bin/calibcant-plot.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2 # calibcant - tools for thermally calibrating AFM cantilevers
   3 #
   4 # Copyright (C) 2011-2013 W. Trevor King <wking@tremily.us>
   5 #
   6 # This file is part of calibcant.
   7 #
   8 # calibcant is free software: you can redistribute it and/or modify it under
   9 # the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software
  10 # Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later
  11 # version.
  12 #
  13 # calibcant is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
  14 # WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
  15 # A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16 #
  17 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with
  18 # calibcant.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19
  20 """Load a calibration file and plot everything interesting.
  21 """
  22
  23 from optparse import OptionParser
  24
  25 import h5py as _h5py
  26 from matplotlib.pyplot import close, get_fignums, figure, show
  27
  28 from calibcant.calibrate import load_all
  29 from calibcant.analyze import analyze_all
  30
  31
  32 def main(args):
  33     usage = '%prog [options] filename'
  34     p = OptionParser(usage)
  35
  36     p.add_option('-g', '--group', dest='group', default='/',
  37                  help='HDF5 group containing calibration data (%default).')
  38     p.add_option('-b', '--no-bumps', dest='bumps', default=True,
  39                  action='store_false',
  40                  help="Don't display bump details.")
  41     p.add_option('-v', '--no-vibrations', dest='vibrations', default=True,
  42                  action='store_false',
  43                  help="Don't display vibration details.")
  44     p.add_option('-s', '--save-figures', dest='save', action='store_true',
  45                  help="Save plots (instead of displaying them.")
  46
  47     options,args = p.parse_args(args)
  48     filename = args[0]
  49
  50     with _h5py.File(filename) as f:
  51         if options.group in f:
  52             g = f[options.group]
  53             if 'approach' in g:
  54                 position = g['approach/position'][...]
  55                 deflection = g['approach/deflection'][...]
  56                 fig = figure()
  57                 axes = fig.add_subplot(1, 1, 1)
  58                 axes.plot(position, deflection)
  59                 axes.set_title('Stepper approach')
  60                 axes.set_xlabel('position (steps)')
  61                 axes.set_ylabel('deflection (bits)')
  62     calibrator,data,raw_data = load_all(filename=filename, group=options.group)
  63     if not options.bumps:
  64         raw_data['bump'] = []
  65     if not options.vibrations:
  66         raw_data['vibration'] = []
  67     analyze_all(config=calibrator.config, data=data, raw_data=raw_data,
  68                 plot=True, dry_run=True)
  69     if options.save:
  70         for i in get_fignums():
  71             fig = figure(i)
  72             fig.savefig('%i.png' % i, dpi=300)
  73             close(i)
  74     else:
  75         show()
  76
  77
  78 if __name__ == '__main__':
  79     import sys
  80
  81     sys.exit(main(sys.argv[1:]))