README: Remove duplicate pyafm target

README: Update to discuss unfold.py script and workflow

The old instructions were from back when I ran unfolding scans from
the IPython prompt.

config: No need to import FFT_tools.window_hann

Convert to load_from_config() handling

Rather than juggling independent configurations, consolidate them
under ScanConfig in the style of pyafm.storage.  This makes it easy to
load a full scanning config from ~/.config/unfold-default.yaml, which
is a plain-text file that can easily be tweaked by hand.

To generate an initial unfold-default.yaml file, try something like:

  >>> import unfold_protein.storage as storage
  >>> config = storage.get_default_config()
  >>> storage.save_scan_config(config=config)'

which uses defaults from unfold_protein.config as well as the default
AFM configuration from pyafm.storage.load_config().

config: Use native Python types for default unfolding velocities

This avoids the need for funkyness when saving the configuration with
h5config's YAML storage backend.

Add packaging boilerplate

.be: Upgrade bugs-everywhere repository from v1.0 to v1.5

plot-unfold.py: Autoscale tight (to avoid wasting space)

unfold.py: Remove config overrides for unfolding distance, etc.

These snuck in during 87f12e4 (Update unfold_protein to use the new
pyafm.storage._load_afm, 2012-05-11).  Obviously, I should be using
h5config to load a user-written YAML file instead of hard-coding these
values in the unfolding script.

plot-unfold.py: Add a simple h5 -> png converter

This makes it easy to filter successful pulls by eye using your
favorite image viewer.

scan: Add stepper_tweaks (--no-stepper-tweaks) to UnfoldScanner.run()

This is useful if you're not around to monitor a long run.  If the
laser is disrupted (e.g. via a bubble in the fluid cell), the
photodiode voltage can flatlign, even if you aren't off the surface.
A confused UnfoldScanner with *think* it's off the surface, and charge
blindly in, crushing the cantilever into itsy bits ;).

Laser disruption detection is a great reason to measure the total
photodiode voltage.  Unfortunately, that signal is not carried on the
cable between the MultiMode and the NanoScope.  I tried jumping it out
of the MultiMode by hand, but after a few weeks like that, the board
died.  I'm not sure it was related, but I think it's safer to just
disable stepper tweaks when you're not around to monitor the signal.

scan: Approach the surface with stepper_approach() before looping

This makes the initial approach much faster if you are starting far
from the surface (e.g. after a calibcant calibration).

scan: Log the loop index

So the user can gauge the remaining experiment time.

unfolder: Save the timestamp, x-position, and temp under environment/

Keep the HDF5 root clean by moving these parameters under the
environment/ group.  Earlier versions of unfold-protein did not record
the x-position.

Standardize matplotlib rendering on figure.canvas.draw() and figure.show().

In interactive mode, skip the no-op pyplot.show().  In non-interactive
mode, the show() calls will block until the window is closed.

Ran update-copyright.py.

Add .update-copyright.conf.

Use my update-copyright project to manage copyright blurbs.

http://pypi.python.org/pypi/update-copyright/

Change my email address from drexel.edu to tremily.us.

Update unfold_protein to use the new pyafm.storage._load_afm.

This is a messy commit to get my Git repo in sync with the version I'm
currently using in the lab, but most of the changes have to do with
the nested-config overhaul starting with pypiezo's:

  commit de497a3734372f5fa7c92d6ff7bdb6b2e327c345
  Author: W. Trevor King <wking@drexel.edu>
  Date:   Thu Mar 15 10:13:20 2012 -0400

    Optional config-based-setup for PiezoAxis, OutputChannel, and InputChannel.

    See the module docstring for details on why this is useful.

Remove TemperatureConfig from unfold_protein.config.UnfoldCycleConfig.

Replaced by pyafm.config.AFMConfig['temperature'].

Remove unfold_protein.temperature (replaced by pyafm.temperature).

Remove unfold_protein.afm now that there is a configurable default AFM in pyafm.

Now you can use pyafm.storage.load_afm() and instead of hardcoding your
configuration in the unfold_protein.afm module.

Update unfold.py config to show temp in Kelvin.

By default, `calibcant.config.TemperatureConfig` assumes you'll give
temperatures in Celsius, but in
`unfold_python.temperature.Temperature.get_temperature`, we convert
the backend temperature from Celsius to Kelvin.

Assorted plots and bug-fixes in unfolder.py.

* Updated `ExceptionTooFar` plot and `Unfolder._plot` to use `FIGURE`
  and `_pyplot`.
* Fix configs used in `Unfolder._unfold`'s bit/meter conversions.
* Remove unrecognized keyword `dtype` from the `.astype` call.
* Reshape `out` so it is 2D (as required by `Piezo.ramp`).
* Don't force unfold log values to be integers.
* Fix filename generation in `Unfolder._save`.
* Removed trailing whitespace.

Make ExceptionTooFar check more robust with .max().

Stylistic cleanups in UnfoldScanner.move_far_from_surface.

Increase 'far' in ApproachConfig to 30 microns.

Remove buggy self argument from Temperature self() call.

Merge irrelevant "Update to data_logger v0.4." by dropping the changes.

The new h5config framework no longer uses data_logger to locate or
save data.

Update to use new h5config, pycomedi, etc.

Add .gitignore.

Update to data_logger v0.4.

Avoid banded non-contact region by reducing default stepsize.

See bug 18dd6d0a-3c45-4aba-80da-fa32ffaaf5db for example banded data.
(plot deflection without lines to see why I call it "banded").  Reducing
the stepsize reduces the jolt on the cantilever, and reducing the
points-per-step accordingly means we don't have to change the
card-clock rate.  It might be worth adding "target-clock-rate" option,
and letting the stepsize be determined automatically (as an
alternative to setting the stepsize explicitly) but we'll
put that off for now...

Added README file.

Also a bug/thoughts on packaging trouble (blocked by temperature).

Updated to work with newly bundled pizeo package.

Added EFILE debugging output to ExceptionTooClose case.

Began versioning.