src/figures: Use open() instead of file() in Python scripts

file() is gone in Python 3, and open() was always the prefered method
for opening files.  I just didn't know that when I wrote the original
code ;).

root.bib: add roman12 entry for Marisa's thesis

Stub out pyafm and calibcant chapters.

Add Prof. Cruz as an advisor.

Merge unfolding and tension chapters back into sawsim chapter.

In order to focus on my contributions, I think it would be clearer to
bundle the theory into the sawsim chapter.  They're all very closely
related, and it means I can keep patting myself on the back throughout
the chapter so the reader doesn't loose focus ;).

This commit is mostly a reworking of the sawsim chapter.

Other changes:

* Dissable old SCons asymptote build.  I'm using the build-asy.py
  script for this now, and I haven't worked out how to wedge that into
  SCons yet.  The problem is all this scratch-directory linking.
* Add an E. coli index point in apparatus/polymer-synthesis.tex.
* Add blub/gumbel.tex (not currently included) to work out the
  different probability distribution nomenclature.
* Add wlc-extension.asy, wlc-model.asy, fjc-extension.asy,
  fjc-model.asy, landscape-bell.asy, and wiggle.asy.
* unfolding.asy: pull Wiggle out into wiggle.asy.
* cantilever/theory.tex: flesh out energy landscape caption.
* introduction/main.tex: link rief02 for simulation/experiment
  comparison.
* local_cmmds.tex: add \Langevin, \insilico, \invitro, \invivo,
  \pysawsim.  Comment out \r and \rs (which aren't used?) because they
  were colliding with something inside Angstroms (\AA).
* root.bib: Add wikipedia:gumbel, gumbel58, wikipedia:GEV,
  wikipedia:gompertz, wikipedia:gumbel-t1, wikipedia:gumbel-t2,
  dudko08, baljon96, fisher99a, fisher99b, zlatanova00, viani99,
  capitanio02, binnig86, williams86, martin87, and meyer88.  Also fix
  a few BibTeX markup issues.
* packages.tex: fix struct -> struck typo and import booktabs and
  fancyvrb.  Also disable lineno usage in final mode.
* root.tex: disable lineno usage in final mode and remove unfolding
  chapter.
* sim-hist.asy: smaller size.
* fit-valley.asy, sim-sawtooth.asy: smaller size, more consistent axis
  labeling.
* kappa-sawteeth.asy: more consistent axis labeling.

Shrink expt-sawtooth.asy to a more reasonable size.

Also make the x-axis label more explicit ("Distance" was too vague).

Consolidate fig:afm-schematic and fig:piezo-schematic into one figure.

Also cite binnig86 (AFM with STM sensor) and meyer88 (AFM with optical
lever) when introducing the AFM.

Limit default graphMatrixFile palette to 8192 colors.

For some reason, leaving it at the default 32761 gives me unfilled
color bars for z scaling.

Use 1/3 instead of 0.\bar{3} in monte-carlo.asy.

I'm already using \bar{} for the complex conjugate.

Use kappa for spring constants (k is for rates).

Excape the hash symbol (#) in agilent-sure2 bib entry.

There is no way to comment out BibTeX values, just use a non-standard name.

Add WKing @string to packaging/main.bib.

Apparently @string definitions are local to a single .bib file.  It's
not picking up my definition in root.bib anyway.

Add a missing comma after the url entry for agilent-sure2.

Set Asymptote fontsize to 10pt globally, not just for sLabel()s.

Add packaging bibliography.

I'll add the text for this chapter later, but I need these citations
for the abstract.

Use \subref in unfolding schematic image.

This is better than hardcoding subfigure references in the caption.

Add I27 length to fig:I27 caption.

Use \subref in unfolding pathway vs. landscape image.

This is better than hardcoding subfigure references in the caption.

Also reference kellermayer97 as an early example of force spectroscopy
on proteins with laser tweezers (they're right after rief97a in the
journal).

Consolidate duplicate I27 nomenclature entries.

And place the consolidated entry in apparatus/polymer-synthesis.tex
where I27 is introduced.

Add schematics for Kramers' integrand and the unfolding landscape.

Clean up lattice and off-latice references in the sawsim intro.

Also reference the snippet about simulation timescales in
introduction/main.tex.

Don't wrap lu99 url in root.bib.

Add citations for lu98 and lu99 to introduction MD discussion.

These papers are probably the earliest examples of molecular dynamics
simulations of velocity-clamp unfolding.

Add build-asy.py script to build Asymptote figures.

Add figure 2 from kempe85.

Include apparatus/main.bib bibliography (equipment).

Comment out some personal stuff to make shorter drafts.

At least while I'm working on major edits.

Bump copyright year in root.tex.

Point out some early DNA work before introducing titin.

Flesh out apparatus chapter.

Move I27 figure in from cantilever/methods, because we introduce I27
in the polymer-synthesis section.

Additions:
* Discussion of the piezo portion of an AFM.
* Discuss history of force spectroscopy.
* Add entire text of polymer synthesis and sample preparation sections.
* Lots of little things.

Make piezo schematic smaller.

Add berkemeier11 as another paper discussing molecular dynamics speeds.

Add several new citations to root.bib (mostly for the apparatus chapter).

New keys:
 bartels03,
 berkemeier11,
 hager02
 honda08
 itoh04,
 kempe85,
 lo01,
 ma10,
 sakaki05,
 schmidt02,
 schmitt00,
 sundberg03,
 ulman96,

Add \diNaHPO (Na2HPO4) and \NadiHPO (NaH2PO4) commands to local_cmmds.tex.

Import fixltx2e in packages.tex to get \textsubscript used in defining
these commands.

Fix redundant 'review' and 'discussed' in apparatus/main.tex.

Flesh out motivation to distinguish pathway vs. funnel in intro.

Also mention:
* difficulties comparing with molecular dynamics simulation.
* large span of ranges amoung available single molecule techniques.

Add citealiases and shorthand commands for a bunch of software packages.

Add abstract text.

Add labeit95 and sandal09 to root.bib.

Add apparatus/main.bib with vendor references.

Add piezo.asy for explaining how a tubular piezo works.

Add skeletal_muscle.jpg (modified from Wikipedia).

Whitespace cleanups in the rest of the figures/*/*.asy files.

Used sed to replace tabs with spaces and strip trailing spaces.

Whitespace cleanups in base_afm.asy and monte-carlo.asy.

Convert tabs to spaces in expt-sawtooth.asy.

Relabel unfolding/rate.tex to sec:rate.

This fixes a label-collision with unfolding/distributions.tex on
sec:unfolding-distributions.

Remove asyprocess references from SConscript files.

Whitespace cleanups in schematic/unfolding.asy.

Fix sec:cantilever-calib-intro -> sec:cantilever-calib:intro reference.

Remove unused asyprocess script (leftover from asyfig framework).

Create figures/scratch immediately, so it's there by the time we run LaTeX.

Remove unused asyfig packages.

Add hong10, zhao10, liu10, measey09, shan09, yuan08, liu08, ... to root.bib.

Papers by Prof. Yang.

Change my email address from drexel.edu to tremily.us.

Add new citation ng07b and change ng07 to ng07a.

Add comments referenceing Brockwell's 2002 paper with respect to Gumbel dist.

Remove src/unfolding-distributions/* which were moved to src/unfolding/distributions-*.

Update to \DUTmonth and \DUTyear to work with >=drexel-thesis-0.10.

Remove silly tex/ directory.

Add a PyMOL builder to SCons and generalize PYMOL_PATH setup.

Adjust asymptote and gnuplot doctests to be directory independent.

Now you can run the doctests from any directory and they will still
find the files they are scanning to test.  Note that SCons may not be
installed in your PYTHONPATH by default:

> From: Steven Knight
> Date: May 28, 2008; 10:01am
> Subject: Re: easy_installed scons not working
>
> ...
>
> In essence, we've tried to make SCons more like a standalone
> application that happens to use Python, instead of a Python
> application that only exists "within" the Python installation itself.
> This separation also allows you, for example, to experiment with
> upgrading your Python version without having to re-install SCons.
>
> ...
>
> Note that the hacking we've done on our setup.py does allow you to
> install into the site-package/ subdirectory if you wish, using an
> extended --standard-lib option.
>
> ...

So you may need to try something like:
  PYTHONPATH=/usr/lib/scons-2.0.1/ python site_cons/site_tools/asymptote.py
to run the tests.

Correct GNUPLOTLAGS -> GNUPLOTFLAGS typo in site_cons/site_tools/gnuplot.py.

Transition from \asyfig to the stock \asyinclude.

Work around null-dereference bug in some versions of asymptote.

See
  http://sourceforge.net/tracker/?func=detail&aid=3292023&group_id=120000&atid=685683
for details on the bug.

Fix (a^2-z^2)^2 typo in integrals.tex.

Begin rearranging chapters and sections following Prof. Yang's suggestions.

Convert author macro JFernandez -> JMFernandez.

Condense author aliases for MSZKellermayer and SBSmith.

Added dates to rief97* which swapped a <-> b.

Added dates to carrion-vazques99* which swapped a <-> b.

Fix some long URLs that had been wrapped by pybtex.

Merge branch 'master' of ssh://einstein/~/public_html/code/git/thesis

Move src/packages/ to src/package/.

This avoids errors like
  TypeError: Tried to lookup Dir 'build/packages' as a File.
when building with older SCons versions.

Standardize figure size (15cmx10cm) for fit-space/means.gp.

Give root.bib a final run through pybtex.

This just re-wrapped some author lines and swapped dietz06{a,b} (now
with months and dates to stabilize future sorts).

root.bib is now stable against future pybtex passes.

Consolidate macros in root.bib.

Reformatted root.bib with pybtex and rekeyed LaTeX source appropriately.

More key/name tuning in root.bib.

Set custom key for NIST:gumbel entry.

Additional field name cleanups in root.bib.

Set custom keys for codata entries.

Set custom keys for uniprot entries.

Differentiate Best2008 bibtex entries.

Removed duplicate keywords fields from staple08.

Remove duplicate note field from ciccotti86.

Remove duplicate note field from ryckaert77.

Consolitate duplicate schlierf04 entries.

Correct DeGrado -> WDeGrado typo.

Correct <X>BrowerToland -> BDBrowerToland typos.

Correct VMontant -> VMontana typo.

Correct MGau -> MGao typo.

Corrections to root.bib before reformating with pybtex.

unfolding.asy also needs base_afm.asy.

Use \text intead of \mathrm in \supScript.

This avoids setting the font explicitly, which allows the superscript
font to match the standard text font.

Dedicate to Heaven.

Added open source highlights to acknowledgments

Moved remaining text portions of root.tex into src/blurb/

Main benefits:
 * Alias('latex-base') (used by asyprocess) won't change when you edit
   the blurbs.  Previously, that triggered a recompile of all the
   Asymptote graphics (slow).
 * root.tex stays nice and clean, and it's easy to find and edit the
   blurb you want.

Only define \U{} and \E{} workarounds in wtk_graph.asy.

We need redefinitions beacause asymptote missaligns labels if we use
\U{} and \E{} directly.  However, lots of \mbox{} and \cdot10^{} cruft
is both ugly and brittle.  The reworked units() and new Exp() should
be used instead.

math(string) is a simple replacement for "$"+string+"$" which looks
clearer to me in most cases, so I've added that too.

Add fit lines to cantilever-sim/v-dep

Also tab-separate (vs space separate) cantilever-sim/v-dep.d/*
with:

  for f in v_dep_*; do
    awk 'BEGIN{OFS="\t"}{print $1, $2}' "$f" > tmp && mv -f tmp "$f";
  done

Converted sim-hist from Gnuplot to Asymptote.