surface: Ensure min_position < max_position in _get_min_max_positions

Otherwise log the configuration and raise a ValueError.

It's unlikely that a user misconfigures their ranges, but it is
possible.  It is also possible that a bug in pycomedi---like the one
fixed by 27562b0 (channel: Fix to-physical setup in
AnalogChannel._get_converter, 2013-01-17)---leads to a broken
inverse-conversion-coefficients configuration.  That bug is now fixed,
but if it happened once, it might happen again ;).

Don't plot missing surface detection regions in analyze_surface_position_data.

This allows us to use the surface-matplotlib option to debug the
surface-position algorithm even when it's used on phony data that only
contains 'approach'.

Remove unused plot_dict from analyze_surface_position_data.

Add surface-matplotlib config option to pypiezo.

Sometimes you want to troubleshoot surface detection without popping
up a plot of every single piezo sweep.

Only call figure.show if it exits.

For example, figures generated with the Agg backend don't have a
'show' method.

Bump to version 0.7.

Add explanatory message to analyze_surface_position_data's final==start error.

Standardize matplotlib rendering on figure.canvas.draw() and figure.show().

In interactive mode, skip the no-op pyplot.show().  In non-interactive
mode, the show() calls will block until the window is closed.

Remove unnecessary line wrap in analyze_surface_position_data logging.

Remove matplotlib.pyplot.show call from analyze_surface_position_data.

This call was redundant and not protected by a config['matplotlib']
check.

Ran update-copyright.py.

.update-copyright.conf should not be executable.

AUTHORS should not be version controlled (generated by update-copyright.py).

Change my email address from drexel.edu to tremily.us.

Don't cast extreme values to ints in analyze_surface_position_data().

Without the cast, we can also use this function to fit floating point
data, where the deflection and offset ranges are less than one
(e.g. nanometer sized sweeps stored in meters).

Fix ususes -> uses typo in analyze_surface_position_data().

Add Piezo.zero().

Add trailing slash to Gentoo overlay link in README.

Make .load_from_config explicit and optional (don't call it from __init__).

'enumerate' is not subscriptable in the soft jump code.

Fix move_just_onto_surface() for limited axes.

If the channel is limited with AxesConfig['maximum'] less than the
channels actual maximum, the position passed in to
move_just_onto_surface() may be a floating point bit value
(e.g. 62258.25).  Because the maximum keeps the position from getting
to 62259, the approach phase goes on forever, getting stuck in
repeated jumps to 62258.  By truncating the positive position down to
a lower integer, we ensure that it is an attainable value.

Positions are allowed to be floats, so don't format log so strictly.

Fix delection -> current_deflection typo in AFMPiezo.move_just_onto_surface().

Also increase logging output, since I'm getting stuct in a loop here
for some reason.

Fix soft-jump bailout logic when we don't know the current position.

Make base.load_device public (so that external modules can use it).

Optional config-based-setup for the main Piezo class.

This breaks compatibility with earlier versions, because we've added a
`config` option to `Piezo.__init__`.  The addition is a good thing,
though, because it makes `Piezo` more consistent with the `PiezoAxis`,
and `{I,O}Channel` classes.

Set the default ChannelConfig range index to 0.

Optional config-based-setup for PiezoAxis, OutputChannel, and InputChannel.

See the module docstring for details on why this is useful.

Fix soft jump handling for unknown `last_output`.

Also return after a successful soft jump.  The previous implementation
duplicated the final step.

Bump version to 0.6.

We depend on pycomedi >= 0.4 for deepcopy-able AREF values.

Fix out -> output typo in wiggle_for_interference().

Oops, fix up figure/axes/plot argument passing in pypiezo.wiggle.

Oops, replace `n` with `config['samples']` in _run_wiggles().

Oops, pass all possible arguments to pypiezo.wiggle._run_wiggles().

Oops, add output argument to pypiezo.wiggle._setup_plot().

Add missing numpy import to pypiezo.wiggle.

Add missing _base import to pypiezo.wiggle.

Fix peizo -> piezo typo in pypiezo.wiggle._setup_config().

Add missing _package_config import to pypiezo.wiggle.

Split AFMPiezo.wiggle_for_interference() into it's own module.

And break it down into manageable chunks.

Add new 'analog-reference' config option to doctest dumps.

Oops, setup analog-reference with an AREF value, not an int.

Ugly hack to flush plots to the screen as they are updated.

Remove debugging slope prints from surface-detection doctest.

Raise SurfaceError if surface position data only has a single z value.

If the deflection at the minimum position is over the dangerous
threshold, `get_surface_position_data()` will not take any steps in.
With this commit, we avoid raising a ZeroDivisionError in that
situation.

Add amplitude and max values to the "no room for wiggle" ValueError string.

Add analog reference to ChannelConfig (forgotten earlier?).

Move wiggle options to WiggleConfig and allow easy saving of wiggle data.

Fix Convigure -> Configure typo in ChannelConfig's docstring.

Add `steps` and `sleep` options for gentler `jump()`s.

If neither the wavelength or amplitude are given for wiggling, use half the max.

Update URLs from einstein to tremily.

Run update-copyright.py.

Transition to my external update-copyright package.

http://pypi.python.org/pypi/update-copyright/

Fix channel reference in AFMPiezo.move_to_pos_or_def.

Move position and deflection initialization before step direction check.

Otherwise, if position is not specified, step would always end up
being negative, and position would always end up as zero.  Now
position will end up being the extreme in the initial step direction,
as advertised.

Add 'direction' keyword to Piezo.read_inputs' call to .channels.

Add frequency option to AFMPiezo.move_to_pos_or_def.

Add default position, deflection, and step to AFMPiezo.move_to_pos_or_def.

Move surface-related logging from debug to info (debug is noisy).

Fix up ,select_config usage; now unit tests pass.

Convert to h5config's new get_attribute option for select_config.

Remove unused sys import from pypiezo.config.

Use select_config in AFMPiezo's doctests.

Use PEP-8-suggested double space between class definitions in surface.py.

Add select_config example to get_piezo_config's doctest.

Add pypiezo.test.get_piezo_config and fix ConfigSetting -> Setting typo for PiezoConfig.

Oops, forgot the ['channel'].

axis_channel_config -> config['channel'] in surface.py.

Fix InputChannelConfig reference and remove debugging printout.

Debugging printouts in AFMPiezo doctest.

Fix doctest config-dump output in base.py.

Remove debugging name-logger now that axis names are set correctly in doctests.

`name` is a ChannelConfig setting, not an AxisConfig setting.

Temporary debugging instrumentation.

Assorted typo fixes turned up by test suite.

Quote 'name' in AFMPiezo doctest.

Fix foramt -> format typo in setup.py.

Convert to use nested Configs from h5config.

Cleanup setup.py.

Remove crufty logging imports from pypiezo/__init__.py.

Fix Curses-ckeck-... -> Curses-check typo in README.

Fix base_config -> package_config reference in surface.py.

Remove underscores from config classes in doctests.

Add _clear_class and _backed_subclasses to PackageConfig.

Convert to use new h5config package.

Special case for '/' group in h5_create_group.

Return the group created in h5_create_group().

Split out h5_create_group so it can be used by other modules.

Use base_config throughout setup_base_config() for consistency.

Fix typo return_all_params -> return_all_parameters.

Better solution to overwriting preexisting datasets.

Remove them and start from scratch.  The previous implementation did
things like

  >>> dataset = 'no'
  >>> dataset[...] = 'yes'
  >>> dataset[...]
  'ye'

dataset.value has been deprecated since h5py version 1.3.

From http://mail.scipy.org/pipermail/scipy-user/2010-February/024364.html

[SciPy-User] [ANN] HDF5 for Python (h5py) 1.3.0 beta
Andrew Collette andrew.collette@gmail....
Tue Feb 23 15:52:12 CST 2010

...
 - Dataset .value attribute is deprecated.  Use dataset[...] or dataset[()].
...

Add /posts/ to homepage URL in setup.py.

Add pycomedi link to README.

Add a method for extracting input channels by name.

Add H5Py and PyYAML dependencies to README.

Make matplotlib display errors nonfatal.

Clean up and convert to my Cython-based pycomedi implementation.