licenses/arb

   1 Copyrights
   2
   3 ARB copyright and license information
   4
   5     COPYRIGHTS
   6
   7         The ARB software and documentation are not in the public
   8         domain.
   9
  10         External programs distributed together with ARB are
  11         copyrighted by and are the property of their respective
  12         authors unless otherwise stated.
  13
  14         All other copyrights are owned by Lehrstuhl fuer
  15         Mikrobiologie, TU Muenchen.
  16
  17     USAGE LICENSE
  18
  19         You have the right to use this version of ARB for free.
  20         Please read as well the attached copyright notices below
  21         whether you may or may not install this package.
  22
  23         Since many of the included programs is free software and
  24         nobody is allowed to sell that software you may safely assume
  25         ARB will never become a commercial product.
  26
  27     REDISTRIBUTION LICENSE
  28
  29         This release of the ARB program and documentation may not be
  30         sold or incorporated into a commercial product, in whole or in
  31         part, without the expressed written consent of the Technical
  32         University of Munich and of its supervisors Ralf Westram or
  33         Wolfgang Ludwig.
  34
  35         All interested parties may redistribute and modify ARB as long
  36         as all copies are accompanied by this license information and
  37         all copyright notices remain intact.  Parties redistributing
  38         ARB must do so on a non-profit basis, charging only for cost
  39         of media or distribution.
  40
  41         If you modify parts of ARB and redistribute these changes the
  42         'Lehrstuhl fuer Mikrobiologie' of the TU Muenchen gains the
  43         right to incorporate these changes into ARB and to redistribute
  44         them with future versions of ARB.
  45
  46     DEBIAN DISTRIBUTION
  47
  48         Hereby anybody is granted the right to build debian-pakets
  49         of the ARB software package (http:://www.arb-home.de/) and
  50         publish them on debian mirrors (or any other way of
  51         debian-distribution).
  52
  53         This includes any debian derivates like ubuntu.
  54
  55         The ARB developers may (but most likely wont ever) revoke
  56         this granting. If really done so, it'll only affect ARB
  57         versions released after such a revocation.
  58
  59     DISCLAIMER
  60
  61         THE TU MUENCHEN AND THE VARIOUS AUTHORS OF ARB GIVE NO
  62         WARRANTIES, EXPRESSED OR IMPLIED FOR THE SOFTWARE AND
  63         DOCUMENTATION PROVIDED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO WARRANTY
  64         OF MERCHANTABILITY AND WARRANTY OF FITNESS FOR A PARTICULAR
  65         PURPOSE.  User understands the software is a research tool for
  66         which no warranties as to capabilities or accuracy are made,
  67         and user accepts the software "as is." User assumes the entire
  68         risk as to the results and performance of the software and
  69         documentation. The above parties cannot be held liable for any
  70         direct, indirect, consequential or incidental damages with
  71         respect to any claim by user or any third party on account of,
  72         or arising from the use of software and associated
  73         materials. This disclaimer covers both the ARB core
  74         applications and all external programs used by ARB.
  75
  76
  77 Copyright notices for programs distributes together with ARB
  78
  79     GDE
  80
  81         The Genetic Data Environment (GDE) software and documentation
  82         are not in the public domain. Portions of this code are owned
  83         and copyrighted by the The Board of Trustees of the University
  84         of Illinois and by Steven Smith. External functions used by
  85         GDE are the property of their authors. This release of the GDE
  86         program and documentation may not be sold, or incorporated
  87         into a commercial product, in whole or in part without the
  88         expressed written consent of the University of Illinois and of
  89         its author, Steven Smith.
  90
  91         All interested parties may redistribute the GDE as long as all
  92         copies are accompanied by this documentation, and all
  93         copyright notices remain intact.  Parties interested in
  94         redistribution must do so on a non-profit basis, charging only
  95         for cost of media.  Modifications to the GDE core editor
  96         should be forwarded to the author Steven Smith.  External
  97         programs used by the GDE are copyrighted by, and are the
  98         property of their respective authors unless otherwise stated.
  99
 100
 101
 102     PHYLIP
 103
 104         (c) Copyright 1986-1993 by Joseph Felsenstein and the
 105         University of Washington. Permission is granted to copy this
 106         document provided that no fee is charged for it and that this
 107         copyright notice is not removed.
 108
 109     LSADT
 110
 111         LEAST SQUARES ALGORITHM FOR FITTING ADDITIVE TREES TO
 112         PROXIMITY DATA
 113
 114         GEERT DE SOETE  --  VERSION 1.01 - FEB. 1983
 115                             VERSION 1.02 - JUNE 1983
 116                             VERSION 1.03 - JULY 1983
 117
 118       - 'C' version by Michael Macuikenas, University of Illinois
 119
 120         REFERENCE: DE SOETE, G. A LEAST SQUARES ALGORITHM FOR FITTING
 121            ADDITIVE TREES TO PROXIMITY DATA. PSYCHOMETRIKA, 1983, 48,
 122            621-626.
 123            DE SOETE, G. ADDITIVE TREE REPRESENTATIONS OF INCOMPLETE
 124            DISSIMILARITY DATA. QUALITY AND QUANTITY, 1984, 18,
 125            387-393.
 126
 127       - REMARKS
 128
 129             ------
 130
 131         1) THE PROGRAM USES SUBROUTINES FROM THE PORT LIBRARY FOR
 132            ERROR HANDLING, DYNAMIC STORAGE ALLOCATION AND SPECIFICA-
 133            TION OF MACHINE-DEPENDENT CONSTANTS.
 134            CF. FOX, P.A., HALL, A.D., & SCHRYER, N.L.
 135
 136             THE PORT MATHEMATICAL SUBROUTINE LIBRAY. ACM TRANS. ON MATH.
 137             SOFTW., 1978, 4, 104-126.
 138
 139                  ALGORITHM 528. FRAMEWORK FOR A PORTABLE LIBRARY.
 140                  ACM TRANS. ON MATH. SOFTW., 1978, 4, 177-188.
 141         2) UNIFORMLY DISTRIBUTED RANDOM NUMBERS ARE GENERATED BY A
 142            PROCEDURE DUE TO SCHRAGE. CF.
 143            SCHRAGE, L.  A MORE PORTABLE FORTRAN RANDOM NUMBER GENERATOR.
 144            ACM TRANS. ON MATH. SOFTW., 1979, 5, 132-138.
 145         3) SUBROUTINES VA14AD AND VA14AC ARE ADAPTED FROM THE
 146            HARWELL SUBROUTINE LIBRARY (1979 EDITION).
 147         4) ALTHOUGH THIS PROGRAM HAS BEEN CAREFULLY TESTED, THE
 148            AUTHOR DISCLAIMS ANY RESPONSABILITY FOR POSSIBLE
 149            ERRORS.
 150
 151     BLAST
 152
 153         /* ===========================================================================
 154         *
 155         *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 156         *               National Center for Biotechnology Information
 157         *
 158         *  This software/database is a "United States Government Work" under the
 159         *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
 160         *  the author's official duties as a United States Government employee and
 161         *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
 162         *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
 163         *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
 164         *
 165         *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
 166         *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
 167         *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
 168         *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
 169         *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
 170         *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
 171         *  purpose.
 172         *
 173         *  Please cite the author in any work or product based on this material.
 174         *
 175         * ===========================================================================*/
 176         Warren Gish
 177         NCBI/NLM
 178
 179     CONVERT_ALN
 180
 181         convert_aln --  an alignment(or sequence) converter written by Wen-Min Kuan
 182                         for the Ribosomal Database Project(RDP), April 28, 1992.
 183
 184
 185     fastdnaml
 186
 187         fastDNAml, a program for estimation of phylogenetic trees from
 188         sequences. Copyright (C) 1998, 1999, 2000 by Gary J. Olsen
 189
 190         This program is free software; you may redistribute it and/or
 191         modify it under the terms of the GNU General Public License as
 192         published by the Free Software Foundation; either version 2 of
 193         the License, or (at your option) any later version.
 194
 195         This program is distributed in the hope that it will be
 196         useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied
 197         warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
 198         PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
 199
 200         You should have received a copy of the GNU General Public License along
 201         with this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
 202         59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.
 203
 204         For any other enquiries write to Gary J. Olsen, Department of
 205         Microbiology, University of Illinois, Urbana, IL 61801, USA
 206
 207         Or send E-mail to gary@phylo.life.uiuc.edu
 208
 209         fastDNAml is based in part on the program dnaml by Joseph Felsenstein.
 210
 211         Copyright notice from dnaml:
 212
 213             version 3.3. (c) Copyright 1986, 1990 by the University of
 214             Washington and Joseph Felsenstein.  Written by Joseph
 215             Felsenstein.  Permission is granted to copy and use this
 216             program provided no fee is charged for it and provided
 217             that this copyright notice is not removed.
 218
 219         When publishing work that based on results from fastDNAml please cite:
 220
 221             Felsenstein, J.  1981.  Evolutionary trees from DNA
 222             sequences: A maximum likelihood approach.
 223             J. Mol. Evol. 17: 368-376.
 224
 225             and
 226
 227             Olsen, G. J., Matsuda, H., Hagstrom, R., and Overbeek, R.
 228             1994.  fastDNAml: A tool for construction of phylogenetic
 229             trees of DNA sequences using maximum likelihood.
 230             Comput. Appl. Biosci. 10: 41-48.
 231
 232
 233     treepuzzle
 234
 235         treepuzzle is published under the GPL (GNU GENERAL PUBLIC LICENSE)
 236         which is provided in 'lib/GPL.txt'.
 237
 238     molphy
 239
 240         MOLPHY: A Computer Program Package for Molecular Phylogenetics
 241
 242         Readme
 243                This is the MOLPHY (ProtML) distribution,  version 2.3.
 244                 Copyright (c) 1992-1996, Jun Adachi & Masami Hasegawa.
 245                                  All rights reserved.
 246
 247                 MOLPHY is a program package for MOLecular PHYlogenetics.
 248
 249         ProtML is a main program in MOLPHY for inferring evolutionary trees from
 250         PROTein (amino acid) sequences by using the Maximum Likelihood method.
 251
 252         Programs (C language)
 253           ProtML: Maximum Likelihood Inference of Protein Phylogeny
 254           NucML:  Maximum Likelihood Inference of Nucleic Acid Phylogeny
 255           ProtST: Basic Statistics of Protein Sequences
 256           NucST:  Basic Statistics of Nucleic Acid Sequences
 257           NJdist: Neighbor Joining Phylogeny from Distance Matrix
 258         Utilities (Perl)
 259           mollist:  get identifiers list        molrev:   reverse DNA sequences
 260           molcat:   concatenate sequences       molcut:   get partial sequences
 261           molmerge: merge sequences             nuc2ptn:  DNA -> Amino acid
 262           rminsdel: remove INS/DEL sites        molcodon: get specified codon sites
 263           molinfo:  get varied sites            mol2mol:  MOLPHY format beautifer
 264           inl2mol:  Interleaved -> MOLPHY       mol2inl:  MOLPHY -> Interleaved
 265           mol2phy:  MOLPHY -> Sequential        phy2mol:  Sequential -> MOLPHY
 266           must2mol: MUST -> MOLPHY              etc.
 267
 268         MOLPHY is a free software, and you can use and redistribute it.
 269         The programs are written in a standard subset of C with UNIX-like OS.
 270         The utilities are written in the "Perl" (Ver.4.036) with UNIX-like OS.
 271         MOLPHY has been tested on SUN4's (cc & gcc with SUN-OS 4.1.3) and
 272         HP9000/700 (cc, c89 & gcc with HP-UX 9.05).
 273         However, MOLPHY has NOT been tested on VAX, IBM-PC, and Macintosh.
 274
 275         NETWORK DISTRIBUTION ONLY: The latest version of MOLPHY is always available
 276         by anonymous ftp in ftp.ism.ac.jp: /pub/ISMLIB/MOLPHY/.
 277
 278     readseq
 279
 280
 281          ReadSeq  -- 1 Feb 93
 282
 283          Reads and writes nucleic/protein sequences in various
 284          formats. Data files may have multiple sequences.
 285
 286          Copyright 1990 by d.g.gilbert
 287          biology dept., indiana university, bloomington, in 47405
 288          e-mail: gilbertd@bio.indiana.edu
 289
 290          This program may be freely copied and used by anyone.
 291          Developers are encourged to incorporate parts in their
 292          programs, rather than devise their own private sequence
 293          format.
 294
 295          This should compile and run with any ANSI C compiler.
 296          Please advise me of any bugs, additions or corrections.