bin/calibcant-analyze.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2 # calibcant - tools for thermally calibrating AFM cantilevers
   3 #
   4 # Copyright (C) 2011-2013 W. Trevor King <wking@tremily.us>
   5 #
   6 # This file is part of calibcant.
   7 #
   8 # calibcant is free software: you can redistribute it and/or modify it under
   9 # the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software
  10 # Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later
  11 # version.
  12 #
  13 # calibcant is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
  14 # WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR
  15 # A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16 #
  17 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with
  18 # calibcant.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19
  20 """Load a calibration file and (re)analyze from the raw data.
  21 """
  22
  23 from optparse import OptionParser
  24
  25 from calibcant.calibrate import load_all
  26 from calibcant.analyze import analyze_all
  27
  28
  29 def main(args):
  30     usage = '%prog [options] filename'
  31     p = OptionParser(usage)
  32
  33     p.add_option('-g', '--group', dest='group', default='/',
  34                  help='HDF5 group containing calibration data (%default).')
  35     p.add_option('-d', '--dry-run', dest='dry_run', action='store_true',
  36                  help="Don't change the original file.")
  37
  38     options,args = p.parse_args(args)
  39     filename = args[0]
  40
  41     calibrator,data,raw_data = load_all(filename=filename, group=options.group)
  42     k,k_s = analyze_all(
  43         config=calibrator.config, data=data, raw_data=raw_data,
  44         filename=filename, group=options.group, plot=False,
  45         dry_run=options.dry_run)
  46     print "New spring constant:"
  47     print "%g +/- %g N/m" % (k, k_s)
  48
  49
  50 if __name__ == '__main__':
  51     import sys
  52
  53     sys.exit(main(sys.argv[1:]))