Consolidate duplicate I27 nomenclature entries.

And place the consolidated entry in apparatus/polymer-synthesis.tex
where I27 is introduced.

Add schematics for Kramers' integrand and the unfolding landscape.

Clean up lattice and off-latice references in the sawsim intro.

Also reference the snippet about simulation timescales in
introduction/main.tex.

Don't wrap lu99 url in root.bib.

Add citations for lu98 and lu99 to introduction MD discussion.

These papers are probably the earliest examples of molecular dynamics
simulations of velocity-clamp unfolding.

Add build-asy.py script to build Asymptote figures.

Add figure 2 from kempe85.

Include apparatus/main.bib bibliography (equipment).

Comment out some personal stuff to make shorter drafts.

At least while I'm working on major edits.

Bump copyright year in root.tex.

Point out some early DNA work before introducing titin.

Flesh out apparatus chapter.

Move I27 figure in from cantilever/methods, because we introduce I27
in the polymer-synthesis section.

Additions:
* Discussion of the piezo portion of an AFM.
* Discuss history of force spectroscopy.
* Add entire text of polymer synthesis and sample preparation sections.
* Lots of little things.

Make piezo schematic smaller.

Add berkemeier11 as another paper discussing molecular dynamics speeds.

Add several new citations to root.bib (mostly for the apparatus chapter).

New keys:
 bartels03,
 berkemeier11,
 hager02
 honda08
 itoh04,
 kempe85,
 lo01,
 ma10,
 sakaki05,
 schmidt02,
 schmitt00,
 sundberg03,
 ulman96,

Add \diNaHPO (Na2HPO4) and \NadiHPO (NaH2PO4) commands to local_cmmds.tex.

Import fixltx2e in packages.tex to get \textsubscript used in defining
these commands.

Fix redundant 'review' and 'discussed' in apparatus/main.tex.

Flesh out motivation to distinguish pathway vs. funnel in intro.

Also mention:
* difficulties comparing with molecular dynamics simulation.
* large span of ranges amoung available single molecule techniques.

Add citealiases and shorthand commands for a bunch of software packages.

Add abstract text.

Add labeit95 and sandal09 to root.bib.

Add apparatus/main.bib with vendor references.

Add piezo.asy for explaining how a tubular piezo works.

Add skeletal_muscle.jpg (modified from Wikipedia).

Whitespace cleanups in the rest of the figures/*/*.asy files.

Used sed to replace tabs with spaces and strip trailing spaces.

Whitespace cleanups in base_afm.asy and monte-carlo.asy.

Convert tabs to spaces in expt-sawtooth.asy.

Relabel unfolding/rate.tex to sec:rate.

This fixes a label-collision with unfolding/distributions.tex on
sec:unfolding-distributions.

Remove asyprocess references from SConscript files.

Whitespace cleanups in schematic/unfolding.asy.

Fix sec:cantilever-calib-intro -> sec:cantilever-calib:intro reference.

Remove unused asyprocess script (leftover from asyfig framework).

Create figures/scratch immediately, so it's there by the time we run LaTeX.

Remove unused asyfig packages.

Add hong10, zhao10, liu10, measey09, shan09, yuan08, liu08, ... to root.bib.

Papers by Prof. Yang.

Change my email address from drexel.edu to tremily.us.

Add new citation ng07b and change ng07 to ng07a.

Add comments referenceing Brockwell's 2002 paper with respect to Gumbel dist.

Remove src/unfolding-distributions/* which were moved to src/unfolding/distributions-*.

Update to \DUTmonth and \DUTyear to work with >=drexel-thesis-0.10.

Remove silly tex/ directory.

Add a PyMOL builder to SCons and generalize PYMOL_PATH setup.

Adjust asymptote and gnuplot doctests to be directory independent.

Now you can run the doctests from any directory and they will still
find the files they are scanning to test.  Note that SCons may not be
installed in your PYTHONPATH by default:

> From: Steven Knight
> Date: May 28, 2008; 10:01am
> Subject: Re: easy_installed scons not working
>
> ...
>
> In essence, we've tried to make SCons more like a standalone
> application that happens to use Python, instead of a Python
> application that only exists "within" the Python installation itself.
> This separation also allows you, for example, to experiment with
> upgrading your Python version without having to re-install SCons.
>
> ...
>
> Note that the hacking we've done on our setup.py does allow you to
> install into the site-package/ subdirectory if you wish, using an
> extended --standard-lib option.
>
> ...

So you may need to try something like:
  PYTHONPATH=/usr/lib/scons-2.0.1/ python site_cons/site_tools/asymptote.py
to run the tests.

Correct GNUPLOTLAGS -> GNUPLOTFLAGS typo in site_cons/site_tools/gnuplot.py.

Transition from \asyfig to the stock \asyinclude.

Work around null-dereference bug in some versions of asymptote.

See
  http://sourceforge.net/tracker/?func=detail&aid=3292023&group_id=120000&atid=685683
for details on the bug.

Fix (a^2-z^2)^2 typo in integrals.tex.

Begin rearranging chapters and sections following Prof. Yang's suggestions.

Convert author macro JFernandez -> JMFernandez.

Condense author aliases for MSZKellermayer and SBSmith.

Added dates to rief97* which swapped a <-> b.

Added dates to carrion-vazques99* which swapped a <-> b.

Fix some long URLs that had been wrapped by pybtex.

Merge branch 'master' of ssh://einstein/~/public_html/code/git/thesis

Move src/packages/ to src/package/.

This avoids errors like
  TypeError: Tried to lookup Dir 'build/packages' as a File.
when building with older SCons versions.

Standardize figure size (15cmx10cm) for fit-space/means.gp.

Give root.bib a final run through pybtex.

This just re-wrapped some author lines and swapped dietz06{a,b} (now
with months and dates to stabilize future sorts).

root.bib is now stable against future pybtex passes.

Consolidate macros in root.bib.

Reformatted root.bib with pybtex and rekeyed LaTeX source appropriately.

More key/name tuning in root.bib.

Set custom key for NIST:gumbel entry.

Additional field name cleanups in root.bib.

Set custom keys for codata entries.

Set custom keys for uniprot entries.

Differentiate Best2008 bibtex entries.

Removed duplicate keywords fields from staple08.

Remove duplicate note field from ciccotti86.

Remove duplicate note field from ryckaert77.

Consolitate duplicate schlierf04 entries.

Correct DeGrado -> WDeGrado typo.

Correct <X>BrowerToland -> BDBrowerToland typos.

Correct VMontant -> VMontana typo.

Correct MGau -> MGao typo.

Corrections to root.bib before reformating with pybtex.

unfolding.asy also needs base_afm.asy.

Use \text intead of \mathrm in \supScript.

This avoids setting the font explicitly, which allows the superscript
font to match the standard text font.

Dedicate to Heaven.

Added open source highlights to acknowledgments

Moved remaining text portions of root.tex into src/blurb/

Main benefits:
 * Alias('latex-base') (used by asyprocess) won't change when you edit
   the blurbs.  Previously, that triggered a recompile of all the
   Asymptote graphics (slow).
 * root.tex stays nice and clean, and it's easy to find and edit the
   blurb you want.

Only define \U{} and \E{} workarounds in wtk_graph.asy.

We need redefinitions beacause asymptote missaligns labels if we use
\U{} and \E{} directly.  However, lots of \mbox{} and \cdot10^{} cruft
is both ugly and brittle.  The reworked units() and new Exp() should
be used instead.

math(string) is a simple replacement for "$"+string+"$" which looks
clearer to me in most cases, so I've added that too.

Add fit lines to cantilever-sim/v-dep

Also tab-separate (vs space separate) cantilever-sim/v-dep.d/*
with:

  for f in v_dep_*; do
    awk 'BEGIN{OFS="\t"}{print $1, $2}' "$f" > tmp && mv -f tmp "$f";
  done

Converted sim-hist from Gnuplot to Asymptote.

Convert kappa-sawteeth from Gnuplot to Asymptote.

Also:
  * Cleanup Asymptote scanner rules and add descriptive comments.
  * Asymptote scanner rules no longer match directories (e.g. ".").

Convert expt-sawtooth from Gnuplot to Asymptote.

Also:
  * Stripped old comments from sim-sawtooth.asy
  * Added title to sim-sawtooth

With the newer x/y column flexibility, remove fig3a-kx.data from king_vs_best

Also:
  * added fitlines to that figure
  * removed some old cruft that should never have been versioned in
    the first place.

Converted order-dep from Gnuplot to Asymptote.

This lead to some changes in the Asymptote build system:
  * New pyfit approach: site_init.link_pyfit() over old Alias('pyfit').
    The Alias approach made path extraction ugly and brittle.
    The new approach mirrors link_wtk_graph().
  * Adjust graphFile() and pyfit to allow single column (i.e. implicit
    x, explicit y) datafiles.
  * Adjust pyfit to handle single-parameter fitting.

I also increased the horizontal spacing between the v-dep-sd histogram
insets.

Converted sim-sawtooth from Gnuplot to Asymptote.

Make v-dep shorter (the caption used to overflow the page)

Avoid non-standard macros (they seem to break Asymptote's label alignment)

Added histrograms to v-dep-sd, and legends to both v-dep* graphs.

They also get a nice dashed line highlighting the histogram source data.

Converted figures/v-dep from Gnuplot to Asympote (except for embedded histograms)

Ensure the 'asytools' and 'pyfit' aliases are defined before working on figures

Remove figure/scripts duplicate of figure/script (added in fe7fe60ef30da6cd919ce183b47668552fb10583)

Fixed tuple-concat error in site_init._recursive_glob_dir

Also:
  * Added first option to site_init.include_child_SConscripts()

Added pyfit script using Python's SciPy module for least-squares fitting

Pulled subdirs() functionality into it's own fn in site_init.py.

Generalized wtk_graph functions to allow user-controlled x/y/z columns

Add Alias('bibtex-files') dependency as SCons' LaTeX scanner doesn't seem to.

Add king_vs_best dependency rules to SCons build tree

Rework Alias('asymptote-figures').  Previous implementation didn't build the asyfig targets.