posts/entrez.mdwn

   1 Since 2008 I've been using a script ([[entrez.py]]) to search
   2 [PubMed][] from the command line.  Yesterday I decided it was time to
   3 clean up the script and make it publicly available.  It turned out to
   4 be reasonably complicated, so I just reimplemented the guts using the
   5 Python [SOAP][] library [Suds][] working with the [Entrez SOAP
   6 interface][eSOAP].  I haven't been able to find the original that I
   7 started with, but it seems to be related to `Pyblio/Query.py` in early
   8 versions of [pybliographer][].
   9
  10     $ ./entrez.py -L
  11     # available databases:
  12     pubmed
  13     protein
  14     nuccore
  15     ...
  16     $ ./entrez.py -X
  17     database: pubmed
  18     description: PubMed bibliographic record
  19     available fields:
  20      ALL    All Fields   All terms from all searchable fields
  21      UID    UID          Unique number assigned to publication
  22     FILT    Filter       Limits the records
  23     TITL    Title        Words in title of publication
  24     ...
  25     $ ./entrez.py -X -F AUTH
  26     field AUTH in pubmed:
  27     Description     Author(s) of publication
  28        FullName     Author
  29       Hierarchy     N
  30          IsDate     N
  31        IsHidden     N
  32     IsNumerical     N
  33            Name     AUTH
  34     SingleToken     Y
  35       TermCount     11526565
  36     $ ./entrez.py -v 'king[au]+yang[au]+2010[dp]+monte[tit]'
  37     entrezpy: INFO   run eEsearch on pubmed
  38     entrezpy: INFO   search returned 1 of 1 items
  39     entrezpy: INFO   run eFetch on pubmed
  40     entrezpy: INFO   convert medline XML to BibTeX
  41     @Article{King2010,
  42       author =       "William T. King and Meihong Su and Guoliang Yang",
  43       title =        "Monte Carlo simulation of mechanical unfolding of
  44                      proteins based on a simple two-state model.",
  45       journal =      "International journal of biological macromolecules",
  46       ...
  47       doi =          "10.1016/j.ijbiomac.2009.12.001",
  48       URL =          "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20004685",
  49       language =     "eng",
  50     }
  51
  52 The [[BibTeX]] conversion uses [bibutils][] and [bibclean][] for the
  53 medline-to-BibTeX conversion.
  54
  55 [PubMed]: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
  56 [SOAP]: http://en.wikipedia.org/wiki/SOAP
  57 [Suds]: https://fedorahosted.org/suds/
  58 [eSOAP]: http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/soap/v2.0/DOC/esoap_help.html
  59 [pybliographer]: http://pybliographer.org/
  60 [bibutils]: http://www.scripps.edu/~cdputnam/software/bibutils
  61 [bibclean]: http://ftp.math.utah.edu/pub/bibclean/
  62
  63 [[!tag tags/programming]]
  64 [[!tag tags/python]]