9 set depth_cue, 1
  10 set ray_trace_fog, 1
  11 set fog_start, 0
  12 set fog, -1000
  13
  14 # max performance (slower)
  15 util.performance(0)
  16 # printable CMYK colors
  17 cmd.space('cmyk')
  18
  19 # ball and stick display style
  20 set_bond stick_color, white, (all), (all)
  21 set_bond stick_radius, 0.14, (all), (all)
  22 set sphere_scale, 0.25, (all)
  23
  24 # Protein backbone
  25 select backbone, name C+O+N+CA
  26 # C-terminus
  27 select c_term, resi 89
  28
  29 # don't show anything except the backbone
  30 hide everything, all
  31 show sticks, backbone
  32 show spheres, backbone
  33
  34 # Color the C-terminus
  35 color cyan, c_term
  36
  37 # zoom so molecule fills window
  38 set_view (\
  39      1.000000000,    0.000000000,    0.000000000,\
  40      0.000000000,    -1.000000000,   0.000000000,\
  41      0.000000000,    0.000000000,   -1.000000000,\
  42      0.000000000,    0.000000000,  -80.905616760,\
  43      0.043053962,    0.000000000,    4.578000069,\
  44     60.000000000,  100.000000000,   24.500000000 )
  45 # view matrix (from pymol.viewing.get_view)
  46 #   3x3 matrix rotating model space to camera space
  47 #   1x3 origin of rotation relative to camera in camera space
  48 #   1x3 origin of rotation relative to camera in model space
  49 #   1x1 front plane distance from the camera
  50 #   1x1 rear plane distance from the camera
  51 #   1x1 orthoscopic flag (+/-) and field of view (if abs(value) > 1)
  52 # The camera always looks down -Z with its +X left and its +Y down.
  53 # Therefore, in the default view, model +X is to the observer's
  54 # right, +Y is upward, and +Z points toward the observer.
  55 #
  56 # To zoom, tweak the field-of-view setting, decreasing to zoom in.
  57
  58 # put a light behind the camera
  59 set light, [ -0.55, -0.70, 0.15 ]
  60
  61 # avoid 'Missing rendered image'
  62 set ray_trace_frames=1
  63
  64 viewport 640,480
  65 #viewport 320,240
  66
  67 # make the movie 360 frames long
  68 mset 1 x360
  69 # full rotation over 360 frames
  70 util.mroll(1, 360, 1)
  71 mpng 1TIT-atoms-
  72 quit