posts/SciPy_and_ATLAS.mdwn

   1 I was suprised the the other day by a [SciPy][]-linking issue:
   2
   3     $ python -c 'import scipy.linalg'
   4     Traceback (most recent call last):
   5       File "<string>", line 1, in <module>
   6       File "/usr/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/__init__.py", line 9, in <module>
   7         from basic import *
   8       File "/usr/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/basic.py", line 14, in <module>
   9         from lapack import get_lapack_funcs
  10       File "/usr/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/lapack.py", line 15, in <module>
  11         from scipy.linalg import clapack
  12     ImportError: /usr/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/clapack.so: undefined symbol: clapack_sgesv
  13
  14 Searching around, it turns out there have been [problems like
  15 this][129524] for a while, and it's flared up [again][vinyals]
  16 recently.  There's a [new Gentoo bug][371099] tracking the most recent
  17 issues.  In general, [NumPy][]/[SciPy][] seems to be picky about the
  18 particular [BLAS][] implementation you're using, and you'll get
  19 problems like the above if you're using the reference implementations
  20 of BLAS and [LAPACK][].
  21
  22     $ for x in blas cblas lapack; do eselect $x list; done
  23     Installed BLAS for library directory lib
  24       [1]   reference *
  25     Installed CBLAS for library directory lib
  26       [1]   gsl
  27       [2]   reference *
  28     Installed LAPACK for library directory lib
  29       [1]   reference *
  30
  31 You can fix the problem by installing and selecting the [ATLAS][]
  32 libraries
  33
  34     $ sudo emerge -av blas-atlas lapack-atlas
  35     $ for x in blas cblas lapack; do sudo eselect $x set atlas; done
  36
  37 after which you should re-install any packages that may need to be relinked.
  38
  39     $ sudo emerge -av numpy scipy
  40
  41 Now you can import the linear algebra module without crashing:
  42
  43     $ python -c 'import scipy.linalg'
  44
  45
  46 [SciPy]: http://www.scipy.org/
  47 [129524]: https://bugs.gentoo.org/show_bug.cgi?id=129524
  48 [vinyals]: http://archives.gentoo.org/gentoo-science/msg_83c0a72f758099201944bdccd401603a.xml
  49 [371099]: https://bugs.gentoo.org/show_bug.cgi?id=371099
  50 [NumPy]: http://numpy.scipy.org/
  51 [BLAS]: http://www.netlib.org/blas/
  52 [LAPACK]: http://www.netlib.org/lapack/
  53 [ATLAS]: http://math-atlas.sourceforge.net/
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  55
  56 [[!tag tags/linux]]