Removed busy loop from hooke/plugin/flatfilts.py.

Perhaps it was an attempt to pause briefly?  If so, time.sleep() would
be better.  It wasn't much of a pause though:
  $ time python -c ''
  real    0m0.111s
  user    0m0.089s
  sys     0m0.020s
  $ time python -c 'for i in range(1000): k=0'
  real    0m0.115s
  user    0m0.090s
  sys     0m0.024s

Merged with trunk

WLC and FJC output are now with 2 decimal precision.  Added a comment on autopeak on how to use the 'manual' option

Added the possibility to manually choose the peaks in 'autopeak' with the option 'manual'.

Correct number of digits of many output, improvement in the utility 'cut' and 'txt'.

Fixes bad call to wlc/fjc fit

Added modular directory structure.

Also some import and other cleanups to convince myself that the
reorganization was mostly working.

fit.py : extended FJC fit (models water bridges of PEG in water solutions)
fit quality parameter, ratio distance(fit-data)/std(flat_area)

multifit.py : WLC and eFJC as default fits
saves quality of fits

multifit.py : slope can be measured from data or form manual points
tried to scale better the YNarrow

multifit.py : slope can be measured manually
generalvclamp.py : change color of slope line to black

mfp3d.py : the retraction speed is extracted from Velocity, not RetractVelocity

multifit.py : some graphical niceties

multifit.py : proper formatting of help section

multifit.py : Fixed a wrong named var
libhook.py  : Deleted deprecated message (irritates me :D)

multifit.py :    new plugin, mouse input based
generalvclamp.py : separated code from do_slope into _slope allowing use in other funtions
hooke.conf:        activate multifit plugin by default

review.py: fixed crash when a file is not valid

review.py: avoided crash when displaying final stats
hooke.conf:  deactivate hdf5 by default, activate native mfp3d
mfp3d.py:  adapted driver from Hooke GUI to work in this version
procplots.py: centerzero only uses last chunk of retract

FMjoin.py: utility script to put together all files from IgorPro force maps

Corrected a bug for the command txt when it is invoked with an unvalid plot to export.

A correction on autopeak.py due to the add of curvetools.py (a self. was missing)

Hooke(GUI)
fixed default settings in ini files

Hooke(GUI)
hooke.py
- added version information for ConfigObj and wxPropGrid in do_version
- added preferences for playlist an workdir
- UpdatePlot now only uses data and not results to set the scale decimals and prefixes

ReadMe.txt
- updated the Wiki page HookeGUI and used it as the ReadMe

hooke configspec.ini/hooke.ini
- removed section 'core'

drivers/mfp1d.py
- deflection and LVDT files can now be stored in the same folder (forgot about the filemask in do_genlist)

drivers/mfp3d.py
- improved file recognition

lib/curve.py
- renamed Multiplier/multiplier to Prefix/prefix

lib/libhooke.py
- moved pickup_contact_point to autopeak.py

lib/results.py
- removed old code

plugins/autopeak.py
- added pickup_contact_point (was in libhooke before)

plugins/core.ini
- added 'preferences'options: playlist and workdir
- renamed 'preferences'options: multiplier to prefix

plugins/generalvclamp.py
- renamed multiplier to prefix

plugins/playlist.ini and playlist.py
- added option: detect_mfp1d

plugins/plot.ini and plot.py
- renames option 'plot' to 'preferences'
- renamed multiplier to prefix

plugins/procplots.ini and procplots.py
- renamed multiplier to prefix

Hooke(GUI)
hooke.py
- added check for off-screen window position on startup
- added note panel
- added check for existing plugin commands
- fixed access error on close (forgot to deregister a listener)
- added option to hide file extension from playlist and plot title
- added 'do_copylog'
- added general preferences
- modifed UpdatePlot to use individual scale formatter and legends for subplots
- added default settings for scale formatters and legends
- added general preference 'use_zero' to dispaly '0' on axes rather than e.g. '0.00'

hooke configspec.ini/hooke.ini
- added mfp1d driver
- added mfp3d driver
- removed curvetools plugin

drivers/mfp1dexport.py
- corrected spelling

drivers/picoforce.py
- removed detriggerize

drivers/mfp1d.py
- added driver for direct import of MFP-1D files

drivers/mfp3d.py
- added driver for direct import of MFP-3D files

lib/clickedpoint.py
- added object ClickedPoint to lib (was in libhooke before)

lib/curve.py
- added properties decimals, legend and multiplier to Curve
- added classes Data, Decimals, Multiplier and PrefixFormatter

lib/delta.py
- added object Delta to lib

lib/file.py
- rename self.notes to self.note

lib/libhooke.py
- added fit_interval_nm (was in curvetools before)
- added pickup_contact_point(was in curvetools before)
- added remove_extension

lib/playlist.py
- added note support

panels/ploy.py
- added 'x' and 'y' to status text

panels/note.py
- added note panel

plugins/autopeak.ini and autopeak.py
- added options: delta_force, plot_linewidth, plot_size and plot_style

plugins/core.ini
- added 'preferences'options: hide_curve_extension, legend, x_decimals, x_multiplier, y_decimals, y_multiplier and use_zero
- added 'copylog' options: destination and use_LVDT_folder

plugins/export.ini and export.py
- added 'notes' options: filename, folder, prefix and use_playlist_filename
- added do_notes

plugins/flatfilts.ini and flatfilts.py
- corrected some default values
- added warning about not applying the flatten plotmanipulator

plugins/generalvclamp.py
- updated copyright information

plugins/plot.ini and plot.py
- corrected some default values
- added support for options: decimals, legend and multiplier

plugins/procplots.ini and procplots.py
- corrected some default values
- added support for options: decimals, legend and multiplier to do_fft

Corrected some bugs in the scale of graphs.

HookeGUI
commands.py: plugins are now sorted in alphabetical order in the Commands panel

Hooke(GUI)
hooke.py
- added GetPlotmanipulator()
- changed _delta() to return a delta class and not update the plot
- added multiplier support to UpdatePlot(), the user can now choose to display the scales in
pm/nm for x and pN/nN for y, if necessary, more multipliers can be added easily
- added decimals support to UpdatePlot(), the user can now choose how many decimals to display
- added legend support to UpdatePlot(), the user can now choose to display a legend

hooke.ini
- added plot plugin (handles global options for plot: multiplier, decimals, legend)

jpk.py
- added copyright information

prettyformat.py
- renamed variables to a more pythonic style
- added whitespace stripping option to prettyformat()
- added get_multiplier()
- added get_exponent()
- updated examples

autopeak.py
- added copyright information

fit.py
- removed specific import of libhooke.coth
- replaced whatset=1 by whatset=lh.RETRACTION

flatfilts.py
- added copyright information
- added apply_plotmanipulators option (all, none, flatten) to do_convfilt()

generalvclamp.ini/generalvclamp.py
- added options: decimals, multiplier, show_in_legend to [distance] and [force]
- added options: decimals, multiplier, show_in_legend to [distance] and [force]
- added options: baseline_color, baseline_show, baseline_show_in_legend, baseline_size, decimals,
maximum_color, maximum_show, maximum_show_in_legend, maximum_size, maximumrange_color,
maximumrange_show, maximumrange_show_in_legend, maximumrange_size and multiplier to [forcebase]
- added options: decimals, point_show_in_legend, slope_show_in_legend to [slope]
- added copyright information
- added prettyformat support to do_distance(), do_force(), do_forcebase(), do_slope()
- changed whatset=1 to whatset=lh.RETRACTION in linefit_between()

playlist.ini
- corrected folder location and default playlist file

plot.ini/plot.py
- added plot.ini
- modified plot.py to simply update the current plot (usually after changes are made to plot.ini)

procplots.py
- changed whatset=1 to whatset=lh.RETRACTION in do_fft()

results.ini
- changed [fit_function] to [result_type]
- added result type 'multidistance'

HookeGUI
added curvetools.ini
added curvetools.py
added multidistance.ini
added multidistance.py

hooke.py
- added ApplyPlotmanipulators()
- added configuration support to _delta()
- added linewidth option to UpdatePlot()
- 'fixed' GetDisplayedPlot()

hooke configspec.ini
- added curvetools plugin

hooke.ini
- added curvetools plugin
- added multidistance plugin
- removed plot plugin (do_replot() was moved to procplots.py)

curve.py
- added linewidth

playlist.py
- fixed the way the filename is retrieved from the playlist file

plugin.py
- added option section
- removed option key
- added comments

prettyformat.py
- fixed pretty_format() for 0 and NaN

results.py
- added class ResultsMultiDistance()
- fixed set_multipliers()

autopeak.ini/autopeak.py
- renamed 'peak_color' option to 'color'
- removed options: peak_show and peak_size (now in flatfilts.py-do_peaks())
- renamed x_values/y_values to retraction.x/retraction.y, respectively
- removed flatten plotmanipulator option (now in convfilt)

export.ini/export.py
- added append option

flatfilts.ini/flatfilts.py
- added apply_plotmanipulators option
- added configuration support to has_peaks()
- removed exec_has_peaks() as it is no longer necessary

generalvclamp.ini/generalvclamp.py
- added options: color, size to [distance]
- renamed 'show_points' to 'show' in [distance]
- added options: color, show, size to [force]
- added options: color, show, size to [forcebase]
- added options: point_color, point_show, point_size, slope_color, slope_linewidth, slope_show to [slope]
- added configuration support to do_distance(), do_force()

procplots.ini/procplots.py
- added option centerzero
- moved do_replot() form plot.py to procplots.py

results.py
- fixed do_show_results() to work with configuration options

Fixed some bugs

Scale of axis are now in engineering format.

(generalvclamp.py) Error checking in flatten plot manipulator - fixes issue 31

added plotmanipulator centerzero to procplots.py

Added ReadMe.txt and some docstrings

review.py plugin allows to review curves in groups of ten (à la Igor Pro), select some of them and save to a separate directory

Added illysam branch

W. Trevor King (2010-6-3):
This branch originally had a separate root from the default branch,
despite being a fork.  The history of the forking has been lost, so
I'm grafting it on at a likely place.  The graft should help with
merging future changes, but don't consider it to be the true history
of this branch.

Added two plugin: jumpstat.py and multidistance.py. Change to the function has_peaks. Moved some basics routines in the new file curvetools.py.

Command 'note' saves notes into 'hookedir/output' directory (a bit cleaner) and if the note file exists adds instead of overwriting the file.

New plotmanip 'centerzero' shifts the curves to 0 force

Support for HDF5 files created with Igor Pro (see wiki for how to create the HDF5 file)

Fix: genlist can now import files without extension

Added Alberto's mailing list comments about lib*.py to their docstrings.

From the thread:
  http://groups.google.com/group/hookesoftware/browse_thread/thread/7b893284cc317ea6#

Added config_dir to libhooke.HookeConfig to match new dir structure

Added USAGE file based on code.google.com/p/hooke/wiki/BasicAnalysis

All classes should at least subclass 'object' to avoid being old-style classes.

See, for example
  http://www.python.org/doc/newstyle/
  http://www.python.org/doc/2.5.2/ref/node33.html

Removed sha-bang from non-executable python files + whitespace cleanups.

Whitespace cleanups mostly involved removing trailing whitespace.

Added README and reorganized directory structure (breaks code)

(fit.py) Quick kludgy patch for crash of issue 0028

(fit.py) Fixed -maybe- FJC plotting

(autopeak.py) Corrected a bug introduced in r208

(autopeak.py) Repeatedly asks for correct input.

Added multidistance plugin.

(autopeak.py) fixed autopeak documentation

(autopeak.py) autopeak can now use FJC or WLC

(fit.py) wording output is consistent with fit function used

(fit.py) WLC and FJC now aliases of fit command

Got FJC drawing right.

Better plotting of FJC but not there yet

First steps towards FJC support. New variable fit_function for flexible switching, still errors in drawing, inconsistencies etc. but the numbers in output seem sensible

Hopefully reverted to r193 after mbrucale's incident

using numpy.mean to avoid warnings; still not perfect though

correct parsing of args of peaks command; Fixes issue 0017

added cut.py plugin (by Fabrizio Benedetti, EPFL, Lausanne)

deleted spurious empty dir from tree

fixed: plot does not display on Windows at program launch (troubleshooting issue 1)
fixed: driver tries to open a directory (issue 15)

fixed counter issue

Fixed MFP1D export from Igor 4 (wavenote was not complete)

adding a folder creation with the good plot files inside

(hooke_cli.py) text export, now with measure units. Fixes issue 0014

(mfp1dexport.py) Fixed k determination, at least until we find news on the mysteries of mfp export

(mfp1dexport.py) Fixed trivial bug in K determination ; fixed optimistic __init__ leading to random crashes

(hooke_cli.py) fixed export - bug 0011

pCluster ver.1 ... working! oneClick style. Updated with automatic filter calculation.

Updated with "debug" option and some explanation.
Maybe the last update!

(mfp_igor_scripts) Scripts committed

(mfp1dexport.py , mfp_igor_scripts) Initial indirect support for the MFP1D Asylum microscope files, via exporting scripts

pcluster improved with density estimation and second PCA. next step will be to clean everything in order to use pCluster in oneClick style!

updated with density limit

Just added a new config variable, "force_multiplier", which unsurprisingly muliplies each Y on an SMFS curve. Default value is 1. This is sometimes useful for calibration.

(autopeak.py, etc.) added noflatten option to autopeak, plus small stuff here and there

(mcs.py) lower- and upper- case both working

(mcs.py , generaltccd.py) added first version of TCCD driver and utilities

Added a small feature in the 'autopeak' command. If the variable 'baseline_clicks' is set to -1, no baseline is calculated. Rather, the ordinate of the contact point (either hand-picked or automatically found depending on other autopeak arguments) is taken as the zero force point.

add doublepca and triplepca functions

(autopeak.py, flatfilts.py, hooke_cli.py) various error checkings

PCA improved: it takes columns and multiplier factor from pca_config.txt or from second argument, and save a png file.
new MULTIPCA function: multiply selected column for values 1-100 and save all plots.

(tutorial.py) updated plugin tutorial

nothing of important (new function for building a file's coordinate)

(pcluster.py) again, dirty stuff for testing

add file configuration in order to choice the pca's columns

configuration file for pca's columns

(pcluster.py) testing stuff for test datasets

(pcluster.py) fixed typo

fixed many importants bugs: flatten, c_leng(ths) and p_leng(ths)

(pcluster.py) fixed stupid crash

little changing in the list of clustering coordinates (columns view)

(flatfilts.py) fixed peaks command crashing (pcluster.py) fixed contact point determination

(autopeak.py) fixed stuff about color management

(generalvclamp.py) now linefit_between accepts whatset