posts/Research.mdwn

   1 My current work for [Prof. Yang][GY] involves unfolding proteins using
   2 an Atomic Force Microscope (AFM) at different temperatures to estimate
   3 the roughness of their free energy landscape. For a brief overview of
   4 force spectroscopy, see my [[two second
   5 summary|Force_spectroscopy]]. For more detail, you can look at some of
   6 my [[papers|tags/papers]].
   7
   8 I've written some [[experimental control software|unfold_protein]], a
   9 Monte Carlo simulation program ([[sawsim]]) for analyzing the
  10 unfolding sawtooth curves, as well as software for calibrating AFM
  11 cantilevers via the thermal tune method ([[calibcant]]), scaling the
  12 unfolding data, selecting good curves, and fitting those curves with
  13 wormlike chains ([[Hooke]]).
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  15 Along the way I've had to learn way too much about the internal
  16 workings of our [[MultiMode]] AFM.
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  18 I've also posted my notes for our [[Debian cluster|Abax]].
  19
  20 [GY]: http://www.physics.drexel.edu/~gyang/