calibcant/config.py

   1 # calibcant - tools for thermally calibrating AFM cantilevers
   2 #
   3 # Copyright (C) 2008-2013 W. Trevor King <wking@tremily.us>
   4 #
   5 # This file is part of calibcant.
   6 #
   7 # calibcant is free software: you can redistribute it and/or modify it under
   8 # the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software
   9 # Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later
  10 # version.
  11 #
  12 # calibcant is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
  13 # WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
  14 # A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with
  17 # calibcant.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18
  19 """h5config support, so we can easily save what we did and load it later.
  20 """
  21
  22 import sys as _sys
  23
  24 from FFT_tools import window_hann as _window_hann
  25 import h5config.config as _config
  26 import h5config.tools as _h5config_tools
  27 from pyafm.config import AFMConfig as _AFMConfig
  28
  29
  30 class PackageConfig (_h5config_tools.PackageConfig):
  31     "Configure `calibcant` module operation"
  32     settings = _h5config_tools.PackageConfig.settings + [
  33         _config.BooleanSetting(
  34             name='matplotlib',
  35             help='Plot piezo motion using `matplotlib`.',
  36             default=False),
  37         ]
  38
  39
  40 class _BumpModel (object):
  41     pass
  42 class Linear (_BumpModel):
  43     pass
  44 class Quadratic (_BumpModel):
  45     pass
  46
  47 class BumpConfig (_config.Config):
  48     "Configure `calibcant` bump operation"
  49     settings = [
  50         _config.FloatSetting(
  51             name='initial-position',
  52             help=('Position relative to surface for start of bump in meters.  '
  53                   'Should be less than zero to ensure non-contact region '
  54                   'before you hit the surface.'),
  55             default=-50e-9),
  56         _config.FloatSetting(
  57             name='setpoint',
  58             help=('Maximum deflection in volts in case of stepper positioning '
  59                   'to achieve the initial position.'),
  60             default=2.0),
  61         _config.FloatSetting(
  62             name='min-slope-ratio',
  63             help=('Set the minimum ratio between the deflection/displacement '
  64                   'of the contact and the non-contact regions for bumps '
  65                   'seeking the surface.  Bumps without sufficient difference '
  66                   'assume they need to move closer to find the surface.'),
  67             default=10.0),
  68         _config.IntegerSetting(
  69             name='far-steps',
  70             help=('Number of stepper steps to move "far" away from the '
  71                   'surface.  For possible stepper adjustments while initially '
  72                   'locating the surface.'),
  73             default=200),
  74         _config.FloatSetting(
  75             name='push-depth',
  76             help='Distance to approach in meters.',
  77             default=200e-9),
  78         _config.FloatSetting(
  79             name='push-speed',
  80             help='Approach/retract speed in meters/second.',
  81             default=1e-6),
  82         _config.FloatSetting(
  83             name='samples',
  84             help='Number of samples during approach and during retreat.',
  85             default=1024),
  86         _config.ChoiceSetting(
  87             name='model',
  88             help='Bump deflection model.',
  89             default=Quadratic,
  90             choices=[
  91                 ('linear', Linear),
  92                 ('quadratic', Quadratic),
  93                 ]),
  94         ]
  95
  96
  97 class TemperatureConfig (_config.Config):
  98     "Configure `calibcant` temperature operation"
  99     settings = [
 100         _config.FloatSetting(
 101             name='sleep',
 102             help=('Time between temperature measurements (in seconds) to get '
 103                   'independent measurements when reading from slow sensors.'),
 104             default=1),
 105         ]
 106
 107
 108 class _VibrationModel (object):
 109     pass
 110 class Variance (_VibrationModel):
 111     pass
 112 class BreitWigner (_VibrationModel):
 113     pass
 114 class OffsetBreitWigner (_VibrationModel):
 115     pass
 116
 117 class VibrationConfig (_config.Config):
 118     "Configure `calibcant` vibration operation"
 119     settings = [
 120         _config.FloatSetting(
 121             name='frequency',
 122             help='Sampling frequency in Hz.',
 123             default=50e3),
 124         _config.FloatSetting(
 125             name='sample-time',
 126             help=('Aquisition time in seconds.  This is rounded up as required '
 127                   'so the number of samples will be an integer power of two.'),
 128             default=1),
 129         _config.ChoiceSetting(
 130             name='model',
 131             help='Vibration model.',
 132             default=BreitWigner,
 133             choices=[
 134                 ('variance', Variance),
 135                 ('Breit-Wigner', BreitWigner),
 136                 ('offset Breit-Wigner', OffsetBreitWigner),
 137                 ]),
 138         _config.IntegerSetting(
 139             name='chunk-size',
 140             help='FFT chunk size (for PSD fits).',
 141             default=2048),
 142         _config.BooleanSetting(
 143             name='overlap',
 144             help='Overlap FFT chunks (for PSD fits).'),
 145         _config.ChoiceSetting(
 146             name='window',
 147             help='FFT chunk window (for PSD fits).',
 148             default=_window_hann,
 149             choices=[
 150                 ('Hann', _window_hann),
 151                 ]),
 152         _config.FloatSetting(
 153             name='minimum-fit-frequency',
 154             help='Lower bound of Lorentzian fitting region.',
 155             default=500.),
 156         _config.FloatSetting(
 157             name='maximum-fit-frequency',
 158             help='Upper bound of Lorentzian fitting region.',
 159             default=25e3),
 160         _config.ChoiceSetting(
 161             name='smooth-window',
 162             help='Smoothing window type (for guessing PSD parameters).',
 163             default=_window_hann,
 164             choices=[
 165                 ('Hann', _window_hann),
 166                 ]),
 167         _config.FloatSetting(
 168             name='smooth-length',
 169             help='Size of the smoothing window (in points).',
 170             default=10),
 171         ]
 172
 173
 174 class CalibrateConfig (_config.Config):
 175     "Configure a full `calibcant` calibration run"
 176     settings = [
 177         _config.ConfigSetting(
 178             name='afm',
 179             help='Configure the AFM used to carry out the calibration',
 180             config_class=_AFMConfig),
 181         _config.ConfigSetting(
 182             name='bump',
 183             help='Configure the surface bumps',
 184             config_class=BumpConfig),
 185         _config.IntegerSetting(
 186             name='num-bumps',
 187             help='Number of surface bumps.',
 188             default=10),
 189         _config.ConfigSetting(
 190             name='temperature',
 191             help='Configure the temperature measurements',
 192             config_class=TemperatureConfig),
 193         _config.IntegerSetting(
 194             name='num-temperatures',
 195             help='Number of temperature measurements.',
 196             default=10),
 197         _config.ConfigSetting(
 198             name='vibration',
 199             help='Configure the temperature measurements',
 200             config_class=VibrationConfig),
 201         _config.IntegerSetting(
 202             name='num-vibrations',
 203             help='Number of thermal vibration measurements.',
 204             default=20),
 205         _config.FloatSetting(
 206             name='vibration-spacing',
 207             help=('Approximate distance from the surface in meters for the '
 208                   'vibration measurements.  This should be large enough that '
 209                   'surface effects are negligable.'),
 210             default=50e-6),
 211         ]